基因容器 GCS
基因容器 GCS
- 最新动态
- 产品介绍
- 快速入门
- 用户指南
- Cromwell引擎使用指南
- 最佳实践
- 流程语法参考
- Python SDK参考
- API参考
-
CLI参考
- 命令总览
- 安装命令行工具
- 示例:使用命令行执行简单脚本
-
gcs 命令详情
- gcs version
- gcs config add
- gcs config list
- gcs get kubectl
- gcs get enviroment
- gcs set env
- gcs get sfs
- gcs set sfs
- gcs get obscli
- gcs obs upload
- gcs get workflow
- gcs create workflow
- gcs del workflow
- gcs update workflow
- gcs sub workflow
- gcs get execution
- gcs create execution
- gcs del execution
- gcs set execution
- gcs sub job
- gcs sub repjob
- gcs get tool
- gcs sub wdl
- gcs get wdl
- gcs set wdl
- get get fr
- config.ini配置说明
- 常见问题
- 视频帮助
- 文档下载
- 通用参考
链接复制成功!
gcs create workflow
功能
指定需要创建的模板名称,上传新的模板。同名模板上传两次会报错。
语法
gcs create workflow FILENAME [params]
workflow可以简写为wf,即:
gcs create wf WORKFLOWID [params]
参数说明
参数名称 |
是否必选 |
简写 |
描述 |
---|---|---|---|
FILENAME |
是 |
不涉及 |
本地待上传workflow文件路径。 |
--name |
否 |
-n |
更新的模板名称。输入字符最大长度为64,以小写字母开头,允许出现中划线(-)、小写字母和数字,且必须以小写字母或数字结尾。默认为gcs-时间戳(YYYY-MMDD-hhmmss)格式。 |
--description |
否 |
-d |
对上传模板的描述。默认为空。 |
--enterprise_project_id |
否 |
-e |
上传workflow的企业项目id,如果为空,则默认为default企业项目(普通用户无需带此参数) |
使用示例
创建 workflow。这里以 GATK 流程为例,首先,依据 流程语法说明,编写 YAML 文件。然后将模板上传至GCS,命名为 gatk-example:
gcs create workflow gatk4-example.yaml --name gatk-example --description "test " --enterprise_project_id "0"
创建 workflow 的示例执行结果:
create workflow succedd ! workflow id : 9b5e61a9-fdee-52cc-4ac8-dd07e1bf3ca6
父主题: gcs 命令详情