基因容器 GCS
基因容器 GCS
- 最新动态
- 产品介绍
- 快速入门
- 用户指南
- Cromwell引擎使用指南
- 最佳实践
- 流程语法参考
- Python SDK参考
- API参考
-
CLI参考
- 命令总览
- 安装命令行工具
- 示例:使用命令行执行简单脚本
-
gcs 命令详情
- gcs version
- gcs config add
- gcs config list
- gcs get kubectl
- gcs get enviroment
- gcs set env
- gcs get sfs
- gcs set sfs
- gcs get obscli
- gcs obs upload
- gcs get workflow
- gcs create workflow
- gcs del workflow
- gcs update workflow
- gcs sub workflow
- gcs get execution
- gcs create execution
- gcs del execution
- gcs set execution
- gcs sub job
- gcs sub repjob
- gcs get tool
- gcs sub wdl
- gcs get wdl
- gcs set wdl
- get get fr
- config.ini配置说明
- 常见问题
- 视频帮助
- 文档下载
- 通用参考
链接复制成功!
基于GCS构建基因测序平台
本通过一个示例Demo介绍如何基于GCS构建一个基因测序平台。
Demo下载地址
https://mirrors.huaweicloud.com/gcs-sdk/GCS_CloudOnCloud_SDK.rar
示例demo源码只实现了最基础的功能,不可直接作为商业软件使用。
示例demo源码为示例源码,开源目的为方便第三方基于此继续进行二次开发,实现定制化需求。
示例demo开源后不会再提供任何维保和版本更新服务。
对于使用过程中的任何问题,华为云保留最终解释权。
原理说明
GCS提供了REST API,调用API可以使用GCS提供的所有功能。通过调用GCS的API,您可以构建您自己的测序平台,使得用户无需感知GCS。
图1展示了测序平台(Demo系统)的调用流程,共有如下三种角色。
- 测序平台的用户:使用测序平台的用户,像医院、科研单位等。
- 测序平台:面向用户提供测序服务,通过调用GCS的API响应用户的测序需求。当用户想发起测序请求时,调用GCS的API执行测序,待测序完成后获取测序结果并返回给用户。
- GCS服务:提供底层测序API共测序平台调用。
从上面的描述可以看出,测序平台相当于用户与GCS之间的一个代理,将用户的测序请求转发给GCS处理,然后获取测序结果返回给用户。当然测序平台处理转发测序请求外,还可以做很多其他事情,比如提供用户管理、数据查询等功能,您可以根据自身需求构建。
代码介绍
示例Demo基于开源框架Beego开发,Beego 是一个快速开发 Go 应用的 HTTP 框架,他可以用来快速开发 API、Web 及后端服务等各种应用。
Beeo是一种MVC(model、view、controller)架构的框架。
- 控制器(Controller)- 负责转发请求,对请求进行处理。
- 视图(View) - 界面设计人员进行图形界面设计。
- 模型(Model) - 程序员编写程序应有的功能(实现算法等等)、数据库专家进行数据管理和数据库设计(可以实现具体的功能)。