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更新时间：2024-12-13 GMT+08:00
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创建靶点优化作业

功能介绍

创建靶点优化作业。

URI

POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/target-optimization

表1 路径参数

参数

是否必选

参数类型

描述

project_id

是

String

项目ID，您可以从获取项目ID中获取。

最小长度：1

最大长度：128

eihealth_project_id

是

String

平台项目ID。

最小长度：1

最大长度：128

请求参数

表2 请求Header参数

参数

是否必选

参数类型

描述

X-Auth-Token

是

String

用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头，从而通过身份认证，获得操作API的权限，获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。

最小长度：1

最大长度：32768

表3 请求Body参数

参数

是否必选

参数类型

描述

basic_info

是

CreateDrugJobBasicInfo object

创建药物作业基本信息。

receptor

是

TargetOptReceptor object

受体文件。

ligand

否

TargetOptLigand object

配体文件。

md_params

否

MdParam object

MD参数配置。

表4 CreateDrugJobBasicInfo

参数

是否必选

参数类型

描述

name

是

String

作业的名称，取值范围：[5,64]，允许大小写字母、数字、空格、下划线(_)和中划线(-),只能以数字或字母开头。

最小长度：5

最大长度：64

labels

否

Array of strings

标签，取值范围[0,5]，单个标签最大长度32字符，支持中文、字母、数字、空格、下划线和中划线，且不能以空格开头或者结尾。

最小长度：1

最大长度：32

数组长度：0 - 5

upstream_job_info

否

String

上游作业信息。

最小长度：1

最大长度：10240

表5 TargetOptReceptor

参数

是否必选

参数类型

描述

file

是

ReceptorDrugFile object

受体文件。

balanced_charge

否

Boolean

是否平衡电荷。

缺省值：true

water_model

否

String

水模型, 支持选择spc, spce, tip3p, tip4p, tip5p。

缺省值：tip3p

force_field

否

String

蛋白立场，支持选择amber03, amber94, amber96, amber99, amber99sb, amber99sb-ildn, amberGS, charmm27, oplsaa, gromos43a1, gromos43a2, gromos45a3, gromos53a5, gromos53a6, gromos54a7。

缺省值：amber99sb

ion_type

否

String

离子种类，支持选择NaCl、MgCl2、None，若设置了平衡电荷不支持选择None。

缺省值：NaCl

ion_concentration

否

Float

离子浓度，单位mol/L，若离子种类设置为None离子浓度不支持设置。

最小值：0

最大值：5.0

缺省值：0.15

表6 ReceptorDrugFile

参数

是否必选

参数类型

描述

source

是

String

受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。

枚举值：

  • EXTRANET
  • PRIVATE
  • PUBLIC
  • RAW

url

否

String

文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址；用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。

最小长度：1

最大长度：2000

format

否

String

文件格式，仅支持PDB，仅数据源为RAW时提供。

最小长度：1

最大长度：6

data

否

String

文件原始数据，仅数据源为RAW时提供。

最小长度：0

最大长度：10000000

表7 TargetOptLigand

参数

是否必选

参数类型

描述

file

是

ProbeDrugFile object

配体文件。

force_field

否

String

配体力场, 支持选择gaff, gaff2。

缺省值：gaff

表8 ProbeDrugFile

参数

是否必选

参数类型

描述

source

是

String

受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。

枚举值：

  • EXTRANET
  • PRIVATE
  • PUBLIC
  • RAW

url

否

String

文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址；用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。

最小长度：1

最大长度：2000

format

否

String

文件格式，支持PDB、SDF、MOL2，仅数据源为RAW时提供。

最小长度：1

最大长度：6

data

否

String

文件原始数据，仅数据源为RAW时提供。

最小长度：0

最大长度：10000000

表9 MdParam

参数

是否必选

参数类型

描述

timestep_size

否

Float

MD模拟的时间步长，单位fs，取值范围：大于0，小于等于5。

最小值：0

最大值：5.0

缺省值：2

temperature

否

Float

MD模拟的温度，单位K。

最小值：0

最大值：1000.0

缺省值：300

step_params

否

MdStepParam object

计算步骤参数。

表10 MdStepParam

参数

是否必选

参数类型

描述

energy_minimization_steps

否

Integer

能量最小化的步骤。

最小值：1

最大值：50000

缺省值：10000

nvt

否

Float

等温等体步骤模拟的时长，单位ps。

最小值：0

最大值：1000.0

缺省值：200

npt

否

Float

等压等温步骤模拟的时长，单位ps。

最小值：0

最大值：1000.0

缺省值：500

simulation_time

否

Float

平衡步骤模拟的时长，单位ns。

最小值：0

最大值：50.0

缺省值：50

响应参数

状态码： 201

表11 响应Body参数

参数

参数类型

描述

id

String

作业id。

limit_concurrency

Integer

限制的并发量。

请求示例

创建靶点优化作业，作业名称为demo-job，受体文件为project:/dir/file，配体文件为project:/dir/file，时间步长为2fs，温度为300k，能量最小化步数为10000，nvt为200ps，npt为500ps，平衡步骤模拟时长为50ns。

https://{endpoint}/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/target-optimization 
 
{ 
  "basic_info" : { 
    "name" : "demo-job", 
    "labels" : [ "labelA" ] 
  }, 
  "receptor" : { 
    "file" : { 
      "source" : "PRIVATE", 
      "url" : "project:/dir/file" 
    }, 
    "balanced_charge" : true, 
    "water_model" : "tip3p", 
    "force_field" : "amber99sb", 
    "ion_type" : "NaCl", 
    "ion_concentration" : 0.15 
  }, 
  "ligand" : { 
    "file" : { 
      "source" : "PRIVATE", 
      "url" : "project:/dir/file" 
    }, 
    "force_field" : "gaff" 
  }, 
  "md_params" : { 
    "timestep_size" : 2, 
    "temperature" : 300, 
    "step_params" : { 
      "energy_minimization_steps" : 10000, 
      "nvt" : 200, 
      "npt" : 500, 
      "simulation_time" : 50 
    } 
  } 
}

响应示例

状态码： 201

CREATED

  • 创建靶点优化作业成功。 
    { 
   "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1" 
 }
  • 创建靶点优化作业成功，当前运行作业数已达配额限制，此作业会等待。 
    { 
   "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", 
   "limit_concurrency" : 50 
 }

状态码

状态码

描述

201

CREATED

错误码

请参见错误码。

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