方式3：自定义镜像运行FastQC流程

应用是运行作业的最小单位，每个应用依托于一个镜像进行创建。

方式2使用直接制作好的应用。用户也可以自己制作镜像，并基于镜像创建应用。

本示例中制作FastQC镜像，并基于镜像创建应用，运行分析作业。

由于生物信息学软件，往往由于不同的操作系统（Windows、Linux、Mac等）原因，无法实现统一的运维管理。同时，这些软件具有不同的版本和软件包，安装、使用过程复杂。

将生物信息学软件封装成Docker镜像，可以使程序在不同的环境中运行，并通过EIHealth平台的镜像管理，实现高效的调用，极大方便了软件的安装和运行。

Docker镜像是一个模板，是容器应用打包的标准格式，在部署容器化应用时可以指定镜像。例如一个Docker镜像可以包含一个完整的Ubuntu操作系统环境，里面仅安装了用户需要的应用程序及其依赖文件。

在linux环境上配置docker环境。

curl -fsSL get.docker.com -o get-docker.sh
sh get-docker.sh

配置完成后，运行docker命令，可查看docker的信息。
图1 docker信息
构建fastqc镜像。
- 可以在dockerhub官网上进行搜索，选择出对应的名称与版本。
- 可以使用docker search fastqc命令进行搜索镜像。
- 若dockerhub上没有想要的镜像，可以利用基础的操作系统镜像进行构造，构造方式请参见用户指南。
选择和获取镜像。
搜索到的镜像列表中选择一个fastqc镜像进行pull，这里我们选择pegi3s/fastqc。
pull镜像。
若该镜像没有lastest版本则需进入dockerhub官网进行查询。
查看镜像是否pull成功。
用docker images命令查看镜像是否pull成功。如果您本地已经有很多镜像，防止查询出全部镜像，可在docker images命令后面添加 | grep pegi3s使查询更精准。
查询fastqc软件命令。非常熟悉fastqc软件则可跳过此步骤。
复制上一步查找到的fastqc的id。利用docker run imagesId fastqc --help命令进行查询。fastqc --help可以替换成任何fastqc的命令，与linux类似。

在命令行工具所在的目录，使用switch命令进入EIHelath平台的项目中。

# 命令结构
health switch project <project-name>
# 命令示例，例如进入到名为user-tutorials的项目中
health switch project user-tutorials

使用docker tag命令给要上传的镜像打标签

# user-tutorial是项目名称
health docker tag  pegi3s/fastqc:latest user-tutorials/fastqc:latest

上一步骤中，已经将fastqc镜像上传至平台，本步骤使用fastqc镜像创建应用。