查询靶点口袋分子设计作业详情

功能介绍

查询靶点口袋分子设计作业详情。

URI

GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/pocket-mol-design/{job_id}

表1 路径参数
参数	是否必选	参数类型	描述
project_id	是	String	项目ID，您可以从获取项目ID中获取。最小长度：1 最大长度：128
eihealth_project_id	是	String	平台项目ID。最小长度：1 最大长度：128
job_id	是	String	作业id。最小长度：1 最大长度：128

请求参数

表2 请求Header参数
参数	是否必选	参数类型	描述
X-Auth-Token	是	String	用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头，从而通过身份认证，获得操作API的权限，获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。最小长度：1 最大长度：32768

响应参数

状态码： 200

表3 响应Body参数
参数	参数类型	描述
basic_info	DrugJobDto object	作业基本信息。
receptor	PocketMolDesignReceptorDto object	靶点文件。
ligands	Array of PocketFragment objects	配体文件列表。数组长度：1 - 1
num_trials	Integer	生成分子数量。最小值：1 最大值：5000 缺省值：1000
model_list	Array of BasicDrugModel objects	模型列表。
molecular_weight	Array of integers	分子量范围。最小值：1 最大值：1000 数组长度：2 - 2
optimization_mode	String	优化类型。枚举值： generation side_chains_decoration scaffold_hopping fragment_growing
cluster_result	ClusterJobRsp object	聚类结果信息。

表4 DrugJobDto
参数	参数类型	描述
id	String	作业id。
name	String	作业的名称，取值范围：[1,63]，允许大小写字母、数字、以及特殊字符中划线(-)。
labels	Array of strings	作业标签。
status	String	作业状态。
type	String	作业类型。
create_time	String	作业创建时间。
finish_time	String	作业结束时间。
start_time	String	作业开始时间。
failed_message	String	失败提示，当作业执行失败时会返回。
user_name	String	创建任务的用户名称。
output_dir	String	作业结果输出目录。
expect_charge_num	Double	预估功能调用消耗次数。
real_charge_num	Double	实际功能调用消耗次数。
progress	Progress object	作业进度信息。
upstream_job_info	String	上游作业信息。

表5 Progress
参数	参数类型	描述
overall	Float	整体进度。
estimated_finish_time	Long	预计结束时间，毫秒。

表6 PocketMolDesignReceptorDto
参数	参数类型	描述
file	ReceptorDrugFile object	靶点文件。
bounding_box	BoundingBoxDto object	结合口袋，包含口袋中心位置和尺寸大小。
remove_ion	Boolean	去除受体中的离子。缺省值：true
remove_water	Boolean	去除受体中的水分子。缺省值：true
remove_ligand	Boolean	去除受体中的配体分子。缺省值：true
add_hydrogen	Boolean	增加氢原子。缺省值：false

表7 ReceptorDrugFile
参数	参数类型	描述
source	String	受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW
url	String	文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址；用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。最小长度：1 最大长度：2000
format	String	文件格式，仅支持PDB，仅数据源为RAW时提供。最小长度：1 最大长度：6
data	String	文件原始数据，仅数据源为RAW时提供。最小长度：0 最大长度：10000000

表8 BoundingBoxDto
参数	参数类型	描述
center	Array of floats	口袋中心坐标； x, y, z轴的坐标。最小值：-9999999 最大值：99999999 数组长度：3 - 3
size	Array of floats	口袋尺寸大小； x, y, z轴的大小。最小值：2 最大值：500 数组长度：3 - 3
padding	Float	填充。最小值：0 最大值：20

表9 PocketFragment
参数	参数类型	描述
source	String	受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW
url	String	文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址；用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。最小长度：1 最大长度：2000
format	String	文件格式，支持PDB、SDF、MOL2、SMI，仅数据源为RAW时提供。最小长度：1 最大长度：6
name	String	原始配体名称，仅RAW类型时用于配体名称标识。最小长度：1 最大长度：128
data	String	文件原始数据，仅数据源为RAW时提供。最小长度：0 最大长度：10000000
edited	EditedLigand object	编辑后的配体。
label_sites	LabelSite object	标记位点。

**表10** EditedLigand
参数	参数类型	描述
source	String	文件来源，仅支持RAW。最小长度：1 最大长度：6
format	String	文件格式，仅支持CIF。最小长度：1 最大长度：6
data	String	文件原始数据，仅数据源为RAW时提供。最小长度：0 最大长度：10000000

**表11** LabelSite
参数	参数类型	描述
index	Array of integers	索引。最小值：0 最大值：99999 数组长度：0 - 50
name	Array of strings	标记位点名称。最小长度：1 最大长度：128 数组长度：0 - 50
coordinate	Array<Array<Number>>	位点三维坐标集。数组长度：0 - 50

**表12** BasicDrugModel
参数	参数类型	描述
id	String	模型ID。
task_id	String	任务ID。
name	String	模型名称。
creator	String	模型创建者。
type	String	模型类型。
value_range	ValueRange object	区间上下限，仅回归型存在。
description	String	模型描述信息。

**表13** ValueRange
参数	参数类型	描述
lower	Float	区间下限，仅回归型存在。
upper	Float	区间上限，仅回归型存在。

**表14** ClusterJobRsp
参数	参数类型	描述
method	String	分子聚类方法。
output_dir	String	分子聚类输出结果。
status	String	作业结果信息。
failed_reasons	Array of FailedReasonRecord objects	部分失败原因和数量。

**表15** FailedReasonRecord
参数	参数类型	描述
reason	String	失败原因。
count	Integer	失败数量。

请求示例

无

响应示例

状态码： 200

{
  "basic_info" : {
    "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1",
    "name" : "demo-job",
    "labels" : [ "labelA", "labelB" ],
    "status" : "FINISHED",
    "type" : "POCKE_MOL_DESIGN",
    "start_time" : "2021-01-30T02:34:36Z",
    "create_time" : "2021-01-30T02:34:36Z",
    "finish_time" : "2021-01-30T02:53:26Z",
    "failed_message" : "null",
    "user_name" : "demo-user-name",
    "output_dir" : "job-analysis/job-name",
    "expect_charge_num" : 1,
    "real_charge_num" : 1
  },
  "receptor" : {
    "file" : {
      "source" : "PRIVATE",
      "url" : "project:/dir/file"
    }
  },
  "ligands" : [ {
    "source" : "PRIVATE"
  }, {
    "url" : "project:/dir/file"
  } ],
  "cluster_result" : {
    "method" : "hiq_mc",
    "output_dir" : "project://bucket/path/to/task/dir/",
    "status" : "finished",
    "failed_reasons" : [ {
      "reason" : "failed reason"
    }, {
      "count" : 1
    } ]
  }
}