单分子预对接

功能介绍

单分子预对接。

URI

POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/mol-docking

表1 路径参数
参数	是否必选	参数类型	描述
project_id	是	String	项目ID，您可以从获取项目ID中获取。最小长度：1 最大长度：128
eihealth_project_id	是	String	平台项目ID。最小长度：1 最大长度：128

请求参数

表2 请求Header参数
参数	是否必选	参数类型	描述
X-Auth-Token	是	String	用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头，从而通过身份认证，获得操作API的权限，获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。最小长度：1 最大长度：32768

表3 请求Body参数
参数	是否必选	参数类型	描述
receptor	是	ReceptorDto object	受体文件。
ligand	是	DrugFile object	配体文件。
engine	否	String	引擎，默认为AUTODOCK_VINA。缺省值：AUTODOCK_VINA 最小长度：0 最大长度：15

表4 ReceptorDto
参数	是否必选	参数类型	描述
name	否	String	靶点名称。最小长度：1 最大长度：128
receptor	是	ReceptorDrugFile object	受体文件。
bounding_box	否	BoundBoxDto object	结合口袋，包含口袋中心位置和尺寸大小。
remove_ion	否	Boolean	去除受体中的离子。缺省值：true
remove_water	否	Boolean	去除受体中的水分子。缺省值：true
remove_ligand	否	Boolean	去除受体中的配体分子。缺省值：true
add_hydrogen	否	Boolean	增加氢原子。缺省值：false

表5 ReceptorDrugFile
参数	是否必选	参数类型	描述
source	是	String	受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW
url	否	String	文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址，为用户私有数据中心时为项目路径，为公共数据场景时为obs地址。最小长度：1 最大长度：2000
format	否	String	文件格式，仅支持PDB，仅数据源为RAW时提供。最小长度：1 最大长度：6
data	否	String	文件原始数据，仅数据源为RAW时提供。最小长度：0 最大长度：10000000

表6 BoundBoxDto
参数	是否必选	参数类型	描述
center	是	Array of doubles	口袋中心坐标，x、y、z轴的坐标。最小值：-9999999 最大值：99999999 数组长度：3 - 3
size	是	Array of floats	口袋尺寸大小，x、y、z轴的大小。最小值：2 最大值：500 数组长度：3 - 3
padding	否	Float	填充。最小值：0 最大值：20

表7 DrugFile
参数	是否必选	参数类型	描述
source	是	String	受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW
url	否	String	文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址；用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。最小长度：1 最大长度：2000
format	否	String	文件格式，支持PDB、SDF、MOL2、SMI，仅数据源为RAW时提供。最小长度：1 最大长度：6
data	否	String	文件原始数据，仅数据源为RAW时提供。最小长度：0 最大长度：10000000

响应参数

状态码： 200

表8 响应Body参数
参数	参数类型	描述
vina_score	Float	对接打分结果。
pose	String	对接构象。

请求示例

单分子预对接，受体文件为project:/dir/file，配体文件为project:/dir/file。

https://{endpoint}/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/mol-docking 
 
{ 
  "receptor" : { 
    "receptor" : { 
      "source" : "PRIVATE", 
      "url" : "project:/dir/file" 
    }, 
    "bounding_box" : { 
      "center" : [ 0, 0, 0 ], 
      "size" : [ 10, 10, 10 ] 
    }, 
    "remove_water" : true, 
    "remove_ion" : false, 
    "remove_ligand" : false, 
    "add_hydrogen" : true 
  }, 
  "ligand" : { 
    "source" : "PRIVATE", 
    "url" : "project:/dir/file" 
  } 
}