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更新时间：2024-05-09 GMT+08:00
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将传入的蛋白和小分子拼接成复合物结构

功能介绍

将传入的蛋白和小分子拼接成复合物结构。

URI

POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/toolkit/complex-combine

表1 路径参数

参数

是否必选

参数类型

描述

project_id

是

String

项目ID，您可以从获取项目ID中获取。

最小长度：1

最大长度：128

eihealth_project_id

是

String

平台项目ID。

最小长度：1

最大长度：128

请求参数

表2 请求Header参数

参数

是否必选

参数类型

描述

X-Auth-Token

是

String

用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头，从而通过身份认证，获得操作API的权限，获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。

最小长度：1

最大长度：32768
表3 请求Body参数

参数

是否必选

参数类型

描述

receptor

是

RunReceptorPreprocessReq object

受体蛋白文件。

ligand

是

ReceptorDrugFileReq object

配体小分子文件。
表4 RunReceptorPreprocessReq

参数

是否必选

参数类型

描述

file

是

ReceptorDrugFileReq object

受体文件。

remove_water

否

Boolean

去除水分子。

缺省值：false

remove_ion

否

Boolean

去除离子。

缺省值：false

remove_ligand

否

Boolean

去除配体分子。

缺省值：false

add_hydrogen

否

Boolean

增加氢原子。

缺省值：false
表5 ReceptorDrugFileReq

参数

是否必选

参数类型

描述

source

是

String

受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。

枚举值：

  • EXTRANET
  • PRIVATE
  • PUBLIC
  • RAW

url

否

String

文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址；用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。

最小长度：1

最大长度：2000

format

否

String

文件格式，仅支持PDB，仅数据源为RAW时提供。

最小长度：1

最大长度：6

data

否

String

文件原始数据，仅数据源为RAW时提供。

最小长度：0

最大长度：10000000

add_hydrogen

否

Boolean

增加氢原子。

缺省值：true

响应参数

无

请求示例

设置受体蛋白文件为1TQN.pdb，配体小分子为1TQN.pdb，拼接成复合物结构。

https://{endpoint}/v1/{project_id}/drug-common/toolkit/surface-points

{
  "receptor" : {
    "file" : {
      "source" : "EXTRANET",
      "url" : "https://files.rcsb.org/download/1TQN.pdb"
    }
  },
  "ligand" : {
    "source" : "EXTRANET",
    "url" : "https://files.rcsb.org/download/1TQN.pdb"
  }
}

响应示例

状态码： 200

蛋白小分子拼接复合物结果字符串。

REMARK   1 CREATED WITH OPENMM 7.7, 2023-10-31
CRYST1   48.140   48.140  135.230  90.00  90.00  90.00 P 1           1
ATOM      1  N   ALA A   1      35.884  42.999  47.573  1.00  0.00           N
ATOM      2  H   ALA A   1      35.251  42.514  48.472  1.00  0.00           H
ATOM      3  H2  ALA A   1      34.961  43.642  47.135  1.00  0.00           H
ATOM      4  H3  ALA A   1      36.444  43.875  48.190  1.00  0.00           H
ATOM      5  CA  ALA A   1      36.605  42.605  46.370  1.00  0.00           C
ATOM      6  HA  ALA A   1      36.266  43.206  45.396  1.00  0.00           H
ATOM      7  C   ALA A   1      36.452  41.114  46.099  1.00  0.00           C
ATOM      8  O   ALA A   1      36.341  40.696  44.945  1.00  0.00           O
...
HETATM   32  C4  UNL Z   1      -1.619   0.123  -1.621 +0.00 +0.00           C
HETATM   33  C5  UNL Z   1      -0.461   0.209  -0.648 +0.00 -0.00           C
HETATM   34  C6  UNL Z   1       0.464   1.262  -0.731 +0.00 +0.00           C
HETATM   35  C7  UNL Z   1       1.530   1.346   0.178 +0.00 +0.00           C
HETATM   36  C9  UNL Z   1       1.653   0.391   1.191 +0.00 +0.00           C
HETATM   37  C10 UNL Z   1       0.748  -0.676   1.263 +0.00 +0.00           C
HETATM   38  C11 UNL Z   1      -0.302  -0.765   0.348 +0.00 +0.00           C
HETATM   39  C8  UNL Z   1       2.511   2.436  -0.027 +0.00 +0.00           C
HETATM   40  O2  UNL Z   1       3.062   3.028   0.891 +0.00 -0.00           O
HETATM   41  C12 UNL Z   1       2.682   0.463   2.236 +0.00 +0.00           C
HETATM   42  O4  UNL Z   1       3.273  -0.478   2.728 +0.00 -0.01           O
HETATM   43  O3  UNL Z   1       2.796   1.722   2.692 +0.00 -0.01           O
HETATM   44  H12 UNL Z   1       3.751   1.920   2.595 +0.00 +0.00           H
TER
ENDMDL

状态码

状态码

描述

200

蛋白小分子拼接复合物结果字符串。

错误码

请参见错误码。

父主题： 药物通用接口
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