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更新时间：2024-12-13 GMT+08:00
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单分子预对接

功能介绍

单分子预对接。

URI

POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/mol-docking

表1 路径参数

参数

是否必选

参数类型

描述

project_id

是

String

项目ID，您可以从获取项目ID中获取。

最小长度：1

最大长度：128

eihealth_project_id

是

String

平台项目ID。

最小长度：1

最大长度：128

请求参数

表2 请求Header参数

参数

是否必选

参数类型

描述

X-Auth-Token

是

String

用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头，从而通过身份认证，获得操作API的权限，获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。

最小长度：1

最大长度：32768
表3 请求Body参数

参数

是否必选

参数类型

描述

receptor

是

ReceptorDto object

受体文件。

ligand

是

DrugFile object

配体文件。

engine

否

String

引擎，默认为AUTODOCK_VINA。

缺省值：AUTODOCK_VINA

最小长度：0

最大长度：15
表4 ReceptorDto

参数

是否必选

参数类型

描述

name

否

String

靶点名称。

最小长度：1

最大长度：128

receptor

是

ReceptorDrugFile object

受体文件。

bounding_box

否

BoundBoxDto object

结合口袋，包含口袋中心位置和尺寸大小。

remove_ion

否

Boolean

去除受体中的离子。

缺省值：true

remove_water

否

Boolean

去除受体中的水分子。

缺省值：true

remove_ligand

否

Boolean

去除受体中的配体分子。

缺省值：true

add_hydrogen

否

Boolean

增加氢原子。

缺省值：false
表5 ReceptorDrugFile

参数

是否必选

参数类型

描述

source

是

String

受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。

枚举值：

  • EXTRANET
  • PRIVATE
  • PUBLIC
  • RAW

url

否

String

文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址，为用户私有数据中心时为项目路径，为公共数据场景时为obs地址。

最小长度：1

最大长度：2000

format

否

String

文件格式，仅支持PDB，仅数据源为RAW时提供。

最小长度：1

最大长度：6

data

否

String

文件原始数据，仅数据源为RAW时提供。

最小长度：0

最大长度：10000000

表6 BoundBoxDto

参数

是否必选

参数类型

描述

center

是

Array of doubles

口袋中心坐标，x、y、z轴的坐标。

最小值：-9999999

最大值：99999999

数组长度：3 - 3

size

是

Array of floats

口袋尺寸大小，x、y、z轴的大小。

最小值：2

最大值：500

数组长度：3 - 3

padding

否

Float

填充。

最小值：0

最大值：20
表7 DrugFile

参数

是否必选

参数类型

描述

source

是

String

受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。

枚举值：

  • EXTRANET
  • PRIVATE
  • PUBLIC
  • RAW

url

否

String

文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址；用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。

最小长度：1

最大长度：2000

format

否

String

文件格式，支持PDB、SDF、MOL2、SMI，仅数据源为RAW时提供。

最小长度：1

最大长度：6

data

否

String

文件原始数据，仅数据源为RAW时提供。

最小长度：0

最大长度：10000000

响应参数

状态码： 200

表8 响应Body参数

参数

参数类型

描述

vina_score

Float

对接打分结果。

pose

String

对接构象。

请求示例

单分子预对接，受体文件为project:/dir/file，配体文件为project:/dir/file。

https://{endpoint}/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/mol-docking 
 
{ 
  "receptor" : { 
    "receptor" : { 
      "source" : "PRIVATE", 
      "url" : "project:/dir/file" 
    }, 
    "bounding_box" : { 
      "center" : [ 0, 0, 0 ], 
      "size" : [ 10, 10, 10 ] 
    }, 
    "remove_water" : true, 
    "remove_ion" : false, 
    "remove_ligand" : false, 
    "add_hydrogen" : true 
  }, 
  "ligand" : { 
    "source" : "PRIVATE", 
    "url" : "project:/dir/file" 
  } 
}

响应示例

状态码： 200

单分子预对接成功。

{ 
  "vina_score" : -5.05  
}

状态码

状态码

描述

200

单分子预对接成功。

错误码

请参见错误码。

父主题： 药物通用接口

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