上传数据

NGS流程中需使用二代测序得到的原始fastq文件、参考基因组序列、参考Variants数据集。

本示例中以Windows系统命令行工具为例，介绍如何将本地数据上传到EIHealth平台。更多的命令介绍请参见命令行工具。

1. 使用命令行工具，用switch命令进入待操作的项目。

   例如，使用health switch project ngs-project命令进入到名为ngs-project的项目中。

2. 使用命令行工具，用mkdir命令创建存储数据的文件夹。

   例如，使用health mkdir input-data命令创建名为input-data的文件夹。

3. 将本地数据上传至项目文件夹中。

   例如，将Linux系统下root/health_test路径中xxx.R1.fastq.gz数据上传至ngs-project项目的input-data文件夹中。

   ./health upload /root/health_test/xxx.R1.fastq.gz /input-data/

   例如，Windows系统下将本地D盘中xxx.R1.fastq.gz数据上传至ngs-project项目的input-data文件夹中。

   health upload D:\local\data\xxx.R1.fastq.gz /input-data/