查询分子对接作业详情

功能介绍

查询分子对接作业详情。

URI

GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/docking/{job_id}

表1 路径参数
参数	是否必选	参数类型	描述
project_id	是	String	项目ID，您可以从获取项目ID中获取。最小长度：1 最大长度：128
eihealth_project_id	是	String	平台项目ID。最小长度：1 最大长度：128
job_id	是	String	作业id。最小长度：1 最大长度：128

请求参数

表2 请求Header参数
参数	是否必选	参数类型	描述
X-Auth-Token	是	String	用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头，从而通过身份认证，获得操作API的权限，获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。最小长度：1 最大长度：32768

响应参数

状态码： 200

表3 响应Body参数
参数	参数类型	描述
basic_info	DrugJobDto object	作业基本信息。
receptors	Array of DockingReceptorDto objects	受体文件列表。数组长度：1 - 20
ligands	Array of LigandDto objects	配体文件列表，当前仅支持1个。数组长度：1 - 1
engine	String	引擎，支持DSDP、AUTODOCK_VINA、SIMILAR_DOCKING。
job_result	JobResult object	作业结果信息。
part_failed_reason	Array of FailedReasonRecord objects	部分失败原因和数量。
cluster_result	ClusterJobRsp object	聚类结果信息。

表4 DrugJobDto
参数	参数类型	描述
id	String	作业id。
name	String	作业的名称，取值范围：[1,63]，允许大小写字母、数字、以及特殊字符中划线(-)。
labels	Array of strings	作业标签。
status	String	作业状态。
type	String	作业类型。
create_time	String	作业创建时间。
finish_time	String	作业结束时间。
start_time	String	作业开始时间。
failed_message	String	失败提示，当作业执行失败时会返回。
user_name	String	创建任务的用户名称。
output_dir	String	作业结果输出目录。
expect_charge_num	Double	预估功能调用消耗次数。
real_charge_num	Double	实际功能调用消耗次数。
progress	Progress object	作业进度信息。
upstream_job_info	String	上游作业信息。

表5 Progress
参数	参数类型	描述
overall	Float	整体进度。
estimated_finish_time	Long	预计结束时间，毫秒。

表6 DockingReceptorDto
参数	参数类型	描述
receptor	ReceptorDrugFile object	受体文件。
bounding_box	BoundingBoxDto object	结合口袋，包含口袋中心位置和尺寸大小。
remove_ion	Boolean	去除受体中的离子。缺省值：true
remove_water	Boolean	去除受体中的水分子。缺省值：true
remove_ligand	Boolean	去除受体中的配体分子。缺省值：true
add_hydrogen	Boolean	增加氢原子。缺省值：false
docking_type	String	对接类型，支持BLIND_DOCKING、POCKET_DOCKING。缺省值：POCKET_DOCKING 最小长度：0 最大长度：15
reference_file	ReferenceLigandFile object	模板配体文件，仅引擎为SIMILAR_DOCKING时提供。

表7 ReceptorDrugFile
参数	参数类型	描述
source	String	受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW
url	String	文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址；用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。最小长度：1 最大长度：2000
format	String	文件格式，仅支持PDB，仅数据源为RAW时提供。最小长度：1 最大长度：6
data	String	文件原始数据，仅数据源为RAW时提供。最小长度：0 最大长度：10000000

表8 BoundingBoxDto
参数	参数类型	描述
center	Array of floats	口袋中心坐标； x, y, z轴的坐标。最小值：-9999999 最大值：99999999 数组长度：3 - 3
size	Array of floats	口袋尺寸大小； x, y, z轴的大小。最小值：2 最大值：500 数组长度：3 - 3
padding	Float	填充。最小值：0 最大值：20

表9 ReferenceLigandFile
参数	参数类型	描述
source	String	受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW
url	String	文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址，为用户私有数据中心时为项目路径，为公共数据场景时为obs地址。最小长度：1 最大长度：2000
format	String	文件格式，支持PDB、SDF、MOL2、SMI、CSV等，仅数据源为RAW时提供。最小长度：1 最大长度：6
data	String	文件原始数据，仅数据源为RAW时提供。最小长度：0 最大长度：10000000

**表10** LigandDto
参数	参数类型	描述
ligand	DrugFile object	配体文件。
count	Integer	计算个数。最小值：1 最大值：1000000

**表11** DrugFile
参数	参数类型	描述
source	String	受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW
url	String	文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址；用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。最小长度：1 最大长度：2000
format	String	文件格式，支持PDB、SDF、MOL2、SMI，仅数据源为RAW时提供。最小长度：1 最大长度：6
data	String	文件原始数据，仅数据源为RAW时提供。最小长度：0 最大长度：10000000

**表12** JobResult
参数	参数类型	描述
total_count	Integer	输入总数。
failed_count	Integer	失败个数。

**表13** ClusterJobRsp
参数	参数类型	描述
method	String	分子聚类方法。
output_dir	String	分子聚类输出结果。
status	String	作业结果信息。
failed_reasons	Array of FailedReasonRecord objects	部分失败原因和数量。

**表14** FailedReasonRecord
参数	参数类型	描述
reason	String	失败原因。
count	Integer	失败数量。

请求示例

无

响应示例

状态码： 200

{
  "basic_info" : {
    "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1",
    "name" : "demo-job",
    "labels" : [ "labelA", "labelB" ],
    "status" : "FINISHED",
    "type" : "OPTIMIZATION",
    "create_time" : "2021-01-30T02:34:36Z",
    "finish_time" : "2021-01-30T02:53:26Z",
    "failed_message" : "null",
    "user_name" : "demo-user-name",
    "output_dir" : "job-analysis/job-name",
    "expect_charge_num" : 1,
    "real_charge_num" : 1
  },
  "receptors" : [ {
    "receptor" : {
      "source" : "PRIVATE",
      "url" : "project:/dir/file"
    },
    "bounding_box" : {
      "center" : [ 0, 0, 0 ],
      "size" : [ 10, 10, 10 ]
    },
    "remove_water" : true,
    "remove_ion" : false,
    "remove_ligand" : false
  } ],
  "ligands" : [ {
    "ligand" : {
      "source" : "PRIVATE",
      "url" : "project:/dir/file"
    },
    "count" : 100
  } ],
  "engine" : "AUTODOCK_VINA", 
  "job_result" : {
    "total_count" : 10,
    "failed_count" : 1
  },
  "cluster_result" : {
    "method" : "hiq_mc",
    "output_dir" : "project://bucket/path/to/task/dir/",
    "status" : "finished",
    "failed_reasons" : [ {
      "reason" : "failed reason"
    }, {
      "count" : 1
    } ]
  }
}