工具管理
工具是生物信息软件的镜像封装,工具既可以编排入流程串联使用,也可以独立使用。您可以基于基因容器为您提供业界主流的基因数据处理工具,当前已支持的公共工具请参见公共工具的范围。您可以直接使用公共工具来创建流程,如执行工具。此外,基因容器也支持添加自有工具并支持对接第三方数据处理服务,您可以添加私有工具来创建流程,这些工具都存放在“工具仓库”中。
公共工具的范围
基因容器当前已支持的公共工具有:
- busybox:BusyBox包含了一些简单的工具,例如ls、cat和echo等等,还包含了一些更大、更复杂的工具,例grep、find、mount以及telnet。
添加私有工具
您使用的工具如果不在GCS提供的公共工具中(公共工具的范围请参见公共工具的范围),您可以通过添加私有工具,使用自定义工具。
如要使用自有工具镜像,添加私有工具前,您需要前往容器镜像服务SWR上传镜像。
- 登录GCS控制台,选择左侧导航栏的“工具仓库”,在右侧页面单击“添加工具”。
- 设置工具参数,其中带“*”的参数为必填参数。
- 企业项目:
该参数针对企业用户使用。如需使用该功能,请联系客服申请开通。
企业项目是一种云资源管理方式,企业项目管理服务提供统一的云资源按项目管理,以及项目内的资源管理、成员管理,默认项目为default。
请从下拉列表中选择所在的企业项目。更多关于企业项目的信息,请参见《企业管理用户指南》。
- * 工具镜像:单击“选择镜像”,可选择“我的镜像”、“共享镜像”、“镜像中心”或“第三方镜像”。
- 我的镜像:您在容器镜像服务中上传的自有镜像。
- 共享镜像:他人共享给您的镜像。
- 镜像中心:公有镜像,例如nginx、alpine、busybox等。
- 第三方镜像:即SWR容器镜像仓库与镜像中心之外的镜像仓库,使用方法请参考如何使用第三方镜像。
- * 工具名称:新建工具的名称。
- * 工具版本:新建工具的版本。同一工具支持多版本,添加成功后可查看版本情况,如图1。
- 发布者:工具发布者名称。
- 工具LOGO:工具LOGO为60*60px大小,上传图片支持PNG、JPG格式。
- * 标签:工具的类别,也可添加自定义标签。添加成功后,可在“工具仓库>私有工具”的对应标签下找到该工具。
- 使用说明:工具的说明。
- 常用命令:多条命令以换行区分。
- 企业项目:
- 单击“完成”,工具即添加成功。可在“私有工具”中查看添加的工具。
查看工具
您可以查看公共工具和私有工具的使用说明和示例等。
- 登录GCS控制台,选择左侧导航栏的“工具仓库”,选择公共工具或私有工具。
- 单击工具名称,进入工具详情页面,该页面展示了工具的基本信息(名称、标签、创建时间、发布者、描述、企业项目)、使用说明、使用示例及工具版本,如图3。
- 在“私有工具”的工具详情页面,您还可以做如下操作:
- 更新工具:单击“更新工具”,可修改“发布者”、“工具描述”、“工具LOGO”、“使用说明”和“常用命令”。更新时只更新最新版本工具信息。
- 删除工具版本:
- 方法一:单击“删除”,在弹出的对话框中单击“确定”。
- 方法二:勾选要删除的工具,单击“删除工具”,在弹出的对话框中单击“确定”。该方法可批量删除工具版本。
若删除后工具不存在版本,则该工具将被删除。数据删除后不能恢复,请谨慎操作。
图4 删除工具版本
- 新增工具版本:单击“新增版本”,可新增工具版本。在新增版本页面设置工具参数,其中工具名称即为当前工具的名称,不可修改。工具版本名称不可与已有版本名称重复。