使用AutoGenome镜像

步骤1：订阅镜像

使用AutoGenome镜像前，需要您在资产市场中订阅该镜像。

1. 登录医疗智能体，进入基因平台。
2. 在“资产市场”中查找“autogenome”镜像。
3. 单击界面右侧“订阅”图标，订阅该镜像。

   订阅的镜像将显示在“项目管理 > 镜像”页面的镜像列表中。

步骤2：创建Notebook

1. 在“项目管理 > 开发”页面，单击“创建Notebook”，参考表 参数说明填写信息。

   表1 参数说明

   参数名称	说明
   名称	Notebook的名称。
   描述	Notebook的简要描述。
   镜像类型	选择“自定义”镜像。
   工作环境	选择“autogenome”镜像。
   CPU	设置CPU为8.0核。
   GPU	设置GPU为1.0。
   内存	设置内存大于50G。
   存储路径	单击“存储路径”右侧文件夹图标，设置用于存储Notebook数据的OBS路径。如果想直接使用已有的文件或数据，可将数据提前上传至对应的OBS路径下。 包含本项目桶最多挂载6个，不包含本项目桶最多挂载5个。 用户在Notebook列表的所有文件读写操作是基于所选择的OBS路径下的内容操作。

2. 参数填写无误后，单击“立即创建”，创建Notebook。

步骤3：预览AutoGenome案例

1. 打开创建的Notebook。
2. 在Notebook的根目录下的“AutoGenome-Examples”文件夹中，包含使用AutoGenome进行分析的示例，可供参考。
   图1 AutoGenome-Examples
   

   表2 AutoGenome示例

   示例名称	说明
   single_cell_rfcn_densenet.ipynb	基于RFCN-DenseNet和表达谱对单细胞发育时期进行分类。
   pbmc_res_vae.ipynb	基于Res-VAE和表达谱对单细胞数据降维。

步骤4：使用AutoGenome

Notebook包含了端到端使用AutoGenome的代码，您可以使用Notebook案例复现AutoGenome示例的结果。

1. 以“pbmc_res_vae.ipynb”为例，用户可以打开相应的代码集，直接运行该Notebook，也可以调整代码集中的代码，进行二次开发。
   图2 基于Res-VAE和表达谱对单细胞数据降维
   
2. 使用该Notebook时需要运行相应的代码模块，运行步骤如下所示。
   1. 环境配置：加载AutoGenome以及辅助绘图的软件包。
   2. 读取配置文件：通过json文件配置输入和输出路径。
   3. 模型训练：针对提供的数据和模型参数，AutoGenome会搜索得到最优的神经网络结构。训练过程经过模型搜索阶段和模型训练阶段，在模型搜索阶段，根据json文件中的配置参数，对于选定的模型参数会训练一定步数，搜索得到较好结果的参数进行后续训练。训练过程中可选择在验证数据集上进行评估，评估结果更好的模型参数将会保留。
   4. 提取降维之后数据：完成模型训练后，生成降维后的结果数据。
   

   当您在运行AutoGenome示例出现“Warning：restart the kernel and run the notebook again！”时，请单击Notebook工具栏中的按钮，重启Notebook环境，并重新执行出现告警的代码。

3. 您可以在Notebook工作目录中上传数据，使用AutoGenome工具。数据上传下载请参见数据的上传和下载。
   

   对于非挂载目录以外的目录下的文件，重启Notebook后会消失。例如，上传文件至Notebook的根目录下，该文件并不在被挂载的obs路径中，重启Notebook，该文件会消失。

   图3 Upload上传数据