创建虚拟药物筛选任务

创建药物虚拟筛选任务

虚拟药物筛选可以使用资产市场中预置的“Docking Summary”流程对小分子化合物配体和蛋白受体进行对接。

使用步骤如下所示。

1. 登录医疗智能体平台，在“资产市场”中订阅“Docking Summary”流程至所需的项目中。
2. 进入“专题”页签，单击“新建研究”。
   图1 新建研究
   
3. 填写任务的基本信息，包括选择任务所属项目，研究的名称和描述。
   图2 基本信息
   
4. 选择配体分子和受体蛋白。
   • 作业名称：自定义名称 。
   • 类型：选择小分子化合物。
   • 流程：选择从资产市场中订阅的“Docking Summary”流程。
   • 配体分子：配体分子文件，支持SMILES、SD SDF、PDBQT格式。
   • 受体蛋白：受体蛋白文件，支持PDB、PDBQT格式。
   图3 选择配体分子和受体蛋白
   
5. 设置数据库。

   数据库功能可以将任务运行过程中产生的数据文件按照模板生成数据库。

   • 数据库模板：使用资产市场订阅的流程时，模板已预置，无需选择数据库模板。
   • 数据库名称：数据库的名称。
   • 输出文件格式：可以将流程生成的分子对接结果，保存为.txt、.csv或.vcf格式。使用“Docking Summary”流程时，保存格式为.txt。
   • 相对路径：流程运行完成后，会按照流程子任务的名称生成数据文件，相对路径指按照哪个数据路径中的结果文件生成数据库。

     对于“Docking Summary”流程，包含5个子任务，默认在task-5-docking summary中保存有汇总的数据文件。

     • task-1-ligand 3dsdf to pdbqt：将配体的sdf文件转换为pdbqt文件。
     • task-2-ligand smiles to 3dsdf：将配体的smiles文件转换为3dsdf文件。
     • task-3-receptor pdb to pdbqt：将受体的pdb文件转换为pdbqt文件。
     • task-4-qvina-w：分子对接。
     • task-5-docking summary：汇总分子对接结果。
     图4 数据路径和流程图
     
   图5 设置数据库
   
6. 设置完成后，单击“提交”，执行药物虚拟筛选任务。

   对于“运行中”的任务，允许取消、强制停止或删除。

   图6 运行状态
   

查看执行结果

药物和蛋白结合能通过热点图呈现，并统计出结合能的均值和标准差。单击热点图，可查看详细的3D分子对接结果、结合能排序、药物注释信息。

同时，基于预置的数据库模板，生成包含药物名称、结合能等信息的数据库。

图7 结合能图

图8 对接结果