基因容器 GCS
基因容器 GCS
- 最新动态
- 产品介绍
- 快速入门
- 用户指南
- Cromwell引擎使用指南
- 最佳实践
- 流程语法参考
- Python SDK参考
- API参考
-
CLI参考
- 命令总览
- 安装命令行工具
- 示例：使用命令行执行简单脚本
-
gcs 命令详情
- gcs version
- gcs config add
- gcs config list
- gcs get kubectl
- gcs get enviroment
- gcs set env
- gcs get sfs
- gcs set sfs
- gcs get obscli
- gcs obs upload
- gcs get workflow
- gcs create workflow
- gcs del workflow
- gcs update workflow
- gcs sub workflow
- gcs get execution
- gcs create execution
- gcs del execution
- gcs set execution
- gcs sub job
- gcs sub repjob
- gcs get tool
- gcs sub wdl
- gcs get wdl
- gcs set wdl
- get get fr
- config.ini配置说明
- 常见问题
- 视频帮助
- 文档下载
- 通用参考
链接复制成功！
条件分支
GCS支持条件分支功能，基础原理是 根据每个步骤的condition字段来判断当前步骤是否执行。根据业务使用场景分为简单条件分支和复杂条件分支。
- 简单条件分支，即在流程执行前，已经确定某个值是true还是false，从而可以确定对应的步骤是否需要执行。一般情况下，简单条件分支适用于condition字段，后跟布尔类型的值，做为判断。
- 复杂条件分支，即在流程执行过程中，根据流程执行的结果才能判断对应的步骤是否需要执行。一般情况下，复杂条件分支可以使用check_result函数来判断执行结果，并配合condition字段确定对应的步骤是否需要执行。
简单条件分支示例
所谓简单，就是在执行流程时，提前可以决定哪些步骤要不要执行，和软件中的if/else语法类似。例如完整流程为 A->B，运行流程时，输入给B步骤的condition条件为false，那么B步骤不需要执行。
如下示例中，如果job-a的condition值为false，则commands命令不会执行。
inputs:
bool-var:
default: true
description: 布尔值输入变量
type: bool
workflow:
job-a:
tool: nginx:latest
condition: ${bool-var} # <==通过变量，决定步骤是否执行。相当于 if（bool-var）
commands:
- echo run-job-a复杂条件分支示例
所谓复杂，就是流程运行过程中，基于运行结果才决定下一步骤要不要执行，和软件中if/else或是switch/case语法类似。例如: A步骤检测样本是否合格，如果合格则执行B步骤；如果不合格则执行C步骤。
因为需要根据上一个步骤的“执行结果”来判断下一步骤的condition值是true还是false，所以GCS使用了check_result函数来动态判断。
图1 复杂条件分支示例
如下示例中，job-a的结果为pass，则job-b将会执行，job-c和job-d不会执行。
workflow:
job-a:
tool: nginx:latest
commands:
- echo pass # <== 执行结果以标准std_out体现
job-b:
tool: nginx:latest
condition: check_result(job-a, "pass") # <==判断job-a的结果，等于pass才执行。
commands:
- echo run-job-b
job-c:
tool: nginx:latest
condition: check_result(job-a, "npass") # <==判断job-a的结果，等于npass才执行。
commands:
- echo run-job-c
job-d:
tool: nginx:latest
condition: check_result(job-a, "failed") # <==判断job-a的结果，等于failed才执行。
commands:
- echo run-job-d
说明：
check_result的第二个参数可以使用 inputs变量，详细请参见check_result函数。示例如下：
condition: check_result(job-a, ${my_var})依赖传递
如果流程为 A->B->C，当步骤B由于条件不满足而不需要执行时，由于依赖原因，那么步骤C不管condition是否为true也不需要执行。
即：
A -> B (condition为false时) -> C (自动不需要执行)
所以不需要为每个Job重复写condition条件，GCS自动会判断依赖传递。
父主题： 流程语法说明
