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基于GCS构建基因测序平台

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更新时间: 2019/10/29 GMT+08:00

本通过一个示例Demo介绍如何基于GCS构建一个基因测序平台。

Demo下载地址

https://mirrors.huaweicloud.com/gcs-sdk/GCS_CloudOnCloud_SDK.rar

示例demo源码只实现了最基础的功能,不可直接作为商业软件使用。

示例demo源码为示例源码,开源目的为方便第三方基于此继续进行二次开发,实现定制化需求。

示例demo开源后不会再提供任何维保和版本更新服务。

对于使用过程中的任何问题,华为云保留最终解释权。

Demo视频

GCS.zip

原理说明

GCS提供了REST API,调用API可以使用GCS提供的所有功能。通过调用GCS的API,您可以构建您自己的测序平台,使得用户无需感知GCS。

图1展示了测序平台(Demo系统)的调用流程,共有如下三种角色。

  • 测序平台的用户:使用测序平台的用户,像医院、科研单位等。
  • 测序平台:面向用户提供测序服务,通过调用GCS的API响应用户的测序需求。当用户想发起测序请求时,调用GCS的API执行测序,待测序完成后获取测序结果并返回给用户。
  • GCS服务:提供底层测序API共测序平台调用。

从上面的描述可以看出,测序平台相当于用户与GCS之间的一个代理,将用户的测序请求转发给GCS处理,然后获取测序结果返回给用户。当然测序平台处理转发测序请求外,还可以做很多其他事情,比如提供用户管理、数据查询等功能,您可以根据自身需求构建。

图1 基于GCS构建测序平台

代码介绍

示例Demo基于开源框架Beego开发,Beego 是一个快速开发 Go 应用的 HTTP 框架,他可以用来快速开发 API、Web 及后端服务等各种应用。

Beeo是一种MVC(model、view、controller)架构的框架。

  • 控制器(Controller)- 负责转发请求,对请求进行处理。
  • 视图(View) - 界面设计人员进行图形界面设计。
  • 模型(Model) - 程序员编写程序应有的功能(实现算法等等)、数据库专家进行数据管理和数据库设计(可以实现具体的功能)。

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