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工具管理

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更新时间:2020/08/21 GMT+08:00

工具是生物信息软件的镜像封装,工具既可以编排入流程串联使用,也可以独立使用。您可以基于基因容器为您提供业界主流的基因数据处理工具,当前已支持的公共工具请参见公共工具的范围。您可以直接使用公共工具来创建流程,如执行工具。此外,基因容器也支持添加自有工具并支持对接第三方数据处理服务,您可以添加私有工具来创建流程,这些工具都存放在“工具仓库”中。

公共工具的范围

基因容器当前已支持的公共工具有:

  • busybox:BusyBox包含了一些简单的工具,例如ls、cat和echo等等,还包含了一些更大、更复杂的工具,例grep、find、mount以及telnet。

添加私有工具

您使用的工具如果不在GCS提供的公共工具中(公共工具的范围请参见公共工具的范围),您可以通过添加私有工具,使用自定义工具。

如要使用自有工具镜像,添加私有工具前,您需要前往容器镜像服务SWR上传镜像。

  1. 登录GCS控制台,选择左侧导航栏的“工具仓库”,在右侧页面单击“添加工具”
  2. 设置工具参数,其中带“*”的参数为必填参数。

    • 企业项目:

      该参数针对企业用户使用。如需使用该功能,请联系客服申请开通。

      企业项目是一种云资源管理方式,企业项目管理服务提供统一的云资源按项目管理,以及项目内的资源管理、成员管理,默认项目为default。

      请从下拉列表中选择所在的企业项目。更多关于企业项目的信息,请参见《企业管理用户指南》

    • * 工具镜像:单击“选择镜像”,可选择“我的镜像”“共享镜像”“镜像中心”“第三方镜像”
      • 我的镜像:您在容器镜像服务中上传的自有镜像。
      • 共享镜像:他人共享给您的镜像。
      • 镜像中心:公有镜像,例如nginx、alpine、busybox等。
      • 第三方镜像:即SWR容器镜像仓库与镜像中心之外的镜像仓库,使用方法请参考如何使用第三方镜像
    • * 工具名称:新建工具的名称。
    • * 工具版本:新建工具的版本。同一工具支持多版本,添加成功后可查看版本情况,如图1
      图1 工具版本
    • 发布者:工具发布者名称。
    • 工具LOGO:工具LOGO为60*60px大小,上传图片支持PNG、JPG格式。
    • * 标签:工具的类别,也可添加自定义标签。添加成功后,可在“工具仓库>私有工具”的对应标签下找到该工具。
    • 使用说明:工具的说明。
    • 常用命令:多条命令以换行区分。

  3. 单击“完成”,工具即添加成功。可在“私有工具”中查看添加的工具。

执行工具

您可以直接使用公共工具运行流程,也可以使用已添加的私有工具运行流程。

  1. 登录GCS控制台,选择左侧导航栏的“工具仓库”,选择公共工具或私有工具,单击工具右侧的“执行”。
  2. 在弹出的对话框中,设置流程名称、内存、CPU,上传执行脚本(格式为.sh),单击“确定”,该任务将添加至自定义流程中。

    系统将自动跳转到“基因分析 > 自定义流程”的运行流程页面,运行流程操作请参考运行流程

    图2 执行工具

查看工具

您可以查看公共工具和私有工具的使用说明和示例等。

  1. 登录GCS控制台,选择左侧导航栏的“工具仓库”,选择公共工具或私有工具。
  2. 单击工具名称,进入工具详情页面,该页面展示了工具的基本信息(名称、标签、创建时间、发布者、描述、企业项目)、使用说明、使用示例及工具版本,如图3

    图3 工具详情

  3. “私有工具”的工具详情页面,您还可以做如下操作:

    • 更新工具:单击“更新工具”,可修改“发布者”“工具描述”“工具LOGO”“使用说明”“常用命令”。更新时只更新最新版本工具信息。
    • 删除工具版本:
      • 方法一:单击“删除”,在弹出的对话框中单击“确定”
      • 方法二:勾选要删除的工具,单击“删除工具”,在弹出的对话框中单击“确定”。该方法可批量删除工具版本。

      若删除后工具不存在版本,则该工具将被删除。数据删除后不能恢复,请谨慎操作。

      图4 删除工具版本
    • 新增工具版本:单击“新增版本”,可新增工具版本。在新增版本页面设置工具参数,其中工具名称即为当前工具的名称,不可修改。工具版本名称不可与已有版本名称重复。

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