方式2：使用预置应用搭建NGS流程

步骤1：订阅应用

进入资产市场，分别订阅fasp，bwa-mem，bamqc，picard-insertsize应用。

图1 订阅应用

可以在“工具 > 应用”列表可以看到刚刚订阅的应用。

图2 查看订阅的应用

步骤2：新建流程

1. 在“工具 > 流程”页面，单击“新建流程”按钮，填写流程名称，版本等信息。
   图3 新建流程
   
2. 利用拖拽的方式将左侧边栏应用列表中的需要执行的应用拖拽到中间画布上，这里我们将fastp，bwa-mam，bamqc，picard-insertsize算法拖拽到中间画布上。
   图4 拖拽应用
   
3. 设置输入、输出关系。

   fastp的两个输出参数fq-file1和fq-file2是bwa-mem算法的输入参数，bwa-mem的sorted-bam参数是bamqc与picard-insertsize输入参数，参考图进行连接。

   图5 设置输入、输出关系
   
4. 若想修改应用的一些参数或删除某些应用，则可以点击每个应用会出现对应的操作图标。例如单击会出现，下方图标分别对应的是修改，删除和复制操作。
5. 构建好流程后单击右上角图标保存，然后关闭当前页面。

步骤3：新建作业

1. 单击作业页面的“新建作业”按钮，并选择需要运行的流程。这里作业名称可以用默认的名称，也可自己更改一个名称。同时，若想比较好的方式管理输出文件，也可以自行指定输出路径。
   图6 新建作业
   
2. 在作业页面添加好运行参数，添加方式与方式1相同。
3. 配置好参数后，单击右上角“启动作业”按钮启动作业，同时会跳转回作业列表。
   图7 作业列表
   

步骤4：查看作业运行状态、获取作业结果

查看方法与方式1相同。