更新时间:2022-04-19 GMT+08:00
分享

最新动态

本文介绍了基因容器GCS各特性版本的功能发布和对应的文档动态,新特性将在各个区域(Region)陆续发布,欢迎体验。

2020年10月

序号

功能名称

功能描述

阶段

相关文档

1

增加批量提交WDL任务的能力

GCS增加批量提交WDL任务的能力

公测

/

2020年7月

序号

功能名称

功能描述

阶段

相关文档

1

GCS服务支持细粒度鉴权

  • 根据企业的业务组织,在您的华为云账号中,给企业中不同职能部门的员工创建IAM用户,让员工拥有唯一安全凭证,并使用GCS资源。
  • 根据企业用户的职能,设置不同的访问权限,以达到用户之间的权限隔离。

商用

2020年3月

序号

功能名称

功能描述

阶段

相关文档

1

支持Rampart环境

病毒基因组分析平台基于rampart实时读取分析病毒数据,并且提供web界面查看病毒分析的结果。

内测

环境选择

2019年12月

序号

功能名称

功能描述

阶段

相关文档

1

GCS SDK/CLI支持WDL流程

  • 基因容器服务软件开发工具包(GCS SDK)对GCS服务提供的REST API接口进行封装,GCS SDK支持WDL。
  • 使用GCS命令行工具可以提交单个WDL流程到Cromwell引擎,查询提交的wdl流程执行结果,终止指定的WDL流程。

内测

2

Cromwell性能优化,提升任务下发执行效率

Cromwell 是 Broad Institute 开发的工作流管理系统。对Cromwell进行性能优化,提升任务下发执行效率。

内测

Cromwell引擎使用指南

3

支持WDL模板存储,可通过预上传的WDL模板下发任务

Cromwell引擎使用WDL文件描述任务执行流程,支持WDL模板存储,可通过预上传的WDL模板下发任务。

公测

Cromwell的使用方法

4

提供gcs-grammar公共流程,展示GCS当前支持的流程语法

基因容器提供了gcs-grammar示例流程,通过该流程您可以了解到GCS的编排语法及能力。

商用

基于CCI执行gcs-grammar流程

5

支持通过命令行获取CCI当前资源包使用情况

支持通过命令行获取CCI套餐包使用情况。

商用

get get fr

2019年9月

序号

功能名称

功能描述

阶段

相关文档

1

支持Cromwell环境内测,可下发wdl流程,并在界面展示

Cromwell 是 Broad Institute 开发的工作流管理系统。通过 Cromwell 可以将 WDL(Workflow Description Language) 描述的 workflow 运行在CCI容器中。

内测

Cromwell引擎使用指南

2

CCI环境任务计费优化

GCS流程下发的CCI任务将会携带任务元信息进入计费详单,可导出计费情况。

商用

/

2019年6月

序号

功能名称

功能描述

阶段

相关文档

1

增加execution备份功能,支持将历史execution存入OBS桶内

GCS的执行结果最多可以存放500条记录,当超过配额后,执行新的任务将会失败,为了保证能正常执行新的任务,您可以将历史执行结果备份至自有OBS桶,备份的同时,被备份的执行结果将从“执行结果”列表中删除,移动至您指定的OBS桶中。

商用

备份执行结果

2

支持CCI下OBS存储卷挂载功能

创建基因分析环境时,可以选择“关联OBS存储”,OBS存储用于存储分析前后产生的数据,包括原始基因数据、流程执行中间数据及执行结果数据。

商用

云容器实例环境

2019年2月

序号

功能名称

功能描述

阶段

相关文档

1

执行结果列表支持根据任务状态过滤

您可以通过页面右上角的筛选框对任务状态、任务名称、流程名称、批次名称进行过滤筛选查看任务。任务名称搜索支持模糊匹配,流程名称和批次名称搜索需要完全匹配。

商用

查看和管理执行结果

2

支持条件分支控制

GCS支持条件分支功能,可根据每个步骤的condition字段来判断当前步骤是否执行。根据业务使用场景分为简单条件分支和复杂条件分支。

商用

条件分支

3

运行流程和订阅消息功能增强

运行流程页面支持镜像拉取策略高级设置,订阅消息支持发送信息模板定制

商用

运行流程

4

流程详情资源统计中耗时拆分为实际运行时间和总时间

单击“资源统计”页签,可查看资源统计图,包括耗时、运行时间占比、内存消耗、CPU消耗、GPU消耗等。

商用

查看流程

5

执行结果详情页面提供运行时间消耗视图和子任务事件查看

流程事件按事件时间展示了流程中重要步骤的监控信息(最新的事情展示在最前面)。任务事件按事件的时间展示任务中各子任务的操作进度(最新的事件展示在最前面)。

商用

查看执行结果

6

SDK/CLI支持CCI任务投递

SDK/CLI支持CCI任务投递,execution运行环境的类型,默认为“cci”。

商用

创建execution

7

增加CLI的版本查看和添加页面,支持增删改查

GCS Console总览页右侧增加CLI的版本查看和添加页面,支持增删改查。

商用

/

8

inputs支持参数引用

inputs用于定义测序流程的可变部分。inputs由多个变量组成,变量可以在流程文件的其他参数中引用,引用方式采用shell脚本方式,即:${var},其中var为变量名称。

商用

inputs

9

用户体验性优化

  • 首页状态统计支持按状态跳转执行结果列表页面。
  • 设计器属性栏增加丰富的字段信息描述。
  • 执行结果详情页面的任务流程图支持单个任务鼠标移入详情提示 (任务名称、执行状态、耗时、当前进度),任务事件提供失败错误提示,日志页面支持通过流程图点击定位的能力。

商用

/

历史变更

表1 2019年之前历史版本变更

发布时间

说明

2018-12-30

新增功能:

  • 支持执行结果资源统计展示(进度视图、内存视图、CPU视图、GPU视图),具体请参见查看执行结果
  • 流程详情页面增加单个测序流程所有执行结果的统计图(耗时、内存、CPU、GPU),具体请参见查看流程
  • 支持设置任务优先级,具体请参见运行流程
  • 支持消息(短信,邮件)订阅功能,支持单个任务结束或异常时的消息推送,具体请参见运行流程

用户体验性优化:

  • 首页支持SDK版本信息等展示及下载。

2018-11-30

新增功能:

  • 支持从已有CCI命名空间创建CCI环境,具体请参见创建CCI环境
  • 支持deepvariant示例流程,具体请参见测序流程
  • 支持创建GPU环境。
  • 支持创建包周期资源环境。

用户体验性优化:

  • 总览页面优化,展示配额占比、执行结果状态分布图、环境监控、最近执行结果等,监控详情支持1~24小时内数据的查看。
  • 图形化设计器全面优化:自动布局优化、IE浏览器兼容、支持流程撤销和恢复。

2018-11-15

新增功能:

  • 支持设置默认环境。
  • 创建环境时支持使用用户名和密码创建虚拟机,具体请参见创建环境
  • 环境详情增加控制节点列表和详情,具体请参见查看环境
  • 支持设置集群扩缩容上、下限,具体请参见查看环境
  • 支持执行结果批量启动和停止功能,具体请参见任务生命周期
  • CLI命令行增加停止workflow及重投workflow的指令,具体请参见gcs create workflow

用户体验性优化:

  • 图形化设计器增加配额提示、支持编辑区字体样式的修改。

2018-10-30

新增功能:

用户体验性优化:

  • 执行流程前,增加资源监测提示。

2018-10-20

新增功能:

  • 支持多环境管理(可创建5个环境),具体请参见创建环境
  • 环境管理详情节点页面增加概览、监控、事件查看,具体请参见查看环境
  • 支持读取文件控制并发数量。
  • 支持流程批量创建、批量删除及超期批量删除,支持参数集保存和导入,具体请参见运行流程
  • 运行流程前,支持sfs剩余存储容量查询,具体请参见运行流程

用户体验性优化:

  • 设计器流程图布局优化。

2018-9-15

3.0.0版本作为GCS的新版本,主要发布了以下特性:

  • 内置多套已验证的业界主流流程,提供图形化流程设计器及手动模板编写两种方式,创建自定义测序流程。
  • 支持通过图形化界面查看流程执行的进度、状态、日志、中间文件以及测序结果。
  • 提供免安装命令行工具,可快速提交、管理任务,方便对接自动化系统。
分享:

    相关文档

    相关产品

close