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gcs sub job

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更新时间:2020/10/10 GMT+08:00

功能

提交单个 shell 脚本,作为 job 在后台执行。

语法

gcs sub job FILENAME [params]

job可以简写为jb,即:

gcs sub jb FILENAME [params]

参数说明

表1 参数说明

参数名称

是否必选

简写

描述

FILENAME

不涉及

执行job的脚本文件路径。

如果是cci环境,请将脚本上传到对应的sfs中,参数值使用sfs中的脚本的绝对路径。

--cpu

-c

所需CPU核数,单位为C。此处填写“数字”,数字支持小数,默认值为“1”。

须知:

请确保请求CPU核数,小于容器集群中最大节点剩余核数大小。

--memory

-m

所需内存资源大小,单位为G。此处填写“数字+单位”,默认值为“1G”。

  • 数字支持小数。
  • 单位为G或是g。

例如,需要内存大小为4G,则此处可填写为“4G”或是“4g”。

须知:

请确保请求内存量,小于容器集群中最大节点剩余内存大小。

--shell

-s

job 使用的 Linux 脚本 shell 环境,如 sh / bash /zsh。 默认值为“sh”。

--tool

-l

job 使用的工具。工具支持公有或者私有容器镜像,为简化使用,基因容器服务工具仓库集成了常见镜像,您可以直接使用。

默认值为“bwa:0.7.12”,即bwa工具0.7.12版本。

--name

-n

对此 job 指定名称。

--timeout

-t

execution超时时间单位分钟,默认一天(1440分钟)。

--obs-path

-o

支持多盘挂载,通过逗号分隔。

--obs-path mountPath1:pvcName1,mountPath2:pvcName2

mountPath 是容器内的挂载路径。

PvcName 是对应的pvc名称。

--sfs-path

-f

支持多盘挂载。

--sfs-path mountPath1:pvcName1,mountPath2:pvcName2

mountPath 是容器内的挂载路径。

PvcName 是对应的pvc名称。

--ref-path

-r

支持多盘挂载。

--ref-path mountPath1:pvcName1,mountPath2:pvcName2

mountPath 是容器内的挂载路径。

PvcName 是对应的pvc名称。

使用示例

提交 bwa_help.sh,查看 bwa 软件版本,将结果重定向到 /obs/log.err 文件中。

# cat bwa_help.sh
# bwa -h > /obs/log.err

gcs sub job --cpu 1 --memory 1g --tool bwa:0.7.12 --shell sh bwa_help.sh

示例执行后,在OBS 桶中,log.err 文件,有如下内容:

Program: bwa (alignment via Burrows-Wheeler transformation)
Version: 0.7.12-r1039
Contact: Heng Li <lh3@sanger.ac.uk>

Usage:   bwa <command> [options]

Command: index         index sequences in the FASTA format
         mem           BWA-MEM algorithm
         fastmap       identify super-maximal exact matches
         pemerge       merge overlapping paired ends (EXPERIMENTAL)
         aln           gapped/ungapped alignment
         samse         generate alignment (single ended)
         sampe         generate alignment (paired ended)
         bwasw         BWA-SW for long queries

         shm           manage indices in shared memory
         fa2pac        convert FASTA to PAC format
         pac2bwt       generate BWT from PAC
         pac2bwtgen    alternative algorithm for generating BWT
         bwtupdate     update .bwt to the new format
         bwt2sa        generate SA from BWT and Occ

Note: To use BWA, you need to first index the genome with `bwa index'.
      There are three alignment algorithms in BWA: `mem', `bwasw', and
      `aln/samse/sampe'. If you are not sure which to use, try `bwa mem'
      first. Please `man ./bwa.1' for the manual.

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