创建自由能微扰作业
功能介绍
创建自由能微扰作业。
URI
POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/fep
|
参数 |
是否必选 |
参数类型 |
描述 |
|---|---|---|---|
|
project_id |
是 |
String |
项目ID，您可以从获取项目ID中获取。 最小长度：1 最大长度：128 |
|
eihealth_project_id |
是 |
String |
平台项目ID。 最小长度：1 最大长度：128 |
请求参数
|
参数 |
是否必选 |
参数类型 |
描述 |
|---|---|---|---|
|
X-Auth-Token |
是 |
String |
用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头，从而通过身份认证，获得操作API的权限，获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度：1 最大长度：32768 |
|
参数 |
是否必选 |
参数类型 |
描述 |
|---|---|---|---|
|
basic_info |
是 |
CreateDrugJobBasicInfo object |
创建药物作业基本信息。 |
|
receptor |
是 |
ReceptorDrugFile object |
受体文件。 |
|
add_membrane |
否 |
Boolean |
是否加膜处理。 缺省值：false |
|
ligands |
是 |
Array of LigandPreviewDto objects |
配体列表。 数组长度：2 - 101 |
|
graph |
是 |
FepGraphDto object |
路径图。 |
|
params |
是 |
FepParamDto object |
FEP设置参数。 |
|
参数 |
是否必选 |
参数类型 |
描述 |
|---|---|---|---|
|
name |
是 |
String |
作业的名称，取值范围：[5,64]，允许大小写字母、数字、空格、下划线(_)和中划线(-),只能以数字或字母开头。 最小长度：5 最大长度：64 |
|
labels |
否 |
Array of strings |
标签，取值范围[0,5]，单个标签最大长度32字符，支持中文、字母、数字、空格、下划线和中划线，且不能以空格开头或者结尾。 最小长度：1 最大长度：32 数组长度：0 - 5 |
|
upstream_job_info |
否 |
String |
上游作业信息。 最小长度：1 最大长度：10240 |
|
参数 |
是否必选 |
参数类型 |
描述 |
|---|---|---|---|
|
source |
是 |
String |
受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。 枚举值：
|
|
url |
否 |
String |
文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址；用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度：1 最大长度：2000 |
|
format |
否 |
String |
文件格式，仅支持PDB，仅数据源为RAW时提供。 最小长度：1 最大长度：6 |
|
data |
否 |
String |
文件原始数据，仅数据源为RAW时提供。 最小长度：0 最大长度：10000000 |
|
参数 |
是否必选 |
参数类型 |
描述 |
|---|---|---|---|
|
index |
是 |
Integer |
配体索引（从0起编号）。 最小值：0 最大值：99 |
|
file |
是 |
DrugFile object |
配体文件。 |
|
name |
是 |
String |
配体名称，若无名称则自动命名，格式为UNK+索引（从1起编号）。 最小长度：1 最大长度：32 |
|
smiles |
是 |
String |
分子SMILES表达式。 最小长度：1 最大长度：512 |
|
参数 |
是否必选 |
参数类型 |
描述 |
|---|---|---|---|
|
source |
是 |
String |
受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。 枚举值：
|
|
url |
否 |
String |
文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址；用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度：1 最大长度：2000 |
|
format |
否 |
String |
文件格式，支持PDB、SDF、MOL2、SMI，仅数据源为RAW时提供。 最小长度：1 最大长度：6 |
|
data |
否 |
String |
文件原始数据，仅数据源为RAW时提供。 最小长度：0 最大长度：10000000 |
|
参数 |
是否必选 |
参数类型 |
描述 |
|---|---|---|---|
|
center_id |
是 |
String |
中心配体名称。 最小长度：1 最大长度：32 |
|
pairs |
是 |
Array of SimilarityDto objects |
配体对列表。 数组长度：1 - 100 |
|
参数 |
是否必选 |
参数类型 |
描述 |
|---|---|---|---|
|
pre_equilibrium_time |
否 |
Float |
预平衡时长，单位ps，范围为0-200，不包含0，默认为100ps。 最小值：0 最大值：200.0 |
|
equilibrium_time |
否 |
Float |
平衡时长，单位ns，范围为0-10，不包含0，默认为1ns。 最小值：0 最大值：10.0 |
|
num_pre_equilibrium_steps |
否 |
Integer |
预平衡步数，默认为50000。 最小值：1 最大值：200000 |
|
num_equilibrium_steps |
否 |
Integer |
平衡步数，默认为500000。 最小值：1 最大值：10000000 |
|
timestep_size |
否 |
Float |
时间步长，单位ps，取值范围：大于0，小于等于0.005。 最小值：0.001 最大值：0.005 缺省值：0.002 |
|
num_lambda |
否 |
Integer |
lambda个数。 最小值：2 最大值：30 缺省值：20 |
响应参数
状态码： 201
|
参数 |
参数类型 |
描述 |
|---|---|---|
|
id |
String |
作业id。 |
|
limit_concurrency |
Integer |
限制的并发量。 |
请求示例
创建自由能微扰作业，作业名称为demo-job，受体文件为project:/dir/file，配体分别为GLY:A:514和UNK1，路径图的中心配体为GLY:A:514，配体对分别为GLY:A:514和DrugBank:UNK1，预平衡步数为5000，平衡步数为50000，时间步长为0.002，lambda的个数为20。
https://{endpoint}/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/fep
{
"basic_info" : {
"name" : "demo-job",
"labels" : [ "labelA" ]
},
"receptor" : {
"source" : "PRIVATE",
"url" : "project:/dir/file"
},
"ligands" : [ {
"name" : "GLY:A:514",
"smiles" : "C1CCCCC1",
"index" : 0,
"file" : {
"source" : "RAW",
"format" : "PDB",
"data" : "MODEL1.xxxxxxx.END"
}
}, {
"name" : "UNK1",
"smiles" : "c1ccccc1",
"index" : 0,
"file" : {
"source" : "PRIVATE",
"url" : "project:/dir/file"
}
} ],
"graph" : {
"center_id" : "GLY:A:514",
"pairs" : [ {
"ligand_ids" : [ "GLY:A:514", "DrugBank:UNK1" ]
} ]
},
"params" : {
"num_pre_equilibrium_steps" : 50000,
"num_equilibrium_steps" : 500000,
"timestep_size" : 0.002,
"num_lambda" : 20
}
}
响应示例
状态码： 201
CREATED
- 创建自由能微扰作业成功。
{ "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1" } - 创建自由能微扰作业成功，当前运行作业数已达配额限制，此作业会等待。
{ "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "limit_concurrency" : 50 }
状态码
|
状态码 |
描述 |
|---|---|
|
201 |
CREATED |
错误码
请参见错误码。
