创建靶点优化作业
功能介绍
创建靶点优化作业。
URI
POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/target-optimization
|
参数 |
是否必选 |
参数类型 |
描述 |
|---|---|---|---|
|
project_id |
是 |
String |
项目ID，您可以从获取项目ID中获取。 最小长度：1 最大长度：128 |
|
eihealth_project_id |
是 |
String |
平台项目ID。 最小长度：1 最大长度：128 |
请求参数
|
参数 |
是否必选 |
参数类型 |
描述 |
|---|---|---|---|
|
X-Auth-Token |
是 |
String |
用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头，从而通过身份认证，获得操作API的权限，获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度：1 最大长度：32768 |
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参数 |
是否必选 |
参数类型 |
描述 |
|---|---|---|---|
|
basic_info |
是 |
CreateDrugJobBasicInfo object |
创建药物作业基本信息。 |
|
receptor |
是 |
TargetOptReceptor object |
受体文件。 |
|
ligand |
否 |
TargetOptLigand object |
配体文件。 |
|
md_params |
否 |
MdParam object |
MD参数配置。 |
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参数 |
是否必选 |
参数类型 |
描述 |
|---|---|---|---|
|
name |
是 |
String |
作业的名称，取值范围：[5,64]，允许大小写字母、数字、空格、下划线(_)和中划线(-),只能以数字或字母开头。 最小长度：5 最大长度：64 |
|
labels |
否 |
Array of strings |
标签，取值范围[0,5]，单个标签最大长度32字符，支持中文、字母、数字、空格、下划线和中划线，且不能以空格开头或者结尾。 最小长度：1 最大长度：32 数组长度：0 - 5 |
|
upstream_job_info |
否 |
String |
上游作业信息。 最小长度：1 最大长度：10240 |
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参数 |
是否必选 |
参数类型 |
描述 |
|---|---|---|---|
|
file |
是 |
ReceptorDrugFile object |
受体文件。 |
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balanced_charge |
否 |
Boolean |
是否平衡电荷。 缺省值：true |
|
water_model |
否 |
String |
水模型, 支持选择spc, spce, tip3p, tip4p, tip5p。 缺省值：tip3p |
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force_field |
否 |
String |
蛋白立场，支持选择amber03, amber94, amber96, amber99, amber99sb, amber99sb-ildn, amberGS, charmm27, oplsaa, gromos43a1, gromos43a2, gromos45a3, gromos53a5, gromos53a6, gromos54a7。 缺省值：amber99sb |
|
ion_type |
否 |
String |
离子种类，支持选择NaCl、MgCl2、None，若设置了平衡电荷不支持选择None。 缺省值：NaCl |
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ion_concentration |
否 |
Float |
离子浓度，单位mol/L，若离子种类设置为None离子浓度不支持设置。 最小值：0 最大值：5.0 缺省值：0.15 |
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参数 |
是否必选 |
参数类型 |
描述 |
|---|---|---|---|
|
source |
是 |
String |
受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。 枚举值：
|
|
url |
否 |
String |
文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址；用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度：1 最大长度：2000 |
|
format |
否 |
String |
文件格式，仅支持PDB，仅数据源为RAW时提供。 最小长度：1 最大长度：6 |
|
data |
否 |
String |
文件原始数据，仅数据源为RAW时提供。 最小长度：0 最大长度：10000000 |
|
参数 |
是否必选 |
参数类型 |
描述 |
|---|---|---|---|
|
file |
是 |
ProbeDrugFile object |
配体文件。 |
|
force_field |
否 |
String |
配体力场, 支持选择gaff, gaff2。 缺省值：gaff |
|
参数 |
是否必选 |
参数类型 |
描述 |
|---|---|---|---|
|
source |
是 |
String |
受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。 枚举值：
|
|
url |
否 |
String |
文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址；用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度：1 最大长度：2000 |
|
format |
否 |
String |
文件格式，支持PDB、SDF、MOL2，仅数据源为RAW时提供。 最小长度：1 最大长度：6 |
|
data |
否 |
String |
文件原始数据，仅数据源为RAW时提供。 最小长度：0 最大长度：10000000 |
|
参数 |
是否必选 |
参数类型 |
描述 |
|---|---|---|---|
|
timestep_size |
否 |
Float |
MD模拟的时间步长，单位fs，取值范围：大于0，小于等于5。 最小值：0 最大值：5.0 缺省值：2 |
|
temperature |
否 |
Float |
MD模拟的温度，单位K。 最小值：0 最大值：1000.0 缺省值：300 |
|
step_params |
否 |
MdStepParam object |
计算步骤参数。 |
响应参数
状态码： 201
|
参数 |
参数类型 |
描述 |
|---|---|---|
|
id |
String |
作业id。 |
|
limit_concurrency |
Integer |
限制的并发量。 |
请求示例
创建靶点优化作业，作业名称为demo-job，受体文件为project:/dir/file，配体文件为project:/dir/file，时间步长为2fs，温度为300k，能量最小化步数为10000，nvt为200ps，npt为500ps，平衡步骤模拟时长为50ns。
https://{endpoint}/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/target-optimization
{
"basic_info" : {
"name" : "demo-job",
"labels" : [ "labelA" ]
},
"receptor" : {
"file" : {
"source" : "PRIVATE",
"url" : "project:/dir/file"
},
"balanced_charge" : true,
"water_model" : "tip3p",
"force_field" : "amber99sb",
"ion_type" : "NaCl",
"ion_concentration" : 0.15
},
"ligand" : {
"file" : {
"source" : "PRIVATE",
"url" : "project:/dir/file"
},
"force_field" : "gaff"
},
"md_params" : {
"timestep_size" : 2,
"temperature" : 300,
"step_params" : {
"energy_minimization_steps" : 10000,
"nvt" : 200,
"npt" : 500,
"simulation_time" : 50
}
}
}
响应示例
状态码： 201
CREATED
- 创建靶点优化作业成功。
{ "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1" } - 创建靶点优化作业成功，当前运行作业数已达配额限制，此作业会等待。
{ "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "limit_concurrency" : 50 }
状态码
|
状态码 |
描述 |
|---|---|
|
201 |
CREATED |
错误码
请参见错误码。
