更新时间:2022-11-08 GMT+08:00
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修改应用

使用editupdate命令修改应用的内容,应用的名称和版本不支持修改。

命令结构

health edit app ID [flags]
# edit和update作用相同
health update app ID [flags]
表1 参数说明

参数

简写

是否必选

说明

ID

可选:

  • 应用的ID(app-id),使用命令行工具创建应用时生成。示例请参见创建应用命令示例
  • 应用的名称、版本、所在项目名称(app-name:version:srcproject),srcproject为源项目名称,可选。不指定srcproject时,默认为当前项目。例如GATK:4.0:projectname。

--yaml

-y

本地的应用模板路径。

--summary

-s

应用的简要描述。

--description

-d

应用的详细描述。

--commands

-c

镜像启动命令。设置方法请参见创建FastQC应用样例

--image

-i

镜像地址。获取方法请参见获取镜像地址

--labels

-l

标签,多个标签使用;符号分隔开。

--nodeLabels

-n

用于让应用调度到设置了该标签的节点上。

标签数量取值范围[0,1]。单个标签最大长度为63字符,必须以health.开头。

--project

指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。

  • 如果同时使用yaml模板和参数命令对描述、标签等参数进行了修改,最终修改结果以参数命令为准。
  • 对于可选参数,如果命令中包含了特殊字符,需使用""括起来。
  • 如果特殊字符中包含了双引号,需依据不同操作系统对特殊字符的规范来设置参数命令,例如:
    # 原镜像启动命令
    bash -c "source activate my-rdkit-env && python adme.py --file_in ${file-in} --file_out ${dir-out}/adme_info.txt > ${dir-out}/adme.log 2>&1";cat ${dir-out}/adme.log
    
    # windows系统下镜像启动命令
    "bash -c """source activate my-rdkit-env ^&^& python adme.py --file_in ${file-in} --file_out ${dir-out}/adme_info.txt ^> ${dir-out}/adme.log 2^>^&1"""";"cat ${dir-out}/adme.log"
    
    # Linux系统下镜像启动命令
    'bash -c "source activate my-rdkit-env && python adme.py --file_in ${file-in} --file_out ${dir-out}/adme_info.txt > ${dir-out}/adme.log 2>&1";cat ${dir-out}/adme.log'

命令示例

本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。

  • 通过指定“app-id”修改应用。
    health edit app 550e8400-e29b-41d4-a716-446655440000 -y  D:\template.yaml
    # 返回结果如下
    edit app succeed!
  • 通过指定“app-name:version:srcproject”修改应用,并修改描述信息、标签。
    health edit app app-name:version:srcproject -d "详细描述" -s "简要描述" -c "fastqc" -l "labelA;labelB"
    # 返回结果如下
    edit app succeed!

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