示例

步骤1：WDL流程文件编写

使用Cromwell首先编写WDL流程文件，定义任务如何工作。Cromwell引擎使用WDL文件描述任务执行流程，WDL的语法规则请参见1.0 specification。

下面是一个简单示例WDL流程示例“example.wdl”。详细解释如下：

• 这个流程一共有3个步骤stepa、stepb、stepc，首先执行stepa，stepa使用firstInput 作为输入，且指定并发数为3；然后执行stepb，stepb使用stepa的输出stepa.out作为输入；然后执行stepc，stepc使用stepb的输出stepb.out作为输入。
• 最后将stepc.out作为最终输出结果。
• stepa、stepb、stepc中都定义了runtime运行时，指定了使用“swr.cn-north-1.myhuaweicloud.com/op_svc_gcs_container/cromwell:1.5.8”这个镜像，且指定了使用的资源大小为1核2G。

workflow example{
  File firstInput
  scatter (idx in range(3)) {
    call stepa { input: in=firstInput }
  }
  call stepb { input: in=stepa.out }
  call stepc { input: in=stepb.out }
  output {
    File result = stepc.out
  }
}
task stepa {
  File in
  command { cat ${in} > outputa.txt && cat outputa.txt}
  output { File out = "outputa.txt" }
  runtime {
    docker: "swr.cn-north-1.myhuaweicloud.com/op_svc_gcs_container/cromwell:1.5.8"
    cpu: "1"
    memory: "2G"
  }
}
task stepb {
  Array[File] in
  command { cat ${write_lines(in)} > outputb.txt && cat outputb.txt}
  output { File out = "outputb.txt" }
  runtime {
    docker: "swr.cn-north-1.myhuaweicloud.com/op_svc_gcs_container/cromwell:1.5.8"
    cpu: "1"
    memory: "2G"
  }
}
task stepc {
  File in
  command { cat ${in} > outputc.txt && cat outputc.txt}
  output { File out = "outputc.txt" }
  runtime {
    docker: "swr.cn-north-1.myhuaweicloud.com/op_svc_gcs_container/cromwell:1.5.8"
    cpu: "1"
    memory: "2G"
  }
}

上面流程定义了一个输入文件File firstInput，输入文件使用“.inputs”文件定义，如下“example.inputs”文件所示，example.firstInput使用“obs://gcs-tool-cn-north-1/example.txt”这个文件作为输入。

{
  "example.firstInput": "obs://gcs-tool-cn-north-1/example.txt",
}

步骤2：准备Cromwell环境

• 定义了流程后，需要准备Cromwell环境，Cromwell环境创建方法请参见创建Cromwell引擎。
• example.wdl使用了“swr.cn-north-1.myhuaweicloud.com/op_svc_gcs_container/cromwell:1.5.8”这个镜像，这个镜像是公共镜像，可以直接使用。在其他流程中使用镜像，您需要先制作好镜像，然后上传到华为云容器镜像服务中，然后再使用。
• example.inputs使用了OBS桶中的文件，“obs://gcs-tool-cn-north-1/example.txt”是一个公共可读文件，可以直接使用。在其他流程中使用文件，您可以先上传到OBS中，然后再使用。

步骤3：投递任务

环境准备好后，就可以投递任务了。

当前Cromwell引擎可以通过命令行和SDK两种方式使用。

• SDK的使用方法请参见Python SDK参考。初始化后调用Cromwell相关接口即可投递任务。
• 命令行使用方法请参见命令参考。安装命令行工具后，使用gcs sub wdl即可投递Cromwell任务。

这里使用命令行工具作为示例投递任务，如下所示。

gcs sub wdl example.wdl -i example.inputs -s gcs-env-test

gcs sub wdl是命令，example.wdl是流程文件，-example.inputs为输入文件，gcs-env-test是步骤2：准备Cromwell环境中创建的Cromwell环境的名称。

current environment is gcs-env-test
create wdl succeed
{
"id":
"aa215e0b-c896-4138-865e-6cf7921246b6",
"status": "Submitted",
"message": ""
}

步骤4：查看执行结果

任务投递后，您可以在基因容器控制台中实时查看任务的执行过程（包括执行结果热力图）、数据、状态、结果等信息。您还可以使用命令行直接查看，具体请参见gcs get wdl。

图1 执行结果