gcs sub repjob
语法
gcs sub repjob FILENAME [params]
rejob可以简写为rjb，即：
gcs sub rjb FILENAME [params]
参数说明
参数名称 |
是否必选 |
简写 |
描述 |
|---|---|---|---|
FILENAME |
是 |
不涉及 |
执行job的脚本文件路径。 如果是cci环境，该脚本内的使用到的其他脚本需要上传到sfs上，这些脚本需要以sfs上的绝对路径的形式引用。 |
--cpu |
否 |
-c |
所需CPU核数，单位为C。此处填写“数字”，数字支持小数，默认值为“1”。
须知：
请确保请求CPU核数，小于容器集群中最大节点剩余核数大小。 |
--memory |
否 |
-m |
所需内存资源大小，单位为G。此处填写“数字+单位”，默认值为“1G”。
例如，需要内存大小为4G，则此处可填写为“4G”或是“4g”。
须知：
请确保请求内存量，小于容器集群中最大节点剩余内存大小。 |
--shell |
否 |
-s |
job 使用的 linux 脚本 shell 环境，如 sh / bash /zsh。 默认值为“sh”。 |
--tool |
否 |
-l |
job 使用的工具。工具支持公有或者私有容器镜像，为简化使用，基因容器服务工具仓库集成了常见镜像，读者可以直接使用。 默认使用 “bwa:0.7.12”，安装了 bwa 0.7.12。 |
--name |
否 |
-n |
对此 job 指定名称。 |
--timeout |
否 |
-t |
execution超时时间单位分钟，默认一天（1440分钟）。 |
--obs-path |
否 |
-o |
支持多盘挂载，通过逗号分隔。 --obs-path mountPath1:pvcName1,mountPath2:pvcName2 mountPath 是容器内的挂载路径。 PvcName 是对应的pvc名称。 |
--sfs-path |
否 |
-f |
支持多盘挂载。 --obs-path mountPath1:pvcName1,mountPath2:pvcName2 mountPath 是容器内的挂载路径。 PvcName 是对应的pvc名称。 |
--ref-path |
否 |
-r |
支持多盘挂载。 --obs-path mountPath1:pvcName1,mountPath2:pvcName2 mountPath 是容器内的挂载路径。 PvcName 是对应的pvc名称。 |
注意事项
- 提交多个并行 shell 脚本具体格式如下：
首先准备需要并行的单一脚本 bwa_mem.sh，对 fastq 原始文件，执行 bwa mem 命令，进行基因序列比对。
# cat bwa_mem.sh fastq=$1 ref=$2 bwa mem $ref $fastq
然后准备调用单一脚本的并行脚本 bwa_mem_work.sh。其中，bwa_mem.sh 可以是相对路径，要求与 bwa_mem_work.sh 在同一路径下，也可以是绝对路径。
- Tools 如果希望调用基因容器服务工具仓库，请在 https://console.huaweicloud.com/gcs/?region=cn-north-1#/app/tools/list，选择需要的软件。软件名称、版本，按照 [软件名称:软件版本] 格式填写即可。
使用示例
提交 bwa_mem_work.sh，执行 bwa 比对任务。
# cat bwa_mem_work.sh sh bwa_mem.sh /obs/sample/R1.fq.gz /obs/reference/hg19.fa >/obs/R1.sam sh /root/go/src/kubegene/cli/bin/bwa_mem.sh /obs/sample/R2.fq.gz /obs/reference/hg19.fa >/obs/R2.sam
示例执行结果在OBS 桶中，R1.sam、R2.sam 文件，如下所示。
