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流程设计器

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更新时间: 2019/05/31 GMT+08:00

基因容器的流程中至少有一个工具,流程中每个工具会根据它们的先后顺序形成数据流,前一个工具会为后一个工具提供输入。

基因容器的流程设计器是一种用于创建、查看、修改流程的图形化工具。借助流程设计器,您可以拖拽工具到画布中,可视化连接各工具,指定工具间的先后顺序。

不管您是新手,还是熟悉基因容器流程编写的专家,设计器都能帮助您快速了解流程中各个工具的关系,并轻松修改流程。关于流程模板的编写方法请参阅GCS流程语言参考

为什么使用设计器?

使用设计器具备以下优势:

  • 可视化流程

    分析YAML格式的流程模板中的工具及其之间的关系是项艰难的任务。在设计器中,您可以查看流程中包含的工具的图形化表示,了解它们之间的关系。

    设计器在模板元数据中定义有关资源的信息,如资源大小、相对位置等。在打开流程模板时,设计器会自动添加此元数据,以便在保存模板时保留当前布局。当您在设计器中重新打开模板时,会显示和上次保存模板时完全相同的图表。

  • 简化流程模板编写工作

    在文本编辑器中编写流程模板时,必须手动编辑YAML,过程繁琐又容易出错。在设计器中,通过拖放新工具就能将其添加到模板中,在工具间拖出连接线即可建立关系。模板编写完后,您还可以直接在设计器中验证模板。

  • 借助集成的YAML编辑器简化编辑工作

    借助集成编辑器,您可以在设计器中执行所有模板修改操作。无需使用单独的文本编辑器来修改和保存模板。集成编辑器还提供了自动补全功能,它可列出资源的所有属性名称,无需您查找或记住。

设计器界面概述

基因容器的设计器界面由六个部分组成,分别是控制栏、资源栏、日志栏、设计台、流程模板栏和属性帮助栏。

设计器各部分详细功能说明如下:

图1 设计器界面
表1 流程设计器页面说明

编号(对应上图)

栏目

解释

1

控制栏

集中显示设计台的快捷控制操作。

2

资源栏

展示所有可被拖动设计的资源,包括“公共工具”“私有工具”“已有流程”“已有流程”中包括“示例流程”“自定义流程”

3

日志栏

展示操作或设计模板过程中所触发的错误信息、提示信息等。

例如,将流程模板由JSON格式切换成YAML格式时,日志栏会提示您已将流程模板成功转换为YAML。

4

设计台

设计模板的操作画布。您可以把想要编排的资源拖动到设计台画布,并运用其生成的连接点进行逻辑关系的定义与关联。

5

流程模板栏

设计过程中动态生成相应的流程模板,支持流程模板修改和属性定义。关于流程模板的编写方法请参阅GCS流程语言参考

6

属性帮助栏

释放一个拖动资源或选中一个拖动资源时,属性栏会展示您所选中资源所包含的属性名、属性类型,便于您在流程模板栏进行属性编写或定义时做参照。

流程资源/工具

基因测序流程使用的工具,是流程设计器设计编排的基本单位。

左侧工具拖拽到画布中后,出现一个图标,右键单击该图标。可查看到两个图标,单击可复制一个相同的工具,单击可删除该工具。

图2 右键单击工具
工具上有一个“空心点”,可以通过空心点来连接其他资源。鼠标移动到空心点上,单击该空心点,会出现一个箭头,拖动鼠标,将箭头挪动到目标工具上,目标工具会变成绿色状态,放开鼠标。从工具空心点连接到其他工具上的连接线代表上游任务依赖下游任务。
图3 连接线

设计器快捷键

操作

Windows

Mac

显示下一个错误信息

Alt-E

F4

显示上一个错误信息

Alt-Shift-E

Shift-F4

复制

Ctrl-C

Command-C

粘贴

Ctrl-V

Command-V

剪切

Ctrl-X

Command-X

全选

Ctrl-A

Command-A

定位到指定行

Ctrl-L

Command-L

展开/折叠当前元素

Alt-L|Ctrl-F1

Command-Alt-L|Command-F1

展开/折叠当前元素

Alt-Shift-L|Ctrl-Shift-F1

Command-Alt-Shift-L|Command-Shift-F1

展开/折叠父元素

F2

F2

展开/折叠父元素

Alt-F2

Alt-F2

折叠父级元素之外的其他元素

Alt-0

Command-Option-0

展开所有折叠的元素

Alt-Shift-0

Command-Option-Shift-0

找到选中文本的下一个

Ctrl-K

Command-G

找到选中文本的上一个

Ctrl-Shift-K

Command-Shift-G

选中当前文本或找到下一个

Alt-K

Ctrl-G

选中当前文本或找到上一个

Alt-Shift-K

Ctrl-Shift-G

查找

Ctrl-F

Command-F

选中光标位置到文本开头的所有内容

Ctrl-Shift-Home

Command-Shift-Home|Command-Shift-Up

前往文本开头

Ctrl-Home

Command-Home|Command-Up

选中光标位置到上一行结尾的所有内容

Shift-Up

Shift-Up|Ctrl-Shift-P

前往上一行

Up

Up|Ctrl-P

选中光标位置到文本结尾的所有内容

Ctrl-Shift-End

Command-Shift-End|Command-Shift-Down

前往文本结尾

Ctrl-End

Command-End|Command-Down

选中光标位置到下一行结尾的所有内容

Shift-Down

Shift-Down|Ctrl-Shift-N

前往下一行

Down

Down|Ctrl-N

选中单词在光标位置左边的内容

Ctrl-Shift-Left

Option-Shift-Left

前往左边单词的开头

Ctrl-Left

Option-Left

选中光标位置到当前行开头的内容

Alt-Shift-Left|Shift-Home

Command-Shift-Left|Ctrl-Shift-A

前往当前行开头位置

Alt-Left|Home

Command-Left|Home|Ctrl-A

选中左边文本

Shift-Left

Shift-Left|Ctrl-Shift-B

左移

Left

Left|Ctrl-B

选中单词在光标位置右边的内容

Ctrl-Shift-Right

Option-Shift-Right

前往右边单词的开头

Ctrl-Right

Option-Right

选中光标位置到当前行结尾的内容

Alt-Shift-Right|Shift-End

Command-Shift-Right|Shift-End|Ctrl-Shift-E

前往当前行结尾位置

Alt-Right|End

Command-Right|End|Ctrl-E

选中右边文本

Shift-Right

Shift-Right

右移

Right

Right|Ctrl-F

选中光标位置到当前页结尾的所有内容

Shift-PageDown

-

滚动到当前页结尾

-

Option-PageDown

前往当前页结尾

PageDown

PageDown|Ctrl-V

选中光标位置到当前页开头的所有内容

Shift-PageUp

-

滚动到当前页开头

-

Option-PageUp

前往当前页开头

PageUp

PageUp

向上滚动

Ctrl-Up

-

向下滚动

Ctrl-Down

-

开始记录文本输入

Ctrl-Alt-E

Command-Option-E

回放文件记录

Ctrl-Shift-E

Command-Shift-E

删除当前行

Ctrl-D

Command-D

复制当前行

Ctrl-Shift-D

Command-Shift-D

对选中行进行排序

Ctrl-Alt-S

Command-Alt-S

yaml注释/解除

Ctrl-/

Command-/

对选中的数字加一

Ctrl-Shift-Up

Alt-Shift-Up

对选择数字减一

Ctrl-Shift-Down

Alt-Shift-Down

文本替换

Ctrl-H

Command-Option-F

撤销

Ctrl-Z

Command-Z

重做

Ctrl-Shift-Z|Ctrl-Y

Command-Shift-Z|Command-Y

复制当前行到上一行

Alt-Shift-Up

Command-Option-Up

复制当前行到下一行

Alt-Shift-Down

Command-Option-Down

当前行上移

Alt-Up

Option-Up

当前行下移

Alt-Down

Option-Down

向右删除

Delete

Delete|Ctrl-D|Shift-Delete

向左删除

Shift-Backspace|Backspace

Ctrl-Backspace|Shift-Backspace|Backspace|Ctrl-H

向左删除或者剪切

Shift-Delete

-

删除光标位置到当前行开头的内容,有缩进

Alt-Backspace

Command-Backspace

删除光标位置到当前行结尾的内容,有缩进

Alt-Delete

Ctrl-K|Command-Delete

删除光标位置到当前行开头的内容,取消缩进

Ctrl-Shift-Backspace

-

删除光标位置到当前行结尾的内容

Ctrl-Shift-Delete

-

删除光标左边的单词

Ctrl-Backspace

Alt-Backspace|Ctrl-Alt-Backspace

删除光标右边的单词

Ctrl-Delete

Alt-Delete

取消缩进

Shift-Tab|Ctrl-[

Shift-Tab|Ctrl-[

缩进

Tab

Tab

空格缩进

Ctrl-]

Ctrl-]

和后一文本交换位置

Alt-Shift-X

Ctrl-T

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Ctrl-U

Ctrl-U

转换小写

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