靶点口袋发现
靶点口袋发现实现全新元动力学算法,高效遍历柔性蛋白表面,找到潜在口袋位置。
- 单击“靶点口袋发现”功能卡片,进入配置页面。
- 在配置页面,选择靶点文件、探针文件,配置相关参数信息。
- 靶点文件:支持PDB格式文件。
- 探针文件:探针分子建议原子数不超过400,分子量过大可以通过增大探针半径降低失败率,但无法保证一定成功。支持SDF、MOL2、PDB格式文件。若文件中含有多个配体,默认只处理第一个。
- 时间步长: 默认值为0.002ps,输入范围:0.001<dt<=0.002,单位:ps。分子动力学模拟的步长,建议不超过0.002ps,步长越大,越难收敛。
- 最小化步数:默认值为20000,输入范围:5000-50000。
- 预平衡时长:默认值为100ps,输入范围:20-200,单位:ps。时长增加,作业运行时间延长。
- 口袋发现时长:默认值为50ns,输入范围:20-50。
- 表面原子离散点数量:每个表面原子离散点数量。默认值为20,输入范围: 10-50。
- 探针半径:控制产生的离散点到表面原子的距离。默认值为1.4 ,输入范围: 1.4-5,单位:Å。
- 名称:可修改,修改后左上角也同步修改。长度为5~64个字符;仅可以使用字母、数字、下划线“_”、中划线“-”和空格;首位只能以数字或字母开头。
- 标签:设置任务标签。
- 功能调用消耗:运行一次功能会消耗一次。
- 单击“提交”。
图1 设置靶点口袋发现文件
- 查看靶点口袋发现结果。
单击作业名称,在输出结果页面,可以单击“查看轨迹”,下载运动轨迹。可以单击”下游分析”,将发现的口袋作为对接口袋进行分子对接。也可以在右边口袋列表中查看口袋信息。
图2 查看靶点口袋发现结果图3 查看靶点口袋发现运动轨迹 - 查看2D相互作用图。
在“作业中心”单击作业名称,在输出结果页面右侧口袋列表,单击口袋后面的图标
,然后单击查看2D相互作用图即可。
图4 查看2D相互作用图 - 查看作业信息图。
在“作业中心”单击作业名称,单击“作业信息”页面。可以查看作业的参数和运行信息。
图5 查看作业信息图