如何将生物信息学软件封装为镜像并上传

本章节提供了在EIHealth平台创建FastQC应用的样例，帮助您快速熟悉平台的使用方法。

FastQC是一款高通量序列数据的质量检查工具，此样例基于开源的FastQC软件，将软件制作成镜像，上传至平台，并基于此镜像创建应用。应用创建完成后可以直接使用FastQC应用，或将其编排至流程，和其他应用一起使用。

创建FastQC应用时，需要您熟悉该软件的使用，并具备一定的开发经验。FastQC的详细介绍请参考FastQC介绍。使用EIHealth平台创建FastQC应用的详细步骤如下所示：

步骤1：搭建Docker环境

步骤2：制作镜像

步骤3：上传镜像

步骤4：创建应用

步骤1：搭建Docker环境

搭建Docker环境，您可以任选以下两种方式搭建Docker环境。
- 使用自己的电脑搭建Docker环境。
- 使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。
本示例中使用华为云弹性服务器ECS，并通过ECS搭建Docker环境。在创建ECS时，可以选择ECS的操作系统。例如，在Linux操作系统下，可以使用如下命令快速安装容器引擎。
```
curl -fsSL get.docker.com -o get-docker.sh
sh get-docker.sh
```
检查安装结果。
执行docker --version命令，如果显示如下类似信息，表示Docker安装成功。

图1 Docker安装成功

步骤2：制作镜像

方法1：直接下载官方的FastQC镜像。

执行如下命令下载FastQC镜像。

docker pull biocontainers/fastqc:v0.11.5

方法2：通过Dockerfile制作FastQC镜像。

执行vi Dockerfile命令，进入Dockerfile文件中，编写文件。

FROM ubuntu:16.04
# FastQC依赖java运行，需安装java环境。安装执行下载、解压缩的软件包
RUN apt-get update && apt-get upgrade -y \
    && apt-get install -y default-jre perl wget zip
# 下载FastQC，解压缩，设置FastQC可执行权限
RUN wget https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.5.zip \
    && unzip fastqc_v0.11.5.zip \
    && rm fastqc_v0.11.5.zip \
    && chmod +x /FastQC/fastqc
# 将FastQC添加到环境变量中
ENV PATH "/FastQC:$PATH

按Esc键，并执行:wq退出Dockerfile。
制作镜像。
```
docker build -t fastqc:v0.11.5 .
```
详细的Dockerfile指令请参见Dockerfile参考。

步骤3：上传镜像

下载命令行工具并进行初始化配置。

使用health switch project命令进入到所需的项目中。

# 命令结构
health switch project <project-name>
# 命令示例，例如进入到名为eihealth-user-project的项目中
health switch project eihealth-user-project

使用命令行工具上传镜像到EIHealth平台。
1. 使用health docker tag命令给要上传的镜像打标签。
```
health docker tag biocontainers/fastqc:v0.11.5 fastqc:v0.11.5
```
2. 使用health docker push命令上传镜像。
```
health docker push fastqc:v0.11.5
```
执行health docker images命令查看已有的镜像。

详细的命令介绍请参见“命令行工具 > 镜像管理命令”章节。
登录EIHealth平台，在镜像列表中查看已上传的镜像。

步骤4：创建应用

在“项目管理”页面“工具”页签中，单击“新建应用”。
填写应用的基本信息。
“名称”填写fastqc，“版本”填写v0.11.5.2。“短描述”、“描述”、“标签”可选填。

图2 填写基本信息
选择镜像。
单击“选择镜像”，在“自定义镜像”列表中选择fastqc镜像和镜像版本。
依据FastQC命令说明填写镜像启动命令。
镜像启动命令需要引用输入、输出参数中的变量，并以大括号扩起，以$符号进行引用。

fastqc软件输入参数填写为input-file、threads，输出参数为output-dir，则镜像启动命令如下所示。

使用-t命令，指定运行所需的线程数量。-o命令，指定存放输出结果的文件夹。输入文件夹已在填写参数时指定。
```
fastqc -t ${threads} -o ${output-dir} ${input-file}
```
选择“X86”CPU架构，CPU需求建议0.2起。GPU类型选择“无”。
按需填写内存大小，单位为GB。FastQC运行中所需内存大小依赖于输入数据大小，建议至少1GB。
图3 CPU、内存、GPU
填写参数。
1. 通过阅读FastQC命令说明，了解命令。
  图4 FastQC命令
2. 填写所需的输入参数。
  图5 输入参数
1. 填写所需的输出参数。
  因镜像启动命令中指定了输出参数，设置输出参数时，需勾选“必传”，并填写“默认值”。例如，输出结果默认存放在fastqc_output文件夹中。
  图6 输出参数
单击“立即创建”，完成fastqc应用的创建。
创建完成后的应用，将显示在应用列表中，您可以使用该应用创建分析作业。