制作并上传镜像

制作bwa-mem镜像

1. 在本地搭建Docker环境。

   要求安装的容器引擎版本必须为1.11.2及以上。

2. 下载bwa和samtools软件。

   wget http://downloads.sourceforge.net/project/bio-bwa/bwa-0.7.17.tar.bz2
   wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.10/samtools-1.10.tar.bz2

3. 编写Dockerfile将bwa和samtool镜像合并。
   详细的Dockerfile指令请参见Dockerfile参考。

   1. 执行vi Dockerfile命令，进入Dockerfile文件中，编写文件。

      FROM centos
      
      ENV PATH $PATH:/usr/local/samtools/bin:/usr/local/bwa-0.7.17
      
      ADD ./bwa-0.7.17.tar.bz2 /usr/local
      ADD ./samtools-1.10.tar.bz2 /opt
      RUN yum makecache && \
          yum install -y make gcc ncurses-devel bzip2-devel xz-devel zlib-devel&& \
          cd /usr/local/bwa-0.7.17 && make && \
          cd /opt/samtools-1.10 && ./configure --prefix=/usr/local/samtools && make && make install

   2. 按Esc键，并执行:wq保存并退出Dockerfile。
   3. 制作镜像。

      docker build -t bwa_samtools:0.7.17-1.10 .

制作gatk-haplotypecaller镜像

1. 在本地搭建Docker环境。

   要求安装的容器引擎版本必须为1.11.2及以上。

2. 编写Dockerfile制作gatk-haplotypecaller镜像。
   1. 执行vi Dockerfile命令，进入Dockerfile文件中，编写文件。

      FROM broadinstitute/gatk:4.1.9.0
      RUN apt-get update
      RUN apt-get install -y parallel

   2. 按Esc键，并执行:wq退出Dockerfile。
   3. 制作镜像。

      docker build -t gatk-haplotypecaller:4.1.9.0 .

      详细的Dockerfile指令请参见Dockerfile参考。

上传镜像

请依据表1提供的镜像下载命令下载搭建NGS流程所需的镜像。并依据制作bwa-mem镜像和制作gatk-haplotypecaller镜像制作镜像。制作好后的镜像如图1所示，请按照以下步骤将镜像上传至EIHealth平台。

图1 NGS流程镜像

1. 使用命令行工具，使用health switch project <project-name>命令进入待操作的项目。

   例如，使用health switch project ngs-project命令进入到名为ngs-project的项目中。

2. 通过health docker tag命令给要上传的镜像打标签。
   • 命令结构

     health docker tag <source-image-name:source-tag-name> <target-image-name:target-tag-name>

     命令中source-image-name为镜像名称，source-tag-name为镜像标签，target-image-name和target-tag-name可自定义。

   • 打标签命令
     依次执行以下命令为镜像打标签。

     health docker tag biocontainers/fastp:v0.20.1_cv1 fastp:0.20.1
     health docker tag bwa_samtools:0.7.17-1.10 bwa_samtools:0.7.17-1.10
     health docker tag broadinstitute/picard:2.23.3 picard-insertsize:2.23.3
     health docker tag maxulysse/qualimap:2.0.0 qualimap-bamqc:2.0.0
     health docker tag broadinstitute/gatk:4.1.9.0 gatk-markduplicates:4.1.9.0
     health docker tag broadinstitute/gatk:4.1.9.0 gatk-bqsr:4.1.9.0
     health docker tag broadinstitute/gatk:4.1.9.0 gatk-applybqsr:4.1.9.0
     health docker tag gatk-haplotypecaller:4.1.9.0 gatk-haplotypecaller:4.1.9.0
     health docker tag broadinstitute/gatk:4.1.9.0 gatk-mergevcfs:4.1.9.0
     health docker tag bbimber/discvrseq:release-1.17 discvrseq-variantqc:1.17

3. 使用health docker push命令上传镜像。
   • 命令结构

     health docker push <image-name:tag-name>

   • 上传镜像命令
     依次执行以下命令将镜像上传至EIHealth平台。

     health docker push fastp:0.20.1
     health docker push bwa_samtools:0.7.17-1.10
     health docker push picard-insertsize:2.23.3
     health docker push qualimap-bamqc:2.0.0
     health docker push gatk-markduplicates:4.1.9.0
     health docker push gatk-bqsr:4.1.9.0
     health docker push gatk-applybqsr:4.1.9.0
     health docker push gatk-haplotypecaller:4.1.9.0
     health docker push gatk-mergevcfs:4.1.9.0
     health docker push discvrseq-variantqc:1.17

4. 登录医疗智能体平台，进入项目并选择“镜像”页签，在镜像列表中查看已上传的镜像。
   图2 镜像列表