自由能微扰

自由能微扰基于纯国产分子动力学模拟库SPONGE，产生自动化FEP工作流，端到端计算配体修饰造成的亲和能改变。

1. 单击“自由能微扰”功能卡片，进入上传文件页面。
2. 在上传页面右侧，选择上传受体，上传配体，选择中心配体。
   • 上传受体：受体仅支持PDB格式的文件。
   • 上传配体：配体仅支持SDF、MOL2、PDB格式文件，且只支持3D结构。
   • 选择参考配体：当前自由能微扰支持自动规划路径，选择参考配体后系统自动计算，用户也可自主添加或删除配体对。
     图1 上传文件
     

   

   引用外部桶时，需要确保所引用的数据不超过45层级的目录。

3. 单击“下一步”，选择配体对。

   页面显示：正在规划自动路径，您也可以直接选择配体对后进行下一步。

   待计算路径：选择待计算的路径。待计算路径起点是中心配体名称，终点是其他配体的名称。在相似度计算完成之前默认未勾选。您也可以添加路径或者重置路径。添加路径和重置路径可以通过单击右边的“添加路径”或者“重置”进行操作。添加路径也可以在左侧微扰图中直接通过两个分子之间进行连线添加。可以在微扰图中单击某条待计算路径上的，删除该条待计算路径。

   图2 添加或者删除待计算路径
   
   图3 选择配体对
   

   返回相似度后默认全勾选，您可以进行勾选或去除勾选要计算的路径，如果未勾选，则后面就不会对其进行FEP计算。在相似度返回之前，您也可以直接选择配体对进入下一步。

   图4 选择计算路径
   

4. 单击“下一步”，进入FEP设置页面，设置相关参数。
   • 时间步长：默认值：0.002，取值范围：0.001 ≤ dt ≤ 0.005，单位：ps。分子动力学模拟的步长，建议不超过0.002ps，步长越大，越难收敛。
   • 预平衡时长：默认值：100ps，取值范围：0-200ps。对体系进行预平衡模拟，使体系温度、压强、密度等达到平衡状态。预平衡模拟时长=预平衡步数×时间步长。时长增加，作业运行时间延长。
   • 平衡时长：默认值：1ns，取值范围：0-10ns。平衡阶段的模拟，用于自由能微扰计算。平衡模拟时长=时间步长×平衡步数/1000，单位为ns。时长增加，作业运行时间延长。
   • λ个数：默认值20，输入范围为2-30。自由能微扰的窗口数量。
   • 名称：可修改，修改后左上角也同步修改。长度为5~64个字符；仅可以使用字母、数字、下划线“_”、中划线“-”和空格；首位只能以数字或字母开头。
   • 标签：设置任务标签。
   • 功能调用消耗：每一对会消耗一次功能调用，因此计算几条路线就显示调用几次。
     图5 设置FEP参数
     

5. 单击“提交”，可在作业中心查看该作业的运行情况。
6. 查看运行结果。
   • 输出每对配体的相对结合自由能、分子图、相似性等。也可以单击右边“查看轨迹”，下载运动轨迹。结果页面支持Pair和Ligand两种查看方式。
   • 也可以下载输出结果文件包含小分子的基本信息和属性。
     

     下载操作将会产生流量费用，具体可参考计费说明。

     图6 查看结果（1）
     
     图7 查看结果（2）
     
     图8 查看结果（3）
     

   • 单击查看全部展示收敛性分析、RMSF和RMSD结果。
     图9 查看结果（4）
     

   • 单击查看轨迹预览轨迹动图。
     图10 查看结果（5）