基因容器 GCS
基因容器 GCS
- 最新动态
- 产品介绍
- 快速入门
- 用户指南
- Cromwell引擎使用指南
- 最佳实践
- 流程语法参考
- Python SDK参考
- API参考
-
CLI参考
- 命令总览
- 安装命令行工具
- 示例：使用命令行执行简单脚本
-
gcs 命令详情
- gcs version
- gcs config add
- gcs config list
- gcs get kubectl
- gcs get enviroment
- gcs set env
- gcs get sfs
- gcs set sfs
- gcs get obscli
- gcs obs upload
- gcs get workflow
- gcs create workflow
- gcs del workflow
- gcs update workflow
- gcs sub workflow
- gcs get execution
- gcs create execution
- gcs del execution
- gcs set execution
- gcs sub job
- gcs sub repjob
- gcs get tool
- gcs sub wdl
- gcs get wdl
- gcs set wdl
- get get fr
- config.ini配置说明
- 常见问题
- 视频帮助
- 文档下载
- 通用参考
链接复制成功！
示例
本节通过一个简单的示例说明Cromwell的使用方法。
步骤1：WDL流程文件编写
使用Cromwell首先编写WDL流程文件，定义任务如何工作。Cromwell引擎使用WDL文件描述任务执行流程，WDL的语法规则请参见1.0 specification。
下面是一个简单示例WDL流程示例“example.wdl”。详细解释如下：
- 这个流程一共有3个步骤stepa、stepb、stepc，首先执行stepa，stepa使用firstInput 作为输入，且指定并发数为3；然后执行stepb，stepb使用stepa的输出stepa.out作为输入；然后执行stepc，stepc使用stepb的输出stepb.out作为输入。
- 最后将stepc.out作为最终输出结果。
- stepa、stepb、stepc中都定义了runtime运行时，指定了使用“swr.cn-north-1.myhuaweicloud.com/op_svc_gcs_container/cromwell:1.5.8”这个镜像，且指定了使用的资源大小为1核2G。
workflow example{
File firstInput
scatter (idx in range(3)) {
call stepa { input: in=firstInput }
}
call stepb { input: in=stepa.out }
call stepc { input: in=stepb.out }
output {
File result = stepc.out
}
}
task stepa {
File in
command { cat ${in} > outputa.txt && cat outputa.txt}
output { File out = "outputa.txt" }
runtime {
docker: "swr.cn-north-1.myhuaweicloud.com/op_svc_gcs_container/cromwell:1.5.8"
cpu: "1"
memory: "2G"
}
}
task stepb {
Array[File] in
command { cat ${write_lines(in)} > outputb.txt && cat outputb.txt}
output { File out = "outputb.txt" }
runtime {
docker: "swr.cn-north-1.myhuaweicloud.com/op_svc_gcs_container/cromwell:1.5.8"
cpu: "1"
memory: "2G"
}
}
task stepc {
File in
command { cat ${in} > outputc.txt && cat outputc.txt}
output { File out = "outputc.txt" }
runtime {
docker: "swr.cn-north-1.myhuaweicloud.com/op_svc_gcs_container/cromwell:1.5.8"
cpu: "1"
memory: "2G"
}
}上面流程定义了一个输入文件File firstInput，输入文件使用“.inputs”文件定义，如下“example.inputs”文件所示，example.firstInput使用“obs://gcs-tool-cn-north-1/example.txt”这个文件作为输入。
{
"example.firstInput": "obs://gcs-tool-cn-north-1/example.txt",
}步骤2：准备Cromwell环境
- 定义了流程后，需要准备Cromwell环境，Cromwell环境创建方法请参见创建Cromwell引擎。
- example.wdl使用了“swr.cn-north-1.myhuaweicloud.com/op_svc_gcs_container/cromwell:1.5.8”这个镜像，这个镜像是公共镜像，可以直接使用。在其他流程中使用镜像，您需要先制作好镜像，然后上传到华为云容器镜像服务中，然后再使用。
- example.inputs使用了OBS桶中的文件，“obs://gcs-tool-cn-north-1/example.txt”是一个公共可读文件，可以直接使用。在其他流程中使用文件，您可以先上传到OBS中，然后再使用。
步骤3：投递任务
环境准备好后，就可以投递任务了。
当前Cromwell引擎可以通过命令行和SDK两种方式使用。
- SDK的使用方法请参见Python SDK参考。初始化后调用Cromwell相关接口即可投递任务。
- 命令行使用方法请参见命令参考。安装命令行工具后，使用gcs sub wdl即可投递Cromwell任务。
这里使用命令行工具作为示例投递任务，如下所示。
gcs sub wdl example.wdl -i example.inputs -s gcs-env-test
gcs sub wdl是命令，example.wdl是流程文件，-example.inputs为输入文件，gcs-env-test是步骤2：准备Cromwell环境中创建的Cromwell环境的名称。
回显内容如下。
current environment is gcs-env-test
create wdl succeed
{
"id":
"aa215e0b-c896-4138-865e-6cf7921246b6",
"status": "Submitted",
"message": ""
}步骤4：查看执行结果
任务投递后，您可以在基因容器控制台中实时查看任务的执行过程（包括执行结果热力图）、数据、状态、结果等信息。您还可以使用命令行直接查看，具体请参见gcs get wdl。
图1 执行结果
