方式1：使用预置的NGS流程

步骤1：订阅流程

进入资产市场订阅已有的流程，以二代基因测序数据的变异检测流程为例。

图1 订阅流程

可以在“工具 > 流程”列表可以看到刚刚订阅的流程。

图2 查看订阅的流程

步骤2：订阅数据

若您本地有需要分析的二代基因组数据，则您可以用本地的数据。数据上传方法请参见上传数据。

若没有，可以先订阅资产市场里的示例数据进行分析，这里先用资产市场中的“人类基因组数据”和“NGS小数据集”进行分析。

图3 订阅数据

可以在“数据”列表可以看到刚刚订阅的流程。

图4 查看订阅的数据

步骤3：启动作业

1. 在流程页面，单击“启动作业”按钮，根据实际情况填写作业名称等信息。
   图5 启动作业
   
   图6 设置作业名称
   
2. 作业设置完成后，会显示流程中的各个应用信息，再此可以指定实际的运行参数。
   图7 NGS流程
   
3. 单击图标，可设置数据来源，可以指定File或者Directory类型参数。这里我们将NA12878目录下的两个fastq文件分别指定成fastp-file1和fastp-file2。
   图8 设置fastp输入数据
   
4. 将GRCh38目录指定成bwa-mem与picard-insertsize的输入。
   图9 设置bwa-mem输入数据
   
   图10 设置picard-insertsize输入数据
   

   若是想查看已经设置好的参数，可以按照下图步骤进行查看，同时若发现指定的参数有问题，也可再此处进行删除参数。

   图11 删除参数
   
5. 配置好参数后变可以单击右上角“启动作业”按钮进行启动作业，同时会跳转回作业列表。
   图12 作业列表
   

步骤4：查看作业运行状态、获取作业结果

在作业列表中，单击对应的作业名称，可查看作业运行状态，运行时间等信息。

图13 作业运行状态

单击具体的每个应用，可以查看每个应用的运行信息：输入输出，节点参数，应用以及日志等信息。

单击具体的输出参数便可跳转到具体的文件位置。

图14 查看应用信息

图15 查看输入、输出数据位置

单击输出参数路径，可以跳转至输出文件位置。

图16 获取输出数据