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更新时间:2022-09-22 GMT+08:00
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如何将生物信息学软件封装为镜像并上传?

本章节提供了在EIHealth平台创建FastQC应用的样例,帮助您快速熟悉平台的使用方法。

FastQC是一款高通量序列数据的质量检控工具,此样例基于开源的FastQC软件,将软件制作成镜像,上传至平台,并基于此镜像创建应用。应用创建完成后可以直接使用FastQC应用,或将其编排至流程,和其他应用一起使用。

创建FastQC应用时,需要您熟悉该软件的使用,并具备一定的开发经验。FastQC的详细介绍请参考FastQC介绍。使用EIHealth平台创建FastQC应用的详细步骤如下所示:

步骤1:搭建Docker环境

步骤2:制作镜像

步骤3:上传镜像

步骤4:创建应用

步骤1:搭建Docker环境

  1. 搭建Docker环境,您可以任选以下两种方式搭建Docker环境。

    本示例中使用华为云弹性服务器ECS,并通过ECS搭建Docker环境。在创建ECS时,可以选择ECS的操作系统。例如,在Linux操作系统下,可以使用如下命令快速安装容器引擎。

    curl -fsSL get.docker.com -o get-docker.sh
    sh get-docker.sh
  2. 检查安装结果。

    执行docker --version命令,如果显示如下类似信息,表示Docker安装成功。

    图1 Docker安装成功

步骤2:制作镜像

方法1:直接下载官方的FastQC镜像。

执行如下命令下载FastQC镜像。

docker pull biocontainers/fastqc:v0.11.5

方法2:通过Dockerfile制作FastQC镜像。

  1. 执行vi Dockerfile命令,进入Dockerfile文件中,编写文件。
    FROM ubuntu:16.04
    # FastQC依赖java运行,需安装java环境。安装执行下载、解压缩的软件包
    RUN apt-get update && apt-get upgrade -y \
        && apt-get install -y default-jre perl wget zip
    # 下载FastQC,解压缩,设置FastQC可执行权限
    RUN wget https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.5.zip \
        && unzip fastqc_v0.11.5.zip \
        && rm fastqc_v0.11.5.zip \
        && chmod +x /FastQC/fastqc
    # 将FastQC添加到环境变量中
    ENV PATH "/FastQC:$PATH
  2. 按Esc键,并执行:wq退出Dockerfile。
  3. 制作镜像。
    docker build -t fastqc:v0.11.5 .

    详细的Dockerfile指令请参见Dockerfile参考

步骤3:上传镜像

  1. 下载命令行工具并进行初始化配置
  2. 使用health switch project命令进入到所需的项目中。
    # 命令结构
    health switch project <project-name>
    # 命令示例,例如进入到名为eihealth-user-project的项目中
    health switch project eihealth-user-project
  3. 使用命令行工具上传镜像到EIHealth平台。
    1. 使用health docker tag命令给要上传的镜像打标签。
      health docker tag biocontainers/fastqc:v0.11.5 fastqc:v0.11.5
    2. 使用health docker push命令上传镜像。
      health docker push fastqc:v0.11.5

    执行health docker images命令查看已有的镜像。

    详细的命令介绍请参见“命令行工具 > 镜像管理命令”章节。

  4. 登录EIHealth平台,在镜像列表中查看已上传的镜像。

步骤4:创建应用

  1. “项目管理”页面“工具”页签中,单击“新建应用”
  2. 填写应用的基本信息。

    “名称”填写fastqc,“版本”填写v0.11.5.2。“短描述”“描述”“标签”可选填。

    图2 填写基本信息
  3. 选择镜像。

    单击“选择镜像”,在“自定义镜像”列表中选择fastqc镜像和镜像版本。

  4. 依据FastQC命令说明填写镜像启动命令。

    镜像启动命令需要引用输入、输出参数中的变量,并以大括号扩起,以$符号进行引用。

    fastqc软件输入参数填写为input-file、threads,输出参数为output-dir,则镜像启动命令如下所示。

    使用-t命令,指定运行所需的线程数量。-o命令,指定存放输出结果的文件夹。输入文件夹已在填写参数时指定。

    fastqc -t ${threads} -o ${output-dir} ${input-file}
  5. 选择“X86”CPU架构,CPU需求建议0.2起。GPU类型选择“无”。
  6. 按需填写内存大小,单位为GB。FastQC运行中所需内存大小依赖于输入数据大小,建议至少1GB。
    图3 CPU、内存、GPU
  7. 填写参数。
    1. 通过阅读FastQC命令说明,了解命令。
      图4 FastQC命令
    2. 填写所需的输入参数。
      图5 输入参数
    1. 填写所需的输出参数。
      因镜像启动命令中指定了输出参数,设置输出参数时,需勾选“必传”,并填写“默认值”。例如,输出结果默认存放在fastqc_output文件夹中。
      图6 输出参数
  8. 单击“立即创建”,完成fastqc应用的创建。

    创建完成后的应用,将显示在应用列表中,您可以使用该应用创建分析作业。

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