使用Variant Calling Based On NGS流程

步骤1：订阅流程

使用NGS流程前，需要您在资产市场中订阅该流程。

1. 在“资产市场”中查找“Variant Calling Based On NGS”流程。
2. 单击界面右侧“订阅”图标，订阅该流程。

   订阅的流程将显示在“项目管理 > 工具”页面的流程列表中。

步骤2：上传待分析数据

您在使用NGS流程前，请先上传待分析的数据，上传数据方法请参见数据管理。数据要求是成对的双端测序样本，即您需要上传两个样本数据文件，例如：xxx.R1.fastq.gz和xxx.R2.fastq.gz。

步骤3：创建分析作业

1. 单击项目名称，进入“项目管理”页面，并选择“工具”页签。
2. 单击ngs“操作”列“启动作业”，在弹出的新建作业页面，填写作业信息。“作业名称”、“标签”、和“描述”，设置“输出路径”、“优先级”、“计算节点标签”、“超时时间”和“加速类型”。
   • 基本信息：包含作业名称、标签、描述。
   • 输出路径：存放输出结果的路径，格式以/开头。例如项目中的output文件夹，输出路径可设置为/output。

     不填写路径时，默认以“作业名-UUID”格式生成输出路径。

   • 优先级：运行优先级，分为0~9级，优先级高的作业会被优先执行。默认值为0。
     

     如果当前投递的IO加速的作业，超过sfs总的作业配额数， 那么超出部分的作业会按照投递时间顺序，从最新投递的向前执行，不会按照优先级进行运行。

   • 计算节点标签：作业会调度到含有相应标签的计算节点上。

     当应用也配置了标签，如果应用和作业的计算节点标签在同一计算节点上，则应用调度至该计算节点上；应用和它的作业，不管节点标签是否一致，都会被调度到应用的节点标签所对应的计算节点上。

     如果设置了不存在的计算节点标签，作业会进入等待，直至配置了相应的标签。

   • 超时时间：作业运行时间超过设置时间时，认为超时，默认1440分钟，最大可设置为144000分钟，即作业运行至多100天。
   • 加速类型：
     加速效率：IO加速>本地盘加速>无

     • 无：作业运行于OBS中，不使用加速。
     • IO加速：IO加速使用弹性文件服务（SFS）提供高性能的数据读写，作业运行时，会将非最终结果的数据存储在SFS中用以提高任务运行效率，作业执行完成后会清理释放SFS空间。对于涉及频繁读写场景的任务建议开启IO加速，开启前需要先购买性能加速。
     • 本地盘加速：使用计算节点的本地盘进行加速。使用本地盘加速时，需保证购买的计算节点带有“数据盘”。OBS桶中的数据不支持本地盘加速，使用OBS桶中数据用于本地盘加速，可能会导致作业运行失败。
       图1 “OBS”标签代表数据引用来源为OBS桶
       
3. 作业信息填写完成后，单击“确定”，进入流程设计器页面。分别单击输入参数图标，设置输入数据。

   表2 参数说明

   应用名称	参数	名称	类型	说明
   fastp	输入参数	fastq-file1	file	二代测序fastq的Read1文件。
   		fastq-file2	file	二代测序fastq的Read2文件。
   	输出参数	fq-file1	file	Read1过滤之后输出fq.gz文件。
   		fq-file2	file	Read2过滤之后输出fq.gz文件
   		json-file	file	以JSON文件的格式输出的质控报告。
   		html-file	file	以HTML的格式输出易于阅读的质控报告。
   bwa-mem	输入参数	fq-file1	file	测序得到的fastq1文件。
   		fq-file2	file	测序得到的fastq2文件。
   		ref-dir	directory	参考基因组序列。
   		seq-platform	string	测序平台，如MGI、Illumina。
   		sample-id	string	文件前缀，如NA12878。
   	输出参数	sorted-bam	file	比对和排序之后得到的bam文件。
   		flagstat-file	file	基于bam做统计。
   qualimap-bamqc	输入参数	bam-file	file	输入已经排序好的bam文件。
   	输出参数	out-dir	directory	质控报告的输出目录。
   picard-insertsize	输入参数	bam-file	file	经过比对和排序之后得到的bam文件。
   		ref-dir	directory	参考基因组序列。
   	输出参数	insertsize-txt	file	输出的insert size分布的文本文件。
   		insertsize-pdf	file	输出的insert size分布的pdf文件。

4. 参数填写无误后，单击界面上方“启动作业”，运行作业。

步骤4：查看执行结果

1. 在“项目管理”页面选择“作业”页签，单击创建的NGS作业名称，进入详情页，查看执行结果。
   图2 执行结果
   
2. 作业运行完成后，单击应用进度条中的“输出参数”，可跳转至数据所在路径，获取运行结果数据。