基因容器 GCS基因容器 GCS

计算
弹性云服务器 ECS
云耀云服务器 HECS
裸金属服务器 BMS
弹性伸缩 AS
镜像服务 IMS
专属主机 DeH
函数工作流 FunctionGraph
云手机 CPH
VR云渲游平台 CVR
特惠算力专区
存储
对象存储服务 OBS
云硬盘 EVS
云备份 CBR
内容分发网络 CDN
存储容灾服务 SDRS
弹性文件服务 SFS
云服务器备份 CSBS
云硬盘备份 VBS
数据快递服务 DES
专属企业存储服务
智能边缘
智能边缘云 IEC
EI 企业智能
EI安视服务
AI开发平台ModelArts
数据湖治理中心 DGC
数据仓库服务 GaussDB(DWS)
企业级AI应用开发专业套件 ModelArts Pro
数据湖探索 DLI
华为HiLens
云搜索服务 CSS
数据接入服务 DIS
表格存储服务 CloudTable
数据湖工厂 DLF
图引擎服务 GES
推荐系统 RES
文字识别 OCR
内容审核 Moderation
图像识别 Image
图像搜索 ImageSearch
人脸识别服务 FRS
对话机器人服务 CBS
视频分析服务 VAS
数据可视化 DLV
视频接入服务 VIS
自然语言处理 NLP
语音交互服务 SIS
知识图谱 KG
医疗智能体 EIHealth
可信智能计算服务 TICS
园区智能体 CampusGo
实时流计算服务 CS
人证核身服务 IVS
IoT物联网
设备接入 IoTDA
IoT物联网
全球SIM联接 GSL
设备发放 IoTDP
IoT开发者服务
IoT边缘 IoTEdge
IoT数据分析
路网数字化服务 DRIS
开发与运维
项目管理 ProjectMan
代码托管 CodeHub
流水线 CloudPipeline
代码检查 CodeCheck
编译构建 CloudBuild
部署 CloudDeploy
云测 CloudTest
发布 CloudRelease
移动应用测试 MobileAPPTest
CloudIDE
Classroom
软件开发平台 DevCloud
开源镜像站 Mirrors
视频
媒体处理 MPC
视频点播 VOD
视频直播 Live
实时音视频 SparkRTC
管理与部署
统一身份认证服务 IAM
云监控服务 CES
应用运维管理 AOM
应用性能管理 APM
云审计服务 CTS
云日志服务 LTS
标签管理服务 TMS
资源管理服务 RMS
应用身份管理服务 OneAccess
专属云
专属计算集群 DCC
专属分布式存储服务 DSS
域名与网站
域名注册服务 Domains
云速建站 CloudSite
企业协同
华为云WeLink
会议
ISDP
解决方案
全栈专属服务
高性能计算 HPC
SAP
游戏云
混合云灾备
快视频
华为工业云平台 IMC
价格
价格原则
成本优化最佳实践
昇腾
昇腾MindX SDK (20.3)
其他
管理控制台
消息中心
产品价格详情
系统权限
我的凭证
客户关联华为云合作伙伴须知
公共问题
宽限期保留期
奖励推广计划
活动
容器
云容器引擎 CCE
云容器实例 CCI
容器镜像服务 SWR
应用编排服务 AOS
容器交付流水线 ContainerOps
应用服务网格 ASM
多云容器平台 MCP
基因容器 GCS
容器洞察引擎 CIE
容器批量计算 BCE
云原生服务中心 OSC
网络
虚拟私有云 VPC
弹性公网IP EIP
弹性负载均衡 ELB
NAT网关 NAT
云专线 DC
虚拟专用网络 VPN
云连接 CC
VPC终端节点 VPCEP
数据库
云数据库 RDS
文档数据库服务 DDS
分布式数据库中间件 DDM
数据复制服务 DRS
数据管理服务 DAS
云数据库 GaussDB(for MySQL)
云数据库 GaussDB NoSQL
云数据库 GaussDB (for openGauss)
数据库和应用迁移 UGO
大数据
MapReduce服务 MRS
应用中间件
应用管理与运维平台 ServiceStage
分布式缓存服务 DCS
分布式消息服务Kafka版
分布式消息服务RabbitMQ版
消息通知服务 SMN
微服务引擎 CSE
云性能测试服务 CPTS
区块链服务 BCS
API网关 APIG
应用魔方 AppCube
分布式消息服务RocketMQ版
多云高可用服务 MAS
可信跨链数据链接服务 TCDAS
企业应用
云桌面 Workspace
云解析服务 DNS
应用与数据集成平台 ROMA Connect
ROMA资产中心 ROMAExchange
ROMA API
鸿源云道
华为乾坤
安全与合规
Web应用防火墙 WAF
漏洞扫描服务 VSS
企业主机安全 HSS
容器安全服务 CGS
数据加密服务 DEW
数据库安全服务 DBSS
态势感知 SA
云堡垒机 CBH
SSL证书管理 SCM
云证书管理服务 CCM
管理检测与响应 MDR
数据安全中心 DSC
威胁检测服务 MTD
DDoS防护 ADS
云防火墙 CFW
应用信任中心 ATC
安全技术与应用
迁移
主机迁移服务 SMS
对象存储迁移服务 OMS
云数据迁移 CDM
智能协作
IdeaHub
企业网络
云管理网络
SD-WAN 云服务
边缘数据中心管理 EDCM
废弃-华为乾坤安全云服务
云通信
语音通话 VoiceCall
消息&短信 MSGSMS
隐私保护通话 PrivateNumber
开发者工具
SDK开发指南
API签名指南
DevStar
HCloud CLI
Terraform
Ansible
云生态
云市场
鲲鹏
昇腾
合作伙伴中心
华为云培训中心
用户服务
帐号中心
费用中心
成本中心
资源中心
企业管理
工单管理
客户运营能力
国际站常见问题
网站备案
支持计划
专业服务
合作伙伴支持计划
文档首页> 基因容器 GCS> CLI参考> 示例:使用命令行执行简单脚本
更新时间:2021/03/18 GMT+08:00
分享

示例:使用命令行执行简单脚本

基因容器命令行工具提供了上传原始数据和参考组数据至OBS桶内的功能。当然您还可以使用 OBS 客户端上传数据。

前提条件

请确保已完成命令行工具安装,且已创建环境。如未完成,请参见安装命令行工具完成操作。

上传本地数据文件

为了执行基因比对任务,需要将本地的原始数据文件及参考组文件上传至对象存储桶中。

基因容器服务提供原始测试数据供您使用,下载路径为:

此外,基因容器服务已在公共数据桶中上传hg19.fa*参考组,您可以直接使用,无需下载或是上传至OBS桶中。公共参考组数据由基因容器自动挂载到对象存储的/ref目录下。

本示例中使用的是GCS提供的原始测试数据,将已下载到本地路径为“/LOCAL_FILE”文件夹内的原始数据上传至OBS桶中的sample目录下。

如下示例以将原始数据文件传至 sample 目录,参考组文件传至 reference目录为例。执行以下命令上传基本文件,其中“LOCAL_FILE”为本地文件路径。

gcs obs upload /LOCAL_FILE/R1.fq.gz --obs-path sample
gcs obs upload /LOCAL_FILE/R2.fq.gz --obs-path sample
gcs obs upload /LOCAL_FILE/hg19.fa     --obs-path reference
gcs obs upload /LOCAL_FILE/hg19.fa.amb --obs-path reference
gcs obs upload /LOCAL_FILE/hg19.fa.ann --obs-path reference
gcs obs upload /LOCAL_FILE/hg19.fa.bwt --obs-path reference
gcs obs upload /LOCAL_FILE/hg19.fa.fai --obs-path reference
gcs obs upload /LOCAL_FILE/hg19.fa.pac --obs-path reference
gcs obs upload /LOCAL_FILE/hg19.fa.sa  --obs-path reference

设置执行环境和SFS

在执行gcs命令前,按如下命令在配置项中预置sfs-pvc-name和environment-name两个参数。

  1. 执行如下命令设置任务执行环境。

    gcs set env envrionmentName

    其中envrionmentName是环境名称。

  2. 执行如下命令设置SFS。

    gcs set sfs sfsPvcName

    其中sfsPvcName是sfs PVC的名称,具体命令请参见gcs set sfs

提交单个任务

使用命令行工具执行gcs sub job提交单个任务。执行单任务即指由基因容器服务在集群中选择某一个节点上的容器来运行输入参数FILENAME中的内容。

以执行脚本名为bwa-help.sh为例,其中脚本中内容为查看bwa软件使用方法,并将输出重定向至/obs/log.err文件中。bwa软件为基因测序常用工具,作为公共工具集成在基因容器服务供您使用。

bwa-help.sh文件中内容为:

#cat bwa-help.sh
sleep 5 && echo 123 >/obs/log.err

执行如下命令,为脚本bwa-help.sh申请1G内存、0.5核CPU,并在基因容器中执行该脚本。

gcs sub job --memory 1g --cpu 0.5 --shell sh --tool bwa:0.7.12 bwa-help.sh

提交一组任务

以多个样本并行执行 bwa 软件使用方法为例。首先完成 上传本地数据文件 中的文件上传后,假设需要对上传的原始文件、参考基因组进行基因比对,有如下脚本 bwa_mem.sh:

#cat bwa_mem.sh
fastq=$1
ref=$2

bwa mem $ref $fastq

此时,如果对这个脚本执行不同参数,可以额外写一个脚本 bwa_mem_work.sh。注意这里使用的 /ref 文件夹是由基因窗口提供的hg19.fa公共参考组数据,无需上传。

#cat bwa_mem_work.sh
sh bwa_mem.sh /obs/sample/R1.fq.gz /ref/reference_files/hg19.fa >/obs/sample1.sam
sh bwa_mem.sh /obs/sample/R2.fa.gz /ref/reference_files/hg19.fa >/obs/sample2.sam

若如上传本地数据文件所示,上传的自己本地文件,则这里 bwa_mem_work.sh 应写为:

#cat bwa_mem_work.sh
sh bwa_mem.sh /obs/sample/R1.fq.gz /obs/reference/hg19.fa >/obs/sample1.sam
sh bwa_mem.sh /obs/sample/R2.fa.gz /obs/reference/hg19.fa >/obs/sample2.sam

对这个额外脚本,需要使用 gcs sub repjob 投递。同样这里可以使用 bwa:0.7.12 这个工具:

gcs sub repjob -cpu 0.5 --memory 1g --shell sh --tool bwa:0.7.12 bwa_mem_work.sh
分享:

    相关文档

    相关产品