更新时间:2024-12-13 GMT+08:00
靶点优化
靶点优化基于分子动力学模拟和结构聚类,实现靶点结构优化
- 单击“靶点优化”功能卡片,进入配置页面。
- 配置靶点文件和相关参数信息。
- 靶点文件:支持PDB格式文件,文件大小不能超过10M。若文件中含有多个受体,默认只处理第一个。
- 靶点预处理:
是否平衡电荷:是否加入离子,使体系电荷守恒,默认是平衡电荷。
- 蛋白力场:蛋白质力场支持amber03, amber94, amber96, amber99, amber99sb, amber99sb-ildn, amberGS, charmm27, oplsaa, gromos43a1, gromos43a2, gromos45a3, gromos53a5, gromos53a6, gromos54a7力场,默认是amber99sb。
- 水模型:水模型支持spc, spce, tip3p, tip4p, tip5p类型,默认是tip3p。
- 离子种类:支持NaCl、MgCl2、None几种类型。若平衡电荷设置为True,则不支持离子种类选择None。
- 离子浓度:离子浓度支持范围是0<离子浓度≤5mol/L,默认是0.15mol/L,如果离子种类选择了None,则不支持选择离子浓度。
- 配置配体文件和相关参数信息。
- 配体文件:仅支持mol2、pdb、sdf格式,且只支持3D结构,文件大小小于1M。若文件中含有多个配体,默认只处理第一个。
- 配体力场:支持gaff/gaff2,蛋白力场gromacs力场与配体力场gaff/gaff2不兼容,如果蛋白力场选择了gromacs力场,则不支持上传配体。
图1 设置靶点优化配置页面
- 单击“下一步”,配置靶点优化配置参数。
- MD引擎:仅支持GROMACS。
- 时间步长:MD模拟的时间步长,范围支持0<时间步长≤5fs,默认是2fs。
- 温度:MD模拟的温度,范围支持0<温度≤1000K,默认是300K。
- 配置MD的计算步骤
- Energy Minimization:能量最小化的步数,范围支持0<步数≤50000,默认是10000步。
- NVT:等温等体步骤模拟的时长,范围支持0<时长≤1000ps,默认是200ps。
- NPT:等压等温步骤模拟的时长,范围支持0<时长≤1000ps,默认是500ps。
- MD:平衡步骤模拟的时长,范围支持0<时长≤50ns,默认是50ns。
- 配置作业配置,单击“提交”。
- 名称:设置作业名称。
- 标签:设置作业标签。
- 功能调用消耗:运行一次功能会消耗一次。
图2 设置靶点优化MD配置页面
- 查看靶点优化结果
单击作业名称,进入作业结果页面,拟时结果根据构象RMSD聚类。
- 单击“查看轨迹”,下载运动轨迹。
- 单击“下游分析”,将聚类之后的不同构象进行分子对接。
- 单击每一个Model的按钮,查看构象。
- 单击每个Model的按钮,可以收藏构象,收藏后可直接在收藏夹页查看。
图3 靶点优化结果页面
图4 靶点优化结果查看轨迹
- 查看靶点优化作业详情
在“作业中心”单击作业名称,单击“作业信息”页面。可以查看作业的参数和运行信息。
图5 靶点优化结果详情
父主题: 靶点发现