更新时间：2023-11-02 GMT+08:00
约束限制
当前Nextflow相关特性仅为公测版本，部分功能暂不支持，因此存在如下限制约束。
- 流程使用的镜像和数据需要按照医疗智能体（EIHealth）平台的规范进行上传
推荐通过eihealth-toolkit进行上传。eihealth-toolkit介绍详见什么是医疗智能体eihealth-toolkit。数据上传可参考上传数据。。
数据上传成功后可以在数据详情页面查询，创建Nextflow流程时可以通过设置参数指定对应数据。
镜像上传可参考上传镜像。镜像上传成功后可以在镜像详情页面查询，复制其镜像地址填入Nextflow脚本中的container字段即可。
process test { container 'swr.${regionID}.myhuaweicloud.com/eihealth/admet:2.0.0' } - 暂不支持用户设置部分Nextflow配置项
对于dag， timeline， report,，trace配置，医疗智能体（EIHealth）平台会默认开启并且指定相关路径，会覆盖用户侧配置，可以在作业详情页面查询和下载相关信息。相关信息可参考https://www.nextflow.io/docs/latest/tracing.html
对于pod配置，暂不支持用户侧设置。若用户侧设置的情况下可能会导致对应Process执行失败。相关信息可参考https://www.nextflow.io/docs/latest/process.html#pod
对于publishDir配置，用户侧设置时需要使用一定的技巧。目前测试结果表明下面两种写法是可行的， 供参考。
写法1：
写法2：
正向用例
如下所示为一个不带业务属性（仅执行基本数学运算）的正向用例，包含了输入输出，串并联场景，适用面较广。
process PROCESS_A {
input:
val x
output:
val y
exec:
y = x*10
}
process PROCESS_B {
input:
val x
output:
val y
when:
x <= 50
exec:
y = x*10
}
process PROCESS_C {
input:
val x
output:
val y
when:
x > 50
exec:
y = x*10
}
process PROCESS_D {
debug true
input:
val x
output:
stdout
script:
"""
echo $x
"""
}
workflow {
Channel
.of(1..10)
| PROCESS_A
| PROCESS_B & PROCESS_C
| mix
| PROCESS_D
}
基于Nextflow官方提供first script，预期输出会打印Hello world的日志。
https://www.nextflow.io/docs/latest/getstarted.html#your-first-script
#!/usr/bin/env nextflow
nextflow.enable.dsl=2
params.str = 'Hello world!'
process splitLetters {
// 替换为正确镜像
container 'swr.XXX.myhuaweicloud.com/XXX/admet:2.0.0'
output:
path 'chunk_*'
"""
printf '${params.str}' | split -b 6 - chunk_
"""
}
process convertToUpper {
input:
path x
output:
stdout
"""
cat $x | tr '[a-z]' '[A-Z]'
"""
}
workflow {
splitLetters | flatten | convertToUpper | view { it.trim() }
}
父主题： Nextflow
