基因容器 GCS
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inputs
可选项,用于定义测序流程的可变部分。inputs由多个变量组成,最多可定义60个变量,且每个变量名唯一,若变量名重复,则后面定义的将会覆盖之前定义的。
变量可以在流程文件的其他参数中引用,引用方式采用shell脚本方式,即:${var},其中var为变量名称。
inputs格式
inputs: <输入参数名称>: type: <类型> default: <默认值> description: <描述,支持中文> label: <标签>
属性 |
是否必选 |
参数类型 |
参数描述 |
---|---|---|---|
输入参数名称 |
是 |
String |
输入参数名称,由字母、数字和中划线“-”或下划线“_”组成,长度为[1, 20]。 |
type |
是 |
String |
参数类型,请根据参数类型选择,可选范围如下所示。
|
description |
否 |
String |
参数描述信息,支持中文,长度为[0, 255]。 |
default |
否 |
String |
参数默认值,按照type填写对应的值。默认值信息可在执行流程时由外部输入替换;若未填写默认值,外部输入将必须填写这个参数的值。 一个变量可以引用另一个变量的值,如: default: /home/${path_var}
须知:
默认值的类型和定义的参数类型必须统一。 |
label |
否 |
String |
参数的标签,用于参数分组,便于管理,以便其他使用者理解。 长度为[0, 64],支持中文。 取值如下所示。
此处定义的标签可在控制台界面执行时进行分类展示,如下图中的“group_info”即为标签。 |
inputs配置样例
inputs: sample: type: string default: /home/zhangsan split: default: 3 type: number label: gatk #为参数分组
父主题: 流程语法说明