靶点口袋发现

靶点口袋发现实现全新元动力学算法，高效遍历柔性蛋白表面，找到潜在口袋位置。

1. 单击“靶点口袋发现”功能卡片，进入配置页面。
2. 在配置页面，选择靶点文件、探针文件，配置相关参数信息。
   • 靶点文件：支持PDB格式文件。
   • 探针文件：探针分子建议原子数不超过400，分子量过大可以通过增大探针半径降低失败率，但无法保证一定成功。支持SDF、MOL2、PDB格式文件。若文件中含有多个配体，默认只处理第一个。
   • 时间步长： 默认值为0.002ps，输入范围：0.001<dt<=0.002，单位：ps。分子动力学模拟的步长，建议不超过0.002ps，步长越大，越难收敛。
   • 最小化步数：默认值为20000，输入范围：5000-50000。
   • 预平衡时长：默认值为100ps，输入范围：20-200，单位：ps。时长增加，作业运行时间延长。
   • 口袋发现时长：默认值为50ns，输入范围：20-50。
   • 表面原子离散点数量：每个表面原子离散点数量。默认值为20，输入范围: 10-50。
   • 探针半径：控制产生的离散点到表面原子的距离。默认值为1.4 ，输入范围: 1.4-5，单位：Å。
   • 名称：可修改，修改后左上角也同步修改。长度为5~64个字符；仅可以使用字母、数字、下划线“_”、中划线“-”和空格；首位只能以数字或字母开头。
   • 标签：设置任务标签。
   • 功能调用消耗：运行一次功能会消耗一次。
3. 单击“提交”。

   提交成功后，可以在“作业中心”查看执行结果。

   图1 设置靶点口袋发现文件
   

4. 查看靶点口袋发现结果。

   单击作业名称，在输出结果页面，可以单击“查看轨迹”，下载运动轨迹。可以单击”下游分析”，将发现的口袋作为对接口袋进行分子对接。也可以在右边口袋列表中查看口袋信息。

   图2 查看靶点口袋发现结果
   
   图3 查看靶点口袋发现运动轨迹
   

5. 查看2D相互作用图。

   在“作业中心”单击作业名称，在输出结果页面右侧口袋列表，单击口袋后面的图标，然后单击查看2D相互作用图即可。

   图4 查看2D相互作用图
   
6. 查看作业信息图。

   在“作业中心”单击作业名称，单击“作业信息”页面。可以查看作业的参数和运行信息。

   图5 查看作业信息图