分析流程

创建自定义流程

当需要使用除示例流程之外的流程执行分析时，首先要创建自定义流程。

1. 登录GCS控制台，左侧导航栏中选择“基因分析>自定义流程”，在右侧页面中选择“GCS流程”或“WDL流程”，单击“创建流程”。
2. 创建流程有两种方式：
   • 上传本地流程模板

     流程模板是一种遵循GCS流程或WDL流程描述语法规范的文本文件，用于控制流程的详细步骤。基因容器的流程模板的编写请参见流程语法参考。

     1. 设置流程信息。
        • 企业项目：

          该参数针对企业用户使用。如需使用该功能，请联系客服申请开通。

          企业项目是一种云资源管理方式，企业项目管理服务提供统一的云资源按项目管理，以及项目内的资源管理、成员管理，默认项目为default。

          请从下拉列表中选择所在的企业项目。更多关于企业项目的信息，请参见《企业管理用户指南》。

        • 流程名称：输入流程名称，需确保该值唯一。
        • 流程LOGO（可选）：上传流程LOGO。
        • 选择文件/选择WDL流程文件：上传流程模板文件，上传后可预览流程模板内容。
        • 发布者（可选）：输入发布者名称。
        • 流程描述（可选）：输入流程描述信息。
     2. 单击“创建”，创建成功后系统将自动跳转到“自定义流程”页面，可查看到已创建成功的流程。
   • 流程设计器创建（仅支持创建GCS流程）
     基因容器的流程设计器是一种用于创建、查看、修改流程的图形化工具，设计器的使用请参见流程设计器。

     1. 在设计器中拖拽工具到画布中，连接各工具，指定工具间的先后顺序。
     2. 参照设计器属性帮助栏的提示修改流程模板，单击设计器页面顶部的，校验模板是否正确。在界面左侧“操作日志”窗口中若出现“流程校验成功”，表示流程正确。
     3. 单击设计器页面顶部的，选择“自定义流程”，选择企业项目，输入流程名称、流程Logo、发布者和流程描述，单击“保存”。

        保存成功后请到“自定义流程”页面，可查看到已创建成功的流程。

运行流程

您可以运行示例流程进行分析，也可以使用自定义流程进行分析。

1. 登录GCS控制台，选择左侧导航栏的“基因分析”，选择“示例流程”或“自定义流程”。
2. 在右侧页面中单击“开始分析”，按界面提示填写流程参数。

   流程参数中包括“任务信息”、“配置”和“高级设置”。

   • 任务信息：包括任务名称、环境和存储选择。“高速共享存储”对应的是文件存储服务SFS，用于存储流程中间数据。如果您已有可用的SFS，请在下拉框中选择。如果没有SFS，请“新建存储”，并选择容量大小。
     图1 任务信息
     
   • 配置：包括“通用配置”和“高级配置”，请根据界面提示信息完成参数配置。其中“通用配置”中的参数为必配项，需要根据您项目的实际情况修改。“高级配置”可以保留默认值，或根据您的需求修改。您还可以执行“导入参数集”、将参数“保存到参数集”、新建/删除任务等操作。
     图2 配置
     
   • 高级设置：可选项，包括“超时时间”、“批次名称”、“优先级”、“订阅消息通知”、“镜像拉取策略”和“重试次数”。
     • 超时时间：设置一个可接受的流程执行成功的时间，如果到这个时间流程没有执行成功，就会停止并且报执行失败。
     • 批次名称：设置当前任务的批次，在执行结果页面可对批次进行过滤和筛选，便于批量操作同一个批次的任务。
     • 优先级：设置当前任务优先级，优先级范围为[0-999]，数值大的优先执行。
     • 订阅消息通知：订阅者可通过此功能在接收终端收到所订阅的任务事件通知消息（目前仅支持单个任务消息订阅）。订阅消息通知开启后，可勾选订阅事件（任务执行成功、任务执行失败）、添加订阅终端（短信或邮箱，最多可添加20个订阅终端）。
       图3 添加订阅终端
       

       添加订阅终端后，可选择设置自定义消息模板。模板内容默认为空，最多可包含360个字符（中文字默认为3个字符，空格为1个字符）。模板中可使用占位符，{name}、{guid}、{status}占位符分别对应执行任务的名称、ID、状态，每个占位符最多使用一次，不支持其他字符写成占位符格式。

       模板内容示例：任务{name}，executionID为{guid}，任务执行状态为{status}。

       消息内容示例：任务gcs-job-02-19-141146，executionID为6745c000-340d-11e9-a8c0-0255ac109xxx，任务执行状态为Succeeded。

       图4 自定义消息模板
       
     • 镜像拉取策略：使用上次已拉取镜像（只有镜像不存在时，才会进行镜像拉取）、每次重新拉取（不管镜像是否存在都会进行一次拉取）。
     • 重试次数：任务失败重试次数，重试次数范围为[0-9]，CCI环境默认重试0次，CCE环境默认重试3次。

3. 单击“下一步”。在“执行预览”页面，查看流程预览、执行任务预览和配置。
4. 确认无误后单击“开始”，流程执行任务提交成功。

   分析流程执行时间需要数小时，具体时长与环境资源类型、环境资源大小、处理数据大小等相关，您可以单击“执行结果详情”进入执行结果页面查看执行过程。

查看流程

您可以查看示例流程和自定义流程的信息和预览图等。

1. 登录GCS控制台，选择左侧导航栏的“基因分析”，选择“示例流程”或“自定义流程”。
2. 在右侧页面中单击流程的名称，进入流程详情页面，该页面展示了流程的基本信息（发布者、创建时间及描述）、流程预览图（预览图仅支持通过设计器生成的流程）、最近执行结果，如图5。
   图5 流程信息、预览图、最近执行结果
   

   单击“包含工具”页签，可查看流程包含的工具。

   图6 包含工具
   
   单击“资源统计”页签，可查看资源统计图，包括耗时、运行时间占比、内存消耗、CPU消耗、GPU消耗等。

   • 耗时：所有子任务实际运行时间与调度时间总和。
   • 运行时间占比：所有子任务实际运行时间总和与耗时之比。
   图7 资源统计
   

3. 在流程详情页面，您还可以做如下操作：
   • 分析：单击“分析”，将跳转到运行流程页面，运行流程操作请参考运行流程。
   • 下载：单击“下载”，将流程的模板文件下载到本地。
   • 更新：仅自定义流程支持更新操作。单击“更新”，可以通过上传本地流程模板更新流程LOGO、流程文件和流程描述，也可以通过流程设计器更新流程。
   • 删除：仅支持自定义流程删除操作。单击“删除”，删除当前流程。删除操作无法恢复，请谨慎操作。
   • 设计器打开：单击“设计器打开”，在设计器中查看、修改流程。