查询靶点优化作业详情

功能介绍

查询靶点优化作业详情。

URI

GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/target-optimization/{job_id}

表1 路径参数
参数	是否必选	参数类型	描述
project_id	是	String	项目ID，您可以从获取项目ID中获取。最小长度：1 最大长度：128
eihealth_project_id	是	String	平台项目ID。最小长度：1 最大长度：128
job_id	是	String	作业id。最小长度：1 最大长度：128

请求参数

表2 请求Header参数
参数	是否必选	参数类型	描述
X-Auth-Token	是	String	用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头，从而通过身份认证，获得操作API的权限，获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。最小长度：1 最大长度：32768

响应参数

状态码： 200

表3 响应Body参数
参数	参数类型	描述
basic_info	DrugJobDto object	作业基本信息。
receptor	TargetOptReceptor object	受体文件。
ligand	TargetOptLigand object	配体文件。
md_params	MdParam object	MD参数配置。

表4 DrugJobDto
参数	参数类型	描述
id	String	作业id。
name	String	作业的名称，取值范围：[1,63]，允许大小写字母、数字、以及特殊字符中划线(-)。
labels	Array of strings	作业标签。
status	String	作业状态。
type	String	作业类型。
create_time	String	作业创建时间。
finish_time	String	作业结束时间。
start_time	String	作业开始时间。
failed_message	String	失败提示，当作业执行失败时会返回。
user_name	String	创建任务的用户名称。
output_dir	String	作业结果输出目录。
expect_charge_num	Double	预估功能调用消耗次数。
real_charge_num	Double	实际功能调用消耗次数。
progress	Progress object	作业进度信息。
upstream_job_info	String	上游作业信息。

表5 Progress
参数	参数类型	描述
overall	Float	整体进度。
estimated_finish_time	Long	预计结束时间，毫秒。

表6 TargetOptReceptor
参数	参数类型	描述
file	ReceptorDrugFile object	受体文件。
balanced_charge	Boolean	是否平衡电荷。缺省值：true
water_model	String	水模型, 支持选择spc, spce, tip3p, tip4p, tip5p。缺省值：tip3p
force_field	String	蛋白立场，支持选择amber03, amber94, amber96, amber99, amber99sb, amber99sb-ildn, amberGS, charmm27, oplsaa, gromos43a1, gromos43a2, gromos45a3, gromos53a5, gromos53a6, gromos54a7。缺省值：amber99sb
ion_type	String	离子种类，支持选择NaCl、MgCl2、None，若设置了平衡电荷不支持选择None。缺省值：NaCl
ion_concentration	Float	离子浓度，单位mol/L，若离子种类设置为None离子浓度不支持设置。最小值：0 最大值：5.0 缺省值：0.15

表7 ReceptorDrugFile
参数	参数类型	描述
source	String	受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW
url	String	文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址；用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。最小长度：1 最大长度：2000
format	String	文件格式，仅支持PDB，仅数据源为RAW时提供。最小长度：1 最大长度：6
data	String	文件原始数据，仅数据源为RAW时提供。最小长度：0 最大长度：10000000

表8 TargetOptLigand
参数	参数类型	描述
file	ProbeDrugFile object	配体文件。
force_field	String	配体力场, 支持选择gaff, gaff2。缺省值：gaff

表9 ProbeDrugFile
参数	参数类型	描述
source	String	受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW
url	String	文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址；用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。最小长度：1 最大长度：2000
format	String	文件格式，支持PDB、SDF、MOL2，仅数据源为RAW时提供。最小长度：1 最大长度：6
data	String	文件原始数据，仅数据源为RAW时提供。最小长度：0 最大长度：10000000

**表10** MdParam
参数	参数类型	描述
timestep_size	Float	MD模拟的时间步长，单位fs，取值范围：大于0，小于等于5。最小值：0 最大值：5.0 缺省值：2
temperature	Float	MD模拟的温度，单位K。最小值：0 最大值：1000.0 缺省值：300
step_params	MdStepParam object	计算步骤参数

**表11** MdStepParam
参数	参数类型	描述
energy_minimization_steps	Integer	能量最小化的步骤。最小值：1 最大值：50000 缺省值：10000
nvt	Float	等温等体步骤模拟的时长，单位ps。最小值：0 最大值：1000.0 缺省值：200
npt	Float	等压等温步骤模拟的时长，单位ps。最小值：0 最大值：1000.0 缺省值：500
simulation_time	Float	平衡步骤模拟的时长，单位ns。最小值：0 最大值：50.0 缺省值：50

请求示例

无

响应示例

状态码： 200

{ 
  "basic_info" : { 
    "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", 
    "name" : "demo-job", 
    "labels" : [ "labelA", "labelB" ], 
    "status" : "FINISHED", 
    "type" : "OPTIMIZATION", 
    "create_time" : "2021-01-30T02:34:36Z", 
    "finish_time" : "2021-01-30T02:53:26Z", 
    "failed_message" : "null", 
    "user_name" : "demo-user-name", 
    "output_dir" : "job-analysis/job-name", 
    "expect_charge_num" : 1, 
    "real_charge_num" : 1 
  }, 
  "receptor" : { 
    "file" : { 
      "source" : "PRIVATE", 
      "url" : "project:/dir/file" 
    }, 
    "balanced_charge" : true, 
    "water_model" : "tip3p", 
    "force_field" : "amber99sb", 
    "ion_type" : "NaCl", 
    "ion_concentration" : 0.15 
  }, 
  "ligand" : { 
    "file" : { 
      "source" : "PRIVATE", 
      "url" : "project:/dir/file" 
    }, 
    "force_field" : "gaff" 
  }, 
  "md_params" : { 
    "timestep_size" : 2, 
    "temperature" : 300, 
    "step_params" : { 
      "energy_minimization_steps" : 10000, 
      "nvt" : 200, 
      "npt" : 500, 
      "simulation_time" : 50 
    } 
  } 
}