新建应用
详细的创建应用过程、镜像填写方法、参数填写方法,请参考创建应用样例章节。
- 单击“新建应用”,进入新建应用页面。
图1 新建应用
- 填写应用的基本信息,包括“名称”、“版本”、“图标”、“标签”、“短描述”和“描述”。
图2 基本信息
- 选择镜像和镜像版本。
详细的镜像介绍和制作方法请参见镜像管理。
- 填写镜像启动命令。
镜像启动命令需要引用输入、输出参数中的变量,并以大括号扩起,以$符号进行引用。
镜像启动命令支持多行输入,每行最多256字符,最多支持300行。
例如,bamqc软件输入参数填写为genomedir、thread和input,输出参数为outputdir,则镜像启动命令如下所示。
bamqc -t ${thread} -g ${genomedir} --noextract -o ${outputdir} ${input}
图3 镜像信息
- 选择CPU、GPU类型和大小,选择内存大小,内存单位为GB。
- CPU架构依赖于制作镜像过程中选择的系统类型,以及制作镜像时所需的生物信息学软件支持在X86还是ARM上运行。例如,GATK是基于X86指令集开发的生信软件,使用CentOS的X86系统创建GATK镜像,则在创建应用时选择“X86”。
- CPU需求:请按实际需求填写,取值范围为“0.1-128”,单位C,支持一位小数,不填默认1C。
- Memory需求:请按实际需求填写,取值范围为“0.1-3072”,单位GB,支持一位小数,不填默认1GB。
- GPU类型:请按实际需求填写,取值范围为“无、GPU、D310、Snt9”,如果选择Snt9,GPU需求需要是0、1、2、4、8。
- GPU需求:请按实际需求填写,只能输入0到16的正整数。
- 计算节点标签:请选择标签名称,不支持多选。应用将会调度到有相应节点标签的计算节点。计算节点标签设置方法请参见计算资源标签管理。
图4 CPU、内存、GPU
- 填写输入参数、输出参数。
参数填写时,输入参数及输出参数有字符串(String),文件(File),文件夹(Directory),枚举(Enum)四种类型。
图5 参数信息
- 对于输入参数,打开“并发”开关,在启动作业时,每个参数可以设置多个参数值,自动生成多个作业并发执行。并发执行的作业数为设置的参数值个数的乘积。
例如,存在输入参数a和输入参数b,在启动作业时,分别给参数a设置了2个参数值,给参数b设置了2个参数值。那么,系统将自动生成4个作业并发执行。
- 对于输出参数,如果镜像启动命令中指定了输出参数,则在设置输出参数时,需要勾选“必传”,并填写“默认值”。
- 如果输出参数为Directory、File类型,默认值必须以/开头,且不能以/结尾,开头的'/'代表本项目的桶路径。
- 如果输出参数为String,默认值最大长度不超过256,仅支持字母、数字、中划线、下划线、小数点和斜线。
- 如果输出参数为Enum类型,需填写有效值,并在有效值中选择默认值。
- 对于输入参数,打开“并发”开关,在启动作业时,每个参数可以设置多个参数值,自动生成多个作业并发执行。并发执行的作业数为设置的参数值个数的乘积。
- 单击“立即创建”,创建应用。