靶点优化

靶点优化基于分子动力学模拟和结构聚类，实现靶点结构优化

1. 单击“靶点优化”功能卡片，进入配置页面。
2. 配置靶点文件和相关参数信息。
   • 靶点文件：支持PDB格式文件，文件大小不能超过10M。若文件中含有多个受体，默认只处理第一个。
   • 靶点预处理：

     去配体：提交任务时系统会自动删除配体。

     是否平衡电荷：是否加入离子，使体系电荷守恒，默认是平衡电荷。

   • 蛋白力场：蛋白质力场支持amber03, amber94, amber96, amber99, amber99sb, amber99sb-ildn, amberGS, charmm27, oplsaa, gromos43a1, gromos43a2, gromos45a3, gromos53a5, gromos53a6, gromos54a7力场，默认是amber99sb。
   • 水模型：水模型支持spc, spce, tip3p, tip4p, tip5p类型，默认是tip3p。
   • 离子种类：几种支持NaCl、MgCl₂、None几种类型。若平衡电荷设置为True，则不支持离子种类选择None。
   • 离子浓度：离子浓度支持范围是0<离子浓度≤5mol/L，默认是0.15mol/L，如果离子种类选择了None，则不支持选择离子浓度。
3. 配置配体文件和相关参数信息。
   • 配体文件：仅支持mol2、pdb、sdf格式，且只支持3D结构，文件大小小于1M。若文件中含有多个配体，默认只处理第一个。
   • 配体力场：支持gaff/gaff2，蛋白力场gromacs力场与配体力场gaff/gaff2不兼容，如果蛋白力场选择了gromacs力场，则不支持上传配体。
     图1 设置靶点优化配置页面
     

4. 单击“下一步”，配置靶点优化配置参数。
   • MD引擎：仅支持GROMACS。
   • 时间步长：MD模拟的时间步长，范围支持0<时间步长≤5fs，默认是2fs。
   • 温度：MD模拟的温度，范围支持0<温度≤1000K，默认是300K。
5. 配置MD的计算步骤
   • Energy Minimization：能量最小化的步数，范围支持0<步数≤50000，默认是10000步。
   • NVT：等温等体步骤模拟的时长，范围支持0<时长≤1000ps，默认是200ps。
   • NPT：等压等温步骤模拟的时长，范围支持0<时长≤1000ps，默认是500ps。
   • MD：平衡步骤模拟的时长，范围支持0<时长≤50ns，默认是50ns。
6. 配置作业配置，单击“提交”。
   • 名称：设置作业名称。
   • 标签：设置作业标签。
   • 功能调用消耗：运行一次功能会消耗一次。
   图2 设置靶点优化MD配置页面
   

7. 查看靶点优化结果

   单击作业名称，进入作业结果页面，拟时结果根据构象RMSD聚类。

   • 单击“查看轨迹”，下载运动轨迹。
   • 单击”下游分析”，将聚类之后的不同构象进行分子对接。
   • 单击每一个Model的按钮，查看构象。
     图3 靶点优化结果页面
     
   图4 靶点优化结果查看轨迹
   

8. 查看靶点优化作业详情

   在“作业中心”单击作业名称，单击“作业信息”页面。可以查看作业的参数和运行信息。

   图5 靶点优化结果详情