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创建execution

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更新时间: 2019/12/17 GMT+08:00

create_execution(workflow_source_file="", workflow_inputs_file="", workflow_options_file="", workflow_dependencies_path="", parameters={})

功能描述

提交一个cromwell分析任务。

输入参数

表1 输入参数

参数

是否必选

参数类型

参数描述

workflow_source_file

String

WDL的本地绝对路径。当parameters参数中存在"workflow_id"或"workflow_source"字段指定非本地wdl来源时,该参数可不赋值。

workflow_inputs_file

String

输入文件的本地绝对路径。当parameters参数中存在"workflow_inputs"字段指定非本地input来源时,该参数可不赋值。

workflow_options_file

String

options文件本地绝对路径。当parameters参数中存在"workflow_options"字段指定非本地options来源时,该参数可不赋值。

workflow_dependencies_path

String

dependency本地绝对路径,必须是zip文件或目录。若为目录,将自动压缩为zip文件置于/home目录下。当parameters参数中存在"workflow_depends"字段指定非本地dependency来源时,该参数可不赋值。

parameters

Dictionary

提交需要用到的其他参数,当前支持以下参数:

  • env_name:必选参数,任务提交到的Cromwell环境名称
  • workflow_id:可选参数,当workflow_source_file已赋值或parameters中存在workflow_source字段时,可不指定该字段
  • workflow_source:可选参数,当workflow_source_file已赋值或parameters中存在workflow_id字段时,可不指定该字段
  • workflow_inputs:可选参数,当workflow_inputs_file已赋值时,可不指定该字段
  • workflow_options:可选参数,当workflow_options_file已赋值时,可不指定该字段
  • workflow_depends:可选参数,当workflow_dependencies_path已赋值时,可不指定该字段

返回值

参数

参数类型

参数描述

id

String

执行ID。

status

String

当前execution的状态。

message

String

具体提示信息。

示例

// 使用本地文件提交任务
wf_source = "/home/test/test.wdl"
wf_inputs = "/home/test/test.inputs"
wf_options = "/home/test/test.options"
wf_dependencies = "/home/test/dependency/"  # dependency目录,将自动生成压缩包提交,也可以赋值为已压缩好的dependency文件路径
param = {
    "env_name": "cromwell_env",
}
cromwell_client.create_execution(workflow_source_file=wf_source, workflow_inputs_file=wf_inputs, workflow_options_file=wf_options, workflow_dependencies_path=wf_dependencies, parameters=param)


// 使用OBS对象提交任务
param = {
    "env_name": "cromwell_env",
    "workflow_source": "obs://bucketName/path",
    "workflow_inputs": "https://bucketName.obs.cn-north-4.myhuaweicloud.com:443/path/object",
    "workflow_options": "https://bucketName.obs.cn-north-1.myhuaweicloud.com:443/path/object",
    "workflow_depends": "https://bucketName.obs.cn-north-1.myhuaweicloud.com:443/path/object"
}
cromwell_client.create_execution(parameters=param)


// 使用workflow_id方式提交任务
param = {
    "env_name": "cromwell_env",
    "workflow_id": "xxxxxxxx-xxxx-xxxx-xxxx-xxxxxxxxxxxx",  # WDL流程在GCS中的ID
    "workflow_inputs": "https://bucketName.obs.cn-north-4.myhuaweicloud.com:443/path/object",
    "workflow_options": "https://bucketName.obs.cn-north-1.myhuaweicloud.com:443/path/object",
    "workflow_depends": "https://bucketName.obs.cn-north-1.myhuaweicloud.com:443/path/object"
}
cromwell_client.create_execution(parameters=param)
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