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更新时间：2024-12-13 GMT+08:00
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创建靶点口袋分子设计作业

功能介绍

创建靶点口袋分子设计作业。

URI

POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/pocket-mol-design

表1 路径参数

参数

是否必选

参数类型

描述

project_id

是

String

项目ID，您可以从获取项目ID中获取。

最小长度：1

最大长度：128

eihealth_project_id

是

String

平台项目ID。

最小长度：1

最大长度：128

请求参数

表2 请求Header参数

参数

是否必选

参数类型

描述

X-Auth-Token

是

String

用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头，从而通过身份认证，获得操作API的权限，获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。

最小长度：1

最大长度：32768

表3 请求Body参数

参数

是否必选

参数类型

描述

basic_info

是

CreateDrugJobBasicInfo object

作业基本信息。

receptor

是

PocketMolDesignReceptorDto object

靶点文件。

ligands

否

Array of PocketFragment objects

配体文件列表，最多支持1个。

数组长度：0 - 1

num_trials

否

Integer

生成分子数量。

最小值：1

最大值：5000

缺省值：1000

model_ids

否

Array of strings

模型id列表。

最小长度：1

最大长度：128

数组长度：0 - 10

molecular_weight

否

Array of integers

分子量范围。

最小值：1

最大值：1000

数组长度：2 - 2

optimization_mode

否

String

优化类型。

枚举值：

  • generation
  • side_chains_decoration
  • scaffold_hopping
  • fragment_growing
表4 CreateDrugJobBasicInfo

参数

是否必选

参数类型

描述

name

是

String

作业的名称，取值范围：[5,64]，允许大小写字母、数字、空格、下划线(_)和中划线(-),只能以数字或字母开头。

最小长度：5

最大长度：64

labels

否

Array of strings

标签，取值范围[0,5]，单个标签最大长度32字符，支持中文、字母、数字、空格、下划线和中划线，且不能以空格开头或者结尾。

最小长度：1

最大长度：32

数组长度：0 - 5

upstream_job_info

否

String

上游作业信息。

最小长度：1

最大长度：10240

表5 PocketMolDesignReceptorDto

参数

是否必选

参数类型

描述

file

是

ReceptorDrugFile object

靶点文件。

bounding_box

否

BoundingBoxDto object

结合口袋，包含口袋中心位置和尺寸大小。

remove_ion

否

Boolean

去除受体中的离子。

缺省值：true

remove_water

否

Boolean

去除受体中的水分子。

缺省值：true

remove_ligand

否

Boolean

去除受体中的配体分子。

缺省值：true

add_hydrogen

否

Boolean

增加氢原子。

缺省值：false

表6 ReceptorDrugFile

参数

是否必选

参数类型

描述

source

是

String

受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。

枚举值：

  • EXTRANET
  • PRIVATE
  • PUBLIC
  • RAW

url

否

String

文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址；用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。

最小长度：1

最大长度：2000

format

否

String

文件格式，仅支持PDB，仅数据源为RAW时提供。

最小长度：1

最大长度：6

data

否

String

文件原始数据，仅数据源为RAW时提供。

最小长度：0

最大长度：10000000

表7 BoundingBoxDto

参数

是否必选

参数类型

描述

center

是

Array of floats

口袋中心坐标； x, y, z轴的坐标。

最小值：-9999999

最大值：99999999

数组长度：3 - 3

size

是

Array of floats

口袋尺寸大小； x, y, z轴的大小。

最小值：2

最大值：500

数组长度：3 - 3

padding

否

Float

填充。

最小值：0

最大值：20

表8 PocketFragment

参数

是否必选

参数类型

描述

source

否

String

受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。

枚举值：

  • EXTRANET
  • PRIVATE
  • PUBLIC
  • RAW

url

否

String

文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址；用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。

最小长度：1

最大长度：2000

format

否

String

文件格式，支持PDB、SDF、MOL2、SMI，仅数据源为RAW时提供。

最小长度：1

最大长度：6

name

否

String

原始配体名称，仅RAW类型时用于配体名称标识。

最小长度：1

最大长度：128

data

否

String

文件原始数据，仅数据源为RAW时提供。

最小长度：0

最大长度：10000000

edited

否

EditedLigand object

编辑后的配体。

label_sites

否

LabelSite object

标记位点。

表9 EditedLigand

参数

是否必选

参数类型

描述

source

否

String

文件来源，仅支持RAW。

最小长度：1

最大长度：6

format

否

String

文件格式，仅支持CIF。

最小长度：1

最大长度：6

data

是

String

文件原始数据，仅数据源为RAW时提供。

最小长度：0

最大长度：10000000

表10 LabelSite

参数

是否必选

参数类型

描述

index

否

Array of integers

索引。

最小值：0

最大值：99999

数组长度：0 - 50

name

否

Array of strings

标记位点名称。

最小长度：1

最大长度：128

数组长度：0 - 50

coordinate

否

Array<Array<Number>>

位点三维坐标集。

数组长度：0 - 50

响应参数

状态码： 201

表11 响应Body参数

参数

参数类型

描述

id

String

作业id。

limit_concurrency

Integer

限制的并发量。

请求示例

创建靶点口袋发现作业，作业名称为demo-job， 受体文件为project:/dir/file，小分子片段文件为project:/dir/file，自定义属性预测id为xxxxxx，分子量约束为200-600，预期的最大输出为5000个。

https://{endpoint}/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/pocket-mol-design

{
  "basic_info" : {
    "name" : "demo-job",
    "labels" : [ "labelA" ]
  },
  "receptor" : {
    "file" : {
      "source" : "PRIVATE",
      "url" : "project:/dir/file"
    },
    "bounding_box" : {
      "center" : [ 0, 0, 0 ],
      "size" : [ 10, 10, 10 ],
      "padding" : 10
    },
    "remove_water" : false,
    "remove_ion" : false
  },
  "ligands" : [ {
    "source" : "PRIVATE",
    "url" : "project:/dir/file"
  } ],
  "model_ids" : [ "xxxxxx" ],
  "molecular_weight" : [ 200, 600 ]
}

响应示例

状态码： 201

CREATED

  • 创建靶点口袋分子设计作业成功。 
    {
  "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1"
}
  • 创建靶点口袋分子设计作业成功，当前运行作业数已达配额限制，此作业会等待。 
    {
  "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1",
  "limit_concurrency" : 50
}

状态码

状态码

描述

201

CREATED

错误码

请参见错误码。

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