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相关参数

更新时间:2024-07-02 GMT+08:00
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物化性质(Physicochemical Property)

Molecular Weight (MW)

分子量大小,包含氢原子,最佳分子量在100~600之间。

Molecular Refractivity (MR)

总极化率,取决于分子的温度、折射率和压力。

Volume

范德华体积。

Density

密度,Density = MW / Volume。

pKa

酸解离常数,该值与化合物的结构直接相关。

Check Acid

酸碱性,acid为分子呈酸性,base为碱性。

nHA

Number of hydrogen bond acceptors,氢键受体的数量,最佳在0~12之间。

nHD

Number of hydrogen bond donors,氢键供体的数量,最佳在0~7之间。

nRot

Number of rotatable bonds,旋转键的数量,最佳在0~11之间。

nRing

Number of rings,分子环的数量,最佳在0~6之间。

MaxRing

Number of atoms in the biggest ring,最大环的原子数,最佳在0~18之间。

nHet

Number of heteroatoms,杂原子的数量,即非碳原子和氢原子的原子数,最佳在1~15之间。

fChar

Formal charge,形式电荷,最佳在-4~4之间。

nRig

Number of rigid bonds,刚性键的数量,最佳在0~30之间。

Flexibility

分子的柔性,Flexibility= nRot / nRig。

stereocenters

Number of stereocenters,立体异构体的数量,最佳在<=2。

TPSA

Topological polar surface area,拓扑极性表面积,最佳在0~140之间。

logS

The logarithm of aqueous solubility value,水溶性值的对数,单位为log mol/L,最佳区间为-4~0.5 log mol/L。

logP

The logarithm of the n-octanol/water distribution coefficient,脂溶性值的对数,单位为log mol/L,最佳区间在0~3 log mol/L。

药物化学(Medicinal Chemistry)

QED

  • quantitative estimate of drug-likeness, 成药性。
  • 结果解释:大于0.67为易获取,0.49 ~ 0.67不易获取,小于0.34为化合物太复杂。

SAscore

  • Synthetic accessibility score,合成可及性分数,旨在评估分子的合成难易程度。
  • 结果解释:大于等于6为较难合成,小于6为较易合成。

SCscore

Synthetic complexity score,合成复杂度分数。

Fsp3

  • 碳饱和度,旨在评估分子的空间结构复杂度。
  • 结果解释:大于等于0.42为最佳。

NPscore

  • The Natural Product-likeness score,天然产物的相似度评分。
  • 结果解释:最佳在-5~5之间,分数越高代表越接近天然产物。

Lipinski Rule

  • Lipinski规则,MW≤500;logP≤5; nHA≤10; nHD≤5。
  • 结果解释:超过2个及以上不满足以上规则,代表吸收和渗透性较差。

Pfizer Rule

  • Pfizer规则,logP <=3;TPSA>=75。
  • 结果解释:两个都不满足的话,代表有毒性。

GSK Rule

  • GSK规则,MW ≤ 400; logP ≤ 4。
  • 结果解释:满足以上条件,代表具有较好的成药性特征。

Golden Triangle

  • Golden Triangle规则,200 ≤MW ≤50;-2 ≤ logD ≤5。
  • 结果解释:满足以上条件,代表具有较好的成药性特征。

PAINS

  • 频繁命中化合物过滤,PAINS数据库具有480个子结构。
  • 结果解释:数值代表有多少个子结构匹配该数据库,可以通过DETAIL查看所匹配的子结构特征。

ALARM NMR Rule

  • 频繁命中化合物过滤,ALARM NMR数据库具有75个子结构。
  • 结果解释:同PAINS。

BMS Rule

  • 频繁命中化合物过滤,BMS数据库具有176个子结构。
  • 结果解释:同PAINS。

Chelator Rule

  • 频繁命中化合物过滤,Chelator数据库具有55个子结构。
  • 结果解释:同PAINS。

吸收(Absorption)

Caco-2 Permeability

  • 人体结肠腺癌细胞系(Caco-2)用来估计药物渗透性。单位为Log cm/s。
  • 结果解释:大于-5.15 log cm/s代表具有较好的渗透性。

MDCK Permeability

  • MDCK细胞的表观渗透系数Papp用来估计药物进入人体的吸收效率。单位为cm/s。
  • 结果解释:大于20 x 10-6cm/s代表具有较好的渗透性,2~20 x 10-6cm/s具有一般渗透性,小于2 x 10-6cm/s具有较差的渗透性。

Pgp-inhibitor

  • Pgp-inhibitor,Pgp抑制。0为非Pgp抑制,1为Pgp抑制。
  • 结果解释:预测值的范围在0~1之间。

Pgp-substrate

  • Pgp-substrate,Pgp基质。0为非Pgp基质,1为Pgp基质。
  • 结果解释:预测值的范围在0~1之间。

HIA

  • Human intestinal absorption,人体肠道吸收指标。HIA大于30%代表具有较好的吸收性(HIA+),小于30%为(HIA-)。
  • 结果解释:预测值的范围在0~1之间。

F20%

  • The human oral bioavailability 20%,人体口服生物利用度。大于20%为(F20%+),小于20%为(F20%-)。
  • 结果解释:预测值的范围在0~1之间。

F30%

  • The human oral bioavailability 30%,人体口服生物利用度。大于30%为(F30%+),小于30%为(F30%-)。
  • 结果解释:预测值的范围在0~1之间。

分布(Distribution)

PPB

  • Plasma protein binding,血浆蛋白结合度。结合度的多少会影响药物的渗透情况。
  • 结果解释:结合度小于90%比较合适。

VD

  • Volume Distribution,体积分布,单位为L/kg。
  • 结果解释:VD值在0.04~20L/kg之间较好。

BBB Penetration

  • blood–brain barrier Penetration,血脑屏障。作用于中枢神经系统的药物需要穿过血脑屏障 (BBB) 才能达到其分子靶点。相反,对于具有外围靶点的药物,不需要BBB渗透以避免中枢神经系统副作用,单位为cm/s。logBB 大于-1为(BBB+), logBB小于等于-1为(BBB-),数值在0~1之间。
  • 结果解释:预测值的范围在0~1之间。

Fu

  • The fraction unbound in plasms,未结合血清蛋白的比例。药物与血清蛋白的结合程度越高,渗透性越差。
  • 结果解释:未结合比例大于等于5%效果较好。

排泄(Excretion)

CL

  • The clearance of a drug,药物的清除率。单位为ml/min/kg。
  • 结果解释:清除率大于等于5 ml/min/kg较好。

T1/2

  • 药物的半衰期。T1/2大于3为(T1/2+),小于等于3为(T1/2-)。
  • 结果解释:数值范围在0~1之间,数值越高,代表半衰期越长,越不容易清除。

Vina score

靶点口袋分子设计后的分子的vina score分数。

similarity

靶点口袋分子设计后的分子与原始分子的相似度,计算的是ECFP4 Tanimoto相似度。

score

优化后小分子的综合打分。

Vina Score1

分子优化如果添加了靶点,将会计算对接结合能,并按照Vina Score进行排序,Vina Score Top1分数。

Vina Score2

分子优化如果添加了靶点,将会计算对接结合能,并按照Vina Score进行排序,Vina Score Top2分数。

Vina Score3

分子优化如果添加了靶点,将会计算对接结合能,并按照Vina Score进行排序,Vina Score Top3分数。

代谢(Metabolism)

Metabolism

  • 药物代谢反应过程可以分为两大类:第一阶段(氧化反应),第二阶段(共轭反应),人类细胞色素P450家族与第一阶段的氧化反应有关,其中1A2、3A4、2C9同工酶尤为重要,大部分集中在肝脏。0为非抑制剂/非基质,1为抑制剂/基质,数值范围在0~1之间。
  • 结果解释:预测值的范围在0~1之间。

CYP1A2 inhibitor

  • 细胞色素P450 1A2亚型抑制剂,0为非抑制剂,1为抑制剂。
  • 结果解释:预测值的范围在0~1之间。

CYP2C9 inhibitor

  • 细胞色素P450 2C9亚型抑制剂,0为非抑制剂,1为抑制剂。
  • 结果解释:预测值的范围在0~1之间.

CYP3A4 inhibitor

  • 细胞色素P450 3A4亚型抑制剂,0为非抑制剂,1为抑制剂。
  • 结果解释:预测值的范围在0~1之间。
CYP2C19 inhibitor
  • 细胞色素P450 2C19亚型抑制剂,0为非抑制剂,1为抑制剂。
  • 结果解释:预测值的范围在0~1之间。
CYP2D6 inhibitor
  • 细胞色素P450 2D6亚型抑制剂,0为非抑制剂,1为抑制剂。
  • 结果解释:预测值的范围在0~1之间。

生物活性(Bioactivity)

β-secretase 1 inhibitor

  • beta-分泌酶抑制剂。0为非抑制剂,1为抑制剂,数值范围在0~1之间。
  • 结果解释:预测值的范围在0~1之间。

HIV inhibitor

  • HIV 复制抑制剂。0为非抑制剂,1为抑制剂,数值范围在0~1之间。
  • 结果解释:预测值的范围在0~1之间。

毒性(Toxicity)

hERG Blockers

  • The human ether-a-go-go related gene,hERG阻断心悸、昏厥甚至猝死。IC50>10μm或者在10μm小于50%抑制率定义为hERG-(0),IC50<10μm或者在10μm时大于50%抑制率定义为hERG+(1)。
  • 0为hERG阴性,1为hERG阳性,数值范围在0~1之间。
  • 结果解释:预测值的范围在0~1之间。

H-HT

  • The human hepatotoxicity,药物肝损伤。0为H-HT阴性,1为H-HT阳性,数值范围在0~1之间。

    结果解释:预测值的范围在0~1之间。

DILI

  • Drug-induced liver injury (DILI),药物肝损伤。0为DILI阴性,1为DILI阳性,数值范围在0~1之间。
  • 结果解释:预测值的范围在0~1之间。

AMES Toxicity

  • The Ames test for mutagenicity,致突变试验。0为AMES阴性,1为AMES阳性,数值范围在0~1之间。
  • 结果解释:预测值的范围在0~1之间。

FDAMDD

  • 药物毒性计量阈值。单位为mmol/kg-bw/day,小于等于0.011 mmol/kg-bw/day为FDAMDD阳性,大于0.011 mmol/kg-bw/day 为FDAMDD阴性。
  • 结果解释:预测值的范围在0~1之间。

Skin Sensitization

  • 皮肤过敏性。药物皮肤过敏可诱发过敏性接触性皮炎,是一种重要的指标。0非不皮肤过敏,1为皮肤过敏,数值在0~1之间。
  • 结果解释:预测值的范围在0~1之间。

Carcinogencity

  • 致癌性。0为非致癌物,1为致癌,数值在0~1之间。
  • 结果解释:预测值的范围在0~1之间。

Eye Corrosion/Irritation

  • 眼睛腐蚀性/刺激性。角膜和结膜组织构成眼睛的前表面,因此角膜结膜组织直接暴露在空气中,容易受到化学物质的伤害。0为非眼睛腐蚀或者刺激性,1为眼睛腐蚀或者刺激性,数值在0~1之间。
  • 结果解释:预测值的范围在0~1之间。

环境毒性(Environmental Toxicity)

Bioconcentration Factors

生物浓缩系数(BFC)。生物体内某种化合物的浓度同水中该物质的浓度比值,单位为log10(L/kg)。

IGC50

48 hour Tetrahymena pyriformis IGC50(50% Inhibition Growth Concentration),导致50% Tetrahymena pyriformis生长抑制,在48小时后的化学物质浓度。单位为−log10[(mg/L)/(1000*MW)]。

LC50FM

96 hour fathead minnow LC50,导致50% fathead minnow死亡,在96小时后的化学物质浓度。单位为−log10[(mg/L)/(1000*MW)]。

LC50DM

48 hour Daphnia magna LC50,导致50% Daphnia magna死亡,在48小时后的化学物质浓度。单位为−log10[(mg/L)/(1000*MW)]。

Tox21通路(Tox21 Pathway)

NR-AR

  • Androgen receptor,雄激素受体。在AR依赖性前列腺癌和其他相关雄激素相关疾病中其关键作用,内分泌干扰物与AR的相互作用,会破坏正常的内分泌功能,因此需要了解化学物质对ER信号通路的影响。0为AR无活性,1为AR有活性。数值在0~1之间。
  • 结果解释:预测值的范围在0~1之间。

NR-AR-LBD

  • 雄激素受体配体结合区。0为AR-LBD无活性,1为AR-LBD有活性。数值在0~1之间。
  • 结果解释:预测值的范围在0~1之间。

NR-AhR

  • The Aryl hydrocarbon Receptor,芳香烃受体。AhR是一种配体激活性转录因子。当与多环芳烃、卤代芳烃等配体结合后,可调控一系列基因的表达。0为AhR无活性,1为AhR有活性。数值在0~1之间。
  • 结果解释:预测值的范围在0~1之间。

NR-Aromatase

  • Aromatase,芳香化酶,是雌激素生物合成的关键酶。0为Aromatase无活性,1为Aromatase有活性。数值在0~1之间。
  • 结果解释:预测值的范围在0~1之间。

NR-ER

  • Estrogen receptor,雌激素受体。在发育和新城代谢中起重要作用,内分泌干扰物与ER的相互作用,会破坏正常的内分泌功能,因此需要了解化学物质对ER信号通路的影响,0为Estrogen receptor无活性,1为Estrogen receptor有活性。数值在0~1之间。
  • 结果解释:预测值的范围在0~1之间。

NR-ER-LBD

  • 雌激素受体配体结合区。0为ER-LBD无活性,1为ER-LBD有活性。数值在0~1之间。
  • 结果解释:预测值的范围在0~1之间。

NR-PPAR-gamma

  • peroxisome proliferator-activated receptors PPAR,过氧化物酶体增殖物激活受体。PPAR是一类由配体激活的核转录因子,PPAR超家族有3个亚型:即PPAR-α、 PPAR-δ(又称PPAR-β或NUC-1)和PPAR-γ,分别由不同的基因编码,PPAR-γ受体(格列酮受体)。参与调节糖脂代谢。0为PPAR-gamma无活性,1为PPAR-gamma有活性。数值在0~1之间。
  • 结果解释:预测值的范围在0~1之间。

SR-ARE

  • antioxidant response element ARE,抗氧化反应元件。ARE与Nrf2结合,启动下游大量的抗氧化酶基因的转录。0为ARE无活性,1为ARE有活性。数值在0~1之间。
  • 结果解释:预测值的范围在0~1之间。

SR-ATAD5

  • ATPase family AAA domain-containing protein 5,三磷酸腺苷酶家族蛋白5。ATAD5会随着各种类型的DNA损伤而在蛋白质水平上增长。0为ATAD5无活性,1为ATAD5有活性,数值在0~1之间。
  • 结果解释:预测值的范围在0~1之间。

SR-HSE

  • Heat shock factor,热激蛋白。HSE是一类功能性相关蛋白质,当细胞受到升高温度或其他胁迫时它们的表达就会增长。0为HSE无活性,1为HSE有活性,数值在0~1之间。
  • 结果解释:预测值的范围在0~1之间。

SR-MMP

  • Mitochondrial membrane potential,线粒体膜电位。线粒体是动植物细胞生成ATP的主要地点,是促进细胞能量转换、参与细胞凋亡的重要细胞器。 线粒体在产生能量时会将电化学势能储存于线粒体内膜,在内膜两侧,若质子及其他离子浓度的不对称分布就会形成线粒体膜电位,即MMP,测量活细胞中的MMP通常用于评估化学物质对线粒体功能的影响。0为MMP无活性,1为MMP有活性,数值在0~1之间。
  • 结果解释:预测值的范围在0~1之间。

SR-p53

  • p53,一种肿瘤抑制因子,控制细胞周期的启动。在所有恶性肿瘤中,50%以上会出现该基因的突变。0为p53无活性,1为p53有活性,数值在0~1之间。
  • 结果解释:预测值的范围在0~1之间。

毒效团(Toxicophore Rules)

Acute Toxicity Rule:

  • 有20个子结构,含有该子结构可能在口服给药期间引起急性毒性。
  • 结果解释:数值代表有多少个子结构匹配此数据库,可以通过DETAIL查看所匹配的子结构特征。

Genotoxic Carcinogenicity Rule

  • 117个子结构,含有该子结构可能通过遗传毒性引起致癌性或者致突变性。
  • 结果解释:数值代表有多少个子结构匹配此数据库,可以通过DETAIL查看所匹配的子结构特征。

NonGenotoxic Carcinogenicity Rule:

  • 23个子结构,含有该子结构可能通过非遗传毒性引起致癌性或者致突变性。

    结果解释:数值代表有多少个子结构匹配此数据库,可以通过DETAIL查看所匹配的子结构特征。

Skin Sensitization Rule

  • 155个子结构,含有该子结构可能会导致皮肤损伤。

    结果解释:数值代表有多少个子结构匹配此数据库,可以通过DETAIL查看所匹配的子结构特征。

Aquatic Toxicity Rule

  • 99个子结构,含有该子结构可能会对液体(包括水)造成毒性。
  • 结果解释:数值代表有多少个子结构匹配此数据库,可以通过DETAIL查看所匹配的子结构特征。

NonBiodegradable Rule

  • 19个子结构,含有该子结构可能会不可生物降解。
  • 结果解释:数值代表有多少个子结构匹配此数据库,可以通过DETAIL查看所匹配的子结构特征。

SureChEMBL Rule

  • 164个子结构,含有该子结构可能会具有不好的药物化学结构。

    结果解释:数值代表有多少个子结构匹配此数据库,可以通过DETAIL查看所匹配的子结构特征。

FAF-Drugs4 Rule

  • 154个子结构,含有该子结构可能会有毒性。
  • 结果解释:数值代表有多少个子结构匹配此数据库,可以通过DETAIL查看所匹配的子结构特征。

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