医疗智能体 EIHealth
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方式1:使用预置的NGS流程
使用EIHealth平台预置的流程进行运行作业。
步骤1:订阅流程
进入资产市场订阅已有的流程,以二代基因测序数据的变异检测流程为例。
图1 订阅流程
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可以在“工具 > 流程”列表可以看到刚刚订阅的流程。
图2 查看订阅的流程

步骤2:订阅数据
若您本地有需要分析的二代基因组数据,则您可以用本地的数据。数据上传方法请参见上传数据。
若没有,可以先订阅资产市场里的示例数据进行分析,这里先用资产市场中的“人类基因组数据”和“NGS小数据集”进行分析。
图3 订阅数据
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可以在“数据”列表可以看到刚刚订阅的流程。
图4 查看订阅的数据

步骤3:启动作业
- 在流程页面,单击“启动作业”按钮,根据实际情况填写作业名称等信息。
图5 启动作业图6 设置作业名称
- 作业设置完成后,会显示流程中的各个应用信息,再此可以指定实际的运行参数。
图7 NGS流程
- 单击
图标,可设置数据来源,可以指定File或者Directory类型参数。这里我们将NA12878目录下的两个fastq文件分别指定成fastp-file1和fastp-file2。
图8 设置fastp输入数据 - 将GRCh38目录指定成bwa-mem与picard-insertsize的输入。
图9 设置bwa-mem输入数据图10 设置picard-insertsize输入数据
若是想查看已经设置好的参数,可以按照下图步骤进行查看,同时若发现指定的参数有问题,也可再此处进行删除参数。
图11 删除参数 - 配置好参数后变可以单击右上角“启动作业”按钮进行启动作业,同时会跳转回作业列表。
图12 作业列表
父主题: 运行作业