基因容器 GCS
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单一步骤(并发执行)
其次,再看一下任务并发的情况。假如用户之前脚本是这样:
#run.sh var1=$1 var2=$2 echo "$var1\t$var2" # 执行该脚本 sh run.sh 1 a sh run.sh 2 a sh run.sh 1 b sh run.sh 2 b
则这里模板有两种写法。第一种是写出所有可能情况。为了简化,这里只展示 workflow 部分:
workflow: splitfq: tool: zsplit:0.2 type: GCS.Job resources: memory: 1g cpu: 0.5c commands: - sh /obs/gcscli/run-xxx/run.sh 1 a - sh /obs/gcscli/run-xxx/run.sh 2 a - sh /obs/gcscli/run-xxx/run.sh 1 b - sh /obs/gcscli/run-xxx/run.sh 2 b
第二种是使用并发变量:
inputs: var1: default: - 1 - 2 description: var1 type: array label: basic var2: default: - a - b description: var2 type: array label: basic workflow: splitfq: tool: zsplit:0.2 type: GCS.Job resources: memory: 1g cpu: 0.5c commands_iter: command: > sh /obs/gcscli/run-xxx/run.sh ${1} ${2} vars_iter: - '${var1}' - '${var2}'
父主题: 流程语法示例