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文档首页/ 医疗智能体 EIHealth/ 快速入门/ 运行作业/ 方式3:自定义镜像运行FastQC流程

方式3:自定义镜像运行FastQC流程

更新时间:2022-04-06 GMT+08:00
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应用是运行作业的最小单位,每个应用依托于一个镜像进行创建。

方式2使用直接制作好的应用。用户也可以自己制作镜像,并基于镜像创建应用。

本示例中制作FastQC镜像,并基于镜像创建应用,运行分析作业。

镜像简介

由于生物信息学软件,往往由于不同的操作系统(Windows、Linux、Mac等)原因,无法实现统一的运维管理。同时,这些软件具有不同的版本和软件包,安装、使用过程复杂。

将生物信息学软件封装成Docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过EIHealth平台的镜像管理,实现高效的调用,极大方便了软件的安装和运行。

Docker镜像是一个模板,是容器应用打包的标准格式,在部署容器化应用时可以指定镜像。例如一个Docker镜像可以包含一个完整的Ubuntu操作系统环境,里面仅安装了用户需要的应用程序及其依赖文件。

步骤1:新建fastqc镜像

  1. 在linux环境上配置docker环境。
    curl -fsSL get.docker.com -o get-docker.sh
    sh get-docker.sh
  2. 配置完成后,运行docker命令,可查看docker的信息。
    图1 docker信息
  3. 构建fastqc镜像。
    • 可以在dockerhub官网上进行搜索,选择出对应的名称与版本。
    • 可以使用docker search fastqc命令进行搜索镜像。

    • 若dockerhub上没有想要的镜像,可以利用基础的操作系统镜像进行构造,构造方式请参见用户指南
  4. 选择和获取镜像。

    搜索到的镜像列表中选择一个fastqc镜像进行pull,这里我们选择pegi3s/fastqc。

  5. pull镜像。

    若该镜像没有lastest版本则需进入dockerhub官网进行查询。

  6. 查看镜像是否pull成功。

    docker images命令查看镜像是否pull成功。如果您本地已经有很多镜像,防止查询出全部镜像,可在docker images命令后面添加 | grep pegi3s使查询更精准

  7. 查询fastqc软件命令。非常熟悉fastqc软件则可跳过此步骤。

    复制上一步查找到的fastqc的id。利用docker run imagesId fastqc --help命令进行查询。fastqc --help可以替换成任何fastqc的命令,与linux类似。

步骤2:上传镜像至EIHealth平台

  1. 配置命令行工具

    若已完成配置,可跳过此步骤。

  2. 在命令行工具所在的目录,使用switch命令进入EIHelath平台的项目中。
    # 命令结构
    health switch project <project-name>
    # 命令示例,例如进入到名为user-tutorials的项目中
    health switch project user-tutorials
  3. 使用docker tag命令给要上传的镜像打标签
    # user-tutorial是项目名称
    health docker tag  pegi3s/fastqc:latest user-tutorials/fastqc:latest
  4. 使用docker push命令将镜像上传至EIHealth平台。
    # –t APP 可不加,在平台上也可以对其进行设置
    health docker push user-tutorials/fastqc:latest –t APP

    上传成功后,可以转至平台查看已经上传的镜像。

步骤3:创建fastqc应用

上一步骤中,已经将fastqc镜像上传至平台,本步骤使用fastqc镜像创建应用。

  1. 进入“工具 > 应用”界面。
    图2 进入应用界面
  2. 单击“新建应用”,创建fastqc应用。
    图3 设置镜像名称、版本等信息

    镜像启动命令如下所示。镜像启动命令需要引用输入、输出参数中的变量,并以大括号{}扩起,以$符号进行引用。

    fastqc -f fastq -o ${output-dir} ${input-file} 
    图4 设置CPU、内存、输入输出参数
  3. 单击“立即创建”,完成fastqc应用的创建。

    创建完成后的应用,将显示在应用列表中,您可以使用该应用创建分析作业。

    图5 查看应用

步骤4:搭建流程、运行作业

  1. 进入“工具 > 流程”页面,点击“新建流程”进行新建流程,填写好流程名称,流程版本等信息。
    图6 新建流程
  2. 将fastqc应用拖拽至画布中,并添加输入参数,操作方法请参见方式2
  3. 参数填写完成后,单击“保存”。并单击“新建作业”创建fastqc作业。
    图7 新建作业
  4. 启动作业。

步骤5:获取分析结果

在“作业”列表中,可单击作业名称查看作业信息和输入输出数据。

图8 查看作业信息

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图9 输出数据
图10 预览html文件
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