相关参数

物化性质（Physicochemical Property）

Molecular Weight (MW)：

分子量大小，包含氢原子，最佳分子量在100~600之间。

Molecular Refractivity (MR)：

总极化率，取决于分子的温度、折射率和压力。

Volume：

范德华体积。

Density：

密度，Density = MW / Volume。

pKa：

酸解离常数，该值与化合物的结构直接相关。

Check Acid：

酸碱性，acid为分子呈酸性，base为碱性。

nHA：

Number of hydrogen bond acceptors，氢键受体的数量，最佳在0~12之间。

nHD：

Number of hydrogen bond donors，氢键供体的数量，最佳在0~7之间。

nRot：

Number of rotatable bonds，旋转键的数量，最佳在0~11之间。

nRing：

Number of rings，分子环的数量，最佳在0~6之间。

MaxRing：

Number of atoms in the biggest ring，最大环的原子数，最佳在0~18之间。

nHet：

Number of heteroatoms，杂原子的数量，即非碳原子和氢原子的原子数，最佳在1~15之间。

fChar：

Formal charge，形式电荷，最佳在-4~4之间。

nRig：

Number of rigid bonds，刚性键的数量，最佳在0~30之间。

Flexibility：

分子的柔性，Flexibility= nRot / nRig。

stereocenters：

Number of stereocenters，立体异构体的数量，最佳在<=2。

TPSA：

Topological polar surface area，拓扑极性表面积，最佳在0~140之间。

logS：

The logarithm of aqueous solubility value，水溶性值的对数，单位为log mol/L，最佳区间为-4~0.5 log mol/L。

logP：

The logarithm of the n-octanol/water distribution coefficient，脂溶性值的对数，单位为log mol/L，最佳区间在0~3 log mol/L。

药物化学（Medicinal Chemistry）

QED：

• quantitative estimate of drug-likeness, 成药性。
• 结果解释：大于0.67为易获取，0.49 ~ 0.67不易获取，小于0.34为化合物太复杂。

SAscore：

• Synthetic accessibility score，合成可及性分数，旨在评估分子的合成难易程度。
• 结果解释：大于等于6为较难合成，小于6为较易合成。

SCscore：

Synthetic complexity score，合成复杂度分数。

Fsp³：

• 碳饱和度，旨在评估分子的空间结构复杂度。
• 结果解释：大于等于0.42为最佳。

NPscore：

• The Natural Product-likeness score，天然产物的相似度评分。
• 结果解释：最佳在-5~5之间，分数越高代表越接近天然产物。

Lipinski Rule：

• Lipinski规则，MW≤500；logP≤5； nHA≤10； nHD≤5。
• 结果解释：超过2个及以上不满足以上规则，代表吸收和渗透性较差。

Pfizer Rule：

• Pfizer规则，logP <=3；TPSA>=75。
• 结果解释：两个都不满足的话，代表有毒性。

GSK Rule：

• GSK规则，MW ≤ 400； logP ≤ 4。
• 结果解释：满足以上条件，代表具有较好的成药性特征。

Golden Triangle：

• Golden Triangle规则，200 ≤MW ≤50；-2 ≤ logD ≤5。
• 结果解释：满足以上条件，代表具有较好的成药性特征。

PAINS：

• 频繁命中化合物过滤，PAINS数据库具有480个子结构。
• 结果解释：数值代表有多少个子结构匹配该数据库，可以通过DETAIL查看所匹配的子结构特征。

ALARM NMR Rule：

• 频繁命中化合物过滤，ALARM NMR数据库具有75个子结构。
• 结果解释：同PAINS。

BMS Rule：

• 频繁命中化合物过滤，BMS数据库具有176个子结构。
• 结果解释：同PAINS。

Chelator Rule：

• 频繁命中化合物过滤，Chelator数据库具有55个子结构。
• 结果解释：同PAINS。

吸收（Absorption）

Caco-2 Permeability：

• 人体结肠腺癌细胞系（Caco-2）用来估计药物渗透性。单位为Log cm/s。
• 结果解释：大于-5.15 log cm/s代表具有较好的渗透性。

MDCK Permeability：

• MDCK细胞的表观渗透系数Papp用来估计药物进入人体的吸收效率。单位为cm/s。
• 结果解释：大于20 x 10^-6cm/s代表具有较好的渗透性，2~20 x 10^-6cm/s具有一般渗透性，小于2 x 10^-6cm/s具有较差的渗透性。

Pgp-inhibitor：

• Pgp-inhibitor，Pgp抑制。0为非Pgp抑制，1为Pgp抑制。
• 结果解释：预测值的范围在0~1之间。

Pgp-substrate：

• Pgp-substrate，Pgp基质。0为非Pgp基质，1为Pgp基质。
• 结果解释：预测值的范围在0~1之间。

HIA：

• Human intestinal absorption，人体肠道吸收指标。HIA大于30%代表具有较好的吸收性（HIA+），小于30%为（HIA-）。
• 结果解释：预测值的范围在0~1之间。

F_20%：

• The human oral bioavailability 20%，人体口服生物利用度。大于20%为（F_20%+），小于20%为（F_20%-）。
• 结果解释：预测值的范围在0~1之间。

F_30%：

• The human oral bioavailability 30%，人体口服生物利用度。大于30%为（F_30%+），小于30%为（F_30%-）。
• 结果解释：预测值的范围在0~1之间。

分布（Distribution）

PPB：

• Plasma protein binding，血浆蛋白结合度。结合度的多少会影响药物的渗透情况。
• 结果解释：结合度小于90%比较合适。

VD：

• Volume Distribution，体积分布，单位为L/kg。
• 结果解释：VD值在0.04~20L/kg之间较好。

BBB Penetration：

• blood–brain barrier Penetration，血脑屏障。作用于中枢神经系统的药物需要穿过血脑屏障 (BBB) 才能达到其分子靶点。相反，对于具有外围靶点的药物，不需要BBB渗透以避免中枢神经系统副作用，单位为cm/s。logBB 大于-1为（BBB+）, logBB小于等于-1为（BBB-），数值在0~1之间。
• 结果解释：预测值的范围在0~1之间。

Fu：

• The fraction unbound in plasms，未结合血清蛋白的比例。药物与血清蛋白的结合程度越高，渗透性越差。
• 结果解释：未结合比例大于等于5%效果较好。

排泄（Excretion）

CL：

• The clearance of a drug，药物的清除率。单位为ml/min/kg。
• 结果解释：清除率大于等于5 ml/min/kg较好。

T_1/2：

• 药物的半衰期。T_1/2大于3为（T_1/2+），小于等于3为（T_1/2-）。
• 结果解释：数值范围在0~1之间，数值越高，代表半衰期越长，越不容易清除。

Vina score

靶点口袋分子设计后的分子的vina score分数。

similarity

靶点口袋分子设计后的分子与原始分子的相似度，计算的是ECFP4 Tanimoto相似度。

score

优化后小分子的综合打分。

Vina Score1

分子优化如果添加了靶点，将会计算对接结合能，并按照Vina Score进行排序，Vina Score Top1分数。

Vina Score2

分子优化如果添加了靶点，将会计算对接结合能，并按照Vina Score进行排序，Vina Score Top2分数。

Vina Score3

分子优化如果添加了靶点，将会计算对接结合能，并按照Vina Score进行排序，Vina Score Top3分数。

代谢（Metabolism）

Metabolism

• 药物代谢反应过程可以分为两大类：第一阶段（氧化反应），第二阶段（共轭反应），人类细胞色素P450家族与第一阶段的氧化反应有关，其中1A2、3A4、2C9同工酶尤为重要，大部分集中在肝脏。0为非抑制剂/非基质，1为抑制剂/基质，数值范围在0~1之间。
• 结果解释：预测值的范围在0~1之间。

CYP1A2 inhibitor

• 细胞色素P450 1A2亚型抑制剂，0为非抑制剂，1为抑制剂。
• 结果解释：预测值的范围在0~1之间。

CYP2C9 inhibitor

• 细胞色素P450 2C9亚型抑制剂，0为非抑制剂，1为抑制剂。
• 结果解释：预测值的范围在0~1之间.

CYP3A4 inhibitor

• 细胞色素P450 3A4亚型抑制剂，0为非抑制剂，1为抑制剂。
• 结果解释：预测值的范围在0~1之间。

生物活性（Bioactivity）

β-secretase 1 inhibitor：

• beta-分泌酶抑制剂。0为非抑制剂，1为抑制剂，数值范围在0~1之间。
• 结果解释：预测值的范围在0~1之间。

HIV inhibitor：

• HIV 复制抑制剂。0为非抑制剂，1为抑制剂，数值范围在0~1之间。
• 结果解释：预测值的范围在0~1之间。

毒性（Toxicity）

hERG Blockers：

• The human ether-a-go-go related gene，hERG阻断心悸、昏厥甚至猝死。IC50>10μm或者在10μm小于50%抑制率定义为hERG-（0），IC50<10μm或者在10μm时大于50%抑制率定义为hERG+（1）。
• 0为hERG阴性，1为hERG阳性，数值范围在0~1之间。
• 结果解释：预测值的范围在0~1之间。

H-HT：

• The human hepatotoxicity，药物肝损伤。0为H-HT阴性，1为H-HT阳性，数值范围在0~1之间。

  结果解释：预测值的范围在0~1之间。

DILI：

• Drug-induced liver injury (DILI)，药物肝损伤。0为DILI阴性，1为DILI阳性，数值范围在0~1之间。
• 结果解释：预测值的范围在0~1之间。

AMES Toxicity：

• The Ames test for mutagenicity，致突变试验。0为AMES阴性，1为AMES阳性，数值范围在0~1之间。
• 结果解释：预测值的范围在0~1之间。

FDAMDD：

• 药物毒性计量阈值。单位为mmol/kg-bw/day，小于等于0.011 mmol/kg-bw/day为FDAMDD阳性，大于0.011 mmol/kg-bw/day 为FDAMDD阴性。
• 结果解释：预测值的范围在0~1之间。

Skin Sensitization：

• 皮肤过敏性。药物皮肤过敏可诱发过敏性接触性皮炎，是一种重要的指标。0非不皮肤过敏，1为皮肤过敏，数值在0~1之间。
• 结果解释：预测值的范围在0~1之间。

Carcinogencity：

• 致癌性。0为非致癌物，1为致癌，数值在0~1之间。
• 结果解释：预测值的范围在0~1之间。

Eye Corrosion/Irritation：

• 眼睛腐蚀性/刺激性。角膜和结膜组织构成眼睛的前表面，因此角膜结膜组织直接暴露在空气中，容易受到化学物质的伤害。0为非眼睛腐蚀或者刺激性，1为眼睛腐蚀或者刺激性，数值在0~1之间。
• 结果解释：预测值的范围在0~1之间。

环境毒性（Environmental Toxicity）

Bioconcentration Factors：

生物浓缩系数（BFC）。生物体内某种化合物的浓度同水中该物质的浓度比值，单位为log10(L/kg)。

IGC₅₀：

48 hour Tetrahymena pyriformis IGC50（50% Inhibition Growth Concentration），导致50% Tetrahymena pyriformis生长抑制，在48小时后的化学物质浓度。单位为−log10[(mg/L)/(1000*MW)]。

LC₅₀FM：

96 hour fathead minnow LC50，导致50% fathead minnow死亡，在96小时后的化学物质浓度。单位为−log10[(mg/L)/(1000*MW)]。

LC₅₀DM：

48 hour Daphnia magna LC50，导致50% Daphnia magna死亡，在48小时后的化学物质浓度。单位为−log10[(mg/L)/(1000*MW)]。

Tox21通路（Tox21 Pathway）

NR-AR：

• Androgen receptor，雄激素受体。在AR依赖性前列腺癌和其他相关雄激素相关疾病中其关键作用，内分泌干扰物与AR的相互作用，会破坏正常的内分泌功能，因此需要了解化学物质对ER信号通路的影响。0为AR无活性，1为AR有活性。数值在0~1之间。
• 结果解释：预测值的范围在0~1之间。

NR-AR-LBD：

• 雄激素受体配体结合区。0为AR-LBD无活性，1为AR-LBD有活性。数值在0~1之间。
• 结果解释：预测值的范围在0~1之间。

NR-AhR：

• The Aryl hydrocarbon Receptor，芳香烃受体。AhR是一种配体激活性转录因子。当与多环芳烃、卤代芳烃等配体结合后，可调控一系列基因的表达。0为AhR无活性，1为AhR有活性。数值在0~1之间。
• 结果解释：预测值的范围在0~1之间。

NR-Aromatase：

• Aromatase，芳香化酶，是雌激素生物合成的关键酶。0为Aromatase无活性，1为Aromatase有活性。数值在0~1之间。
• 结果解释：预测值的范围在0~1之间。

NR-ER：

• Estrogen receptor，雌激素受体。在发育和新城代谢中起重要作用，内分泌干扰物与ER的相互作用，会破坏正常的内分泌功能，因此需要了解化学物质对ER信号通路的影响，0为Estrogen receptor无活性，1为Estrogen receptor有活性。数值在0~1之间。
• 结果解释：预测值的范围在0~1之间。

NR-ER-LBD：

• 雌激素受体配体结合区。0为ER-LBD无活性，1为ER-LBD有活性。数值在0~1之间。
• 结果解释：预测值的范围在0~1之间。

NR-PPAR-gamma：

• peroxisome proliferator-activated receptors PPAR，过氧化物酶体增殖物激活受体。PPAR是一类由配体激活的核转录因子，PPAR超家族有3个亚型:即PPAR-α、 PPAR-δ（又称PPAR-β或NUC-1）和PPAR-γ,分别由不同的基因编码，PPAR-γ受体（格列酮受体）。参与调节糖脂代谢。0为PPAR-gamma无活性，1为PPAR-gamma有活性。数值在0~1之间。
• 结果解释：预测值的范围在0~1之间。

SR-ARE：

• antioxidant response element ARE，抗氧化反应元件。ARE与Nrf2结合，启动下游大量的抗氧化酶基因的转录。0为ARE无活性，1为ARE有活性。数值在0~1之间。
• 结果解释：预测值的范围在0~1之间。

SR-ATAD5：

• ATPase family AAA domain-containing protein 5，三磷酸腺苷酶家族蛋白5。ATAD5会随着各种类型的DNA损伤而在蛋白质水平上增长。0为ATAD5无活性，1为ATAD5有活性，数值在0~1之间。
• 结果解释：预测值的范围在0~1之间。

SR-HSE：

• Heat shock factor，热激蛋白。HSE是一类功能性相关蛋白质，当细胞受到升高温度或其他胁迫时它们的表达就会增长。0为HSE无活性，1为HSE有活性，数值在0~1之间。
• 结果解释：预测值的范围在0~1之间。

SR-MMP：

• Mitochondrial membrane potential，线粒体膜电位。线粒体是动植物细胞生成ATP的主要地点，是促进细胞能量转换、参与细胞凋亡的重要细胞器。 线粒体在产生能量时会将电化学势能储存于线粒体内膜，在内膜两侧，若质子及其他离子浓度的不对称分布就会形成线粒体膜电位，即MMP，测量活细胞中的MMP通常用于评估化学物质对线粒体功能的影响。0为MMP无活性，1为MMP有活性，数值在0~1之间。
• 结果解释：预测值的范围在0~1之间。

SR-p53：

• p53，一种肿瘤抑制因子，控制细胞周期的启动。在所有恶性肿瘤中，50%以上会出现该基因的突变。0为p53无活性，1为p53有活性，数值在0~1之间。
• 结果解释：预测值的范围在0~1之间。

毒效团（Toxicophore Rules）

Acute Toxicity Rule:

• 有20个子结构，含有该子结构可能在口服给药期间引起急性毒性。
• 结果解释：数值代表有多少个子结构匹配此数据库，可以通过DETAIL查看所匹配的子结构特征。

Genotoxic Carcinogenicity Rule：

• 117个子结构，含有该子结构可能通过遗传毒性引起致癌性或者致突变性。
• 结果解释：数值代表有多少个子结构匹配此数据库，可以通过DETAIL查看所匹配的子结构特征。

NonGenotoxic Carcinogenicity Rule:

• 23个子结构，含有该子结构可能通过非遗传毒性引起致癌性或者致突变性。

  结果解释：数值代表有多少个子结构匹配此数据库，可以通过DETAIL查看所匹配的子结构特征。

Skin Sensitization Rule：

• 155个子结构，含有该子结构可能会导致皮肤损伤。

  结果解释：数值代表有多少个子结构匹配此数据库，可以通过DETAIL查看所匹配的子结构特征。

Aquatic Toxicity Rule：

• 99个子结构，含有该子结构可能会对液体（包括水）造成毒性。
• 结果解释：数值代表有多少个子结构匹配此数据库，可以通过DETAIL查看所匹配的子结构特征。

NonBiodegradable Rule：

• 19个子结构，含有该子结构可能会不可生物降解。
• 结果解释：数值代表有多少个子结构匹配此数据库，可以通过DETAIL查看所匹配的子结构特征。

SureChEMBL Rule：

• 164个子结构，含有该子结构可能会具有不好的药物化学结构。

  结果解释：数值代表有多少个子结构匹配此数据库，可以通过DETAIL查看所匹配的子结构特征。

FAF-Drugs4 Rule：

• 154个子结构，含有该子结构可能会有毒性。
• 结果解释：数值代表有多少个子结构匹配此数据库，可以通过DETAIL查看所匹配的子结构特征。