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ouputs

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更新时间: 2019/11/28 GMT+08:00

可选项,用于定义数据处理流程完成后,最终生成的结果文件列表。结果文件列表在基因容器服务的控制台界面展示,此外,为了让您更直观的查看结果文件,基因容器集成 IGV(IGV的详细描述请参见http://www.igv.org/)软件,您通过控制台即可查看到通过IGV软件转换后的可视化结果文件。

ouputs中可以同时定义多种结果文件。

如果使用该字段,需要确保最终文件是在基因容器关联的OBS桶中。

outputs格式

 <结果文件名称>:
    paths: <结果文件列表>
    paths_iter: <结果文件列表,变量迭代方式>
表1 结果文件属性说明

属性

是否必选

参数类型

取值约束

paths

array[String]

流程生成的文件在OBS桶中的路径列表。与paths_iter二选一

说明:

此参数与path_iter必须二选一,其中path_iter支持变量代入。

paths_iter

参见表2 paths_iter属性说明

流程生成的文件在OBS桶中的路径列表,支持变量代入。

表2 paths_iter属性说明

属性

是否必选

参数类型

取值约束

path

String

在基因容器关联的OBS桶中,带变量的文件路径。

vars_iter

array[array]

二维数组,根据变量迭代,得到最终的文件列表,详见表4中的vars_iter参数。

outputs配置样例

outputs:
  gene-report-vcf:
    paths:
    - ${sample}/merge.HaplotypeCaller.raw.vcf.gz
    - ${sample}/merge.HaplotypeCaller.raw.g.vcf.gz
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