医疗智能体 EIHealth
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方式2:使用预置应用搭建NGS流程
将EIHealth平台预置的应用构建成流程,并运行作业。以二代基因组分析流程:fastp,bwa-mem,bamqc,picard-insertsize两个算法为例。
应用是对每个软件的镜像封装,将应用封装好后可以反复利用并也可以让其他人很容易的使用,不用担心复杂的开发环境问题。
流程是由1各或者N个应用串联构建而成,平台页面以简单拖拽、连接的方式将不同的应用连接起来构建成一个分析流程,避免了写繁杂的bash脚本。
步骤1:订阅应用
进入资产市场,分别订阅fasp,bwa-mem,bamqc,picard-insertsize应用。
图1 订阅应用

可以在“工具 > 应用”列表可以看到刚刚订阅的应用。
图2 查看订阅的应用

步骤2:新建流程
- 在“工具 > 流程”页面,单击“新建流程”按钮,填写流程名称,版本等信息。
图3 新建流程
- 利用拖拽的方式将左侧边栏应用列表中的需要执行的应用拖拽到中间画布上,这里我们将fastp,bwa-mam,bamqc,picard-insertsize算法拖拽到中间画布上。
图4 拖拽应用
- 设置输入、输出关系。
fastp的两个输出参数fq-file1和fq-file2是bwa-mem算法的输入参数,bwa-mem的sorted-bam参数是bamqc与picard-insertsize输入参数,参考图进行连接。
图5 设置输入、输出关系 - 若想修改应用的一些参数或删除某些应用,则可以点击每个应用会出现对应的操作图标。例如单击
会出现
,下方图标分别对应的是修改,删除和复制操作。
- 构建好流程后单击右上角
图标保存,然后关闭当前页面。
步骤3:新建作业
- 单击作业页面的“新建作业”按钮,并选择需要运行的流程。这里作业名称可以用默认的名称,也可自己更改一个名称。同时,若想比较好的方式管理输出文件,也可以自行指定输出路径。
图6 新建作业
- 在作业页面添加好运行参数,添加方式与方式1相同。
- 配置好参数后,单击右上角“启动作业”按钮启动作业,同时会跳转回作业列表。
图7 作业列表
步骤4:查看作业运行状态、获取作业结果
查看方法与方式1相同。
父主题: 运行作业