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基于CCI执行gcs-grammar流程

基于CCI执行gcs-grammar流程

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更新时间:2020/09/28 GMT+08:00

本文通过创建CCI环境并执行gcs-grammar流程,向您展示GCS的使用流程。

创建环境

在所有操作前,请先完成环境准备,请单击“环境管理 > 创建环境”,根据界面提示填写参数。

“填写环境信息”界面,参数按如下填写,填写完成后,单击“下一步”,在“详情”页确认后,单击“提交”,完成CCI环境的创建。

  • 环境类型

    基因容器的环境由云容器实例CCI、云容器引擎CCE和SGE集群。本示例使用的是CCI提供的环境。

  • 默认环境

    是否设置为默认环境。如果只有一个环境,默认只能选择“是”

  • 关联OBS存储

    OBS存储用于存储分析前后产生的数据,包括原始基因数据、流程执行中间数据及执行结果数据。

    选择OBS存储,如果没有OBS桶请单击“创建OBS存储”创建,然后单击刷新,再选择OBS存储。

  • 命名空间选择

    命名空间是对于同一用户下的云容器实例的逻辑划分,适用于用户中存在多个团队或项目的场景。

    可以选择“已有命名空间”“新建命名空间”。建议为此环境选择独立命名空间,保证资源的隔离独立,本示例使用新建命名空间。

    选择企业项目,该参数针对企业用户使用。如需使用该功能,请联系客服申请开通。企业项目是一种云资源管理方式,企业项目管理服务提供统一的云资源按项目管理,以及项目内的资源管理、成员管理,默认项目为default。请从下拉列表中选择所在的企业项目。更多关于企业项目的信息,请参见《企业管理用户指南》

    选择命名空间所在的虚拟私有云。虚拟私有云用于构建隔离的、私密的虚拟网络环境,这样在命名空间中容器能够运行于一个隔离的网络环境。如果没有创建虚拟机私有云,请单击“创建虚拟私有云”,完成创建后单击刷新按钮再选择。

  • 访问密钥

    上传访问密钥,用于访问OBS存储桶时鉴权。若您在本地没有访问密钥,请前往管理访问秘钥新增并下载访问密钥。

查看环境

待环境创建完成,可以单击环境名称查看环境信息。

执行测序流程

基因容器提供了gcs-grammar示例流程,通过该流程您可以了解到GCS的编排语法及能力。

该流程的执行顺序以及包含工具,可以通过单击”基因测序 > 示例流程 > gcs-grammar”查看流程详细信息。

执行测序流程请按如下步骤操作。

  1. 单击“开始分析”,开始配置流程参数。流程参数中包括“任务信息”“配置”“高级设置”

    • 任务信息:包括任务名称、环境和存储选择。“高速共享存储”对应的是文件存储服务SFS,用于存储流程中间数据。如果下拉列表中没有选项,请单击“导入存储”在弹窗中选择,如果弹窗中无可选项,请单击创建“文件存储创建”,文件存储需要与CCI命名空间在同一个虚拟私有云。
    • 配置:包括“通用配置”和“高级配置”,请根据界面提示信息完成参数配置。
    • 高级设置:可选项,包括“超时时间”、“批次名称”、“优先级”和“订阅消息通知”,使用默认值即可。

  2. 单击“下一步”,在“执行预览”页面,确认配置信息。
  3. 确认无误后,请单击“开始”即可完成流程的创建。

查看分析结果

测序流程执行时间需要数小时,具体时长与环境资源类型、环境资源大小、处理数据大小等相关。使用测试数据,预计要20分钟。

执行过程可以通过“执行结果”页面查看,可查看内容包括“任务进度图”“流程事件”“任务事件”“日志”“输入”“输出”“监控”等。

gcs-grammar流程在exec-script-flie步骤会执行echo hello world命令,可以在日志中看到该步骤输出的日志。选中“日志”标签,找到exec-script-flie的输出日志文件。

单击“查看”,跳转到应用运维服务中,可以查看到stdout.log输出了hello world。

清理环境

流程执行完毕后,测序所使用的CCI计算资源会自动释放,无需担心产生多余的费用。

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