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gcs sub workflow

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更新时间: 2020/07/08 GMT+08:00

功能

利用FILENAME参数提供的流程文件直接创建execution。

提示:该命令行不会新建workflow模板。如果已经有workflow模板,推荐直接使用gcs create exection

语法

gcs sub workflow FILENAME [params]

workflow可以简写为wf,即:

gcs sub wf FILENAME [params]

参数说明

表1 参数说明

参数名称

是否必选

描述

FILENAME

YAML 格式的模板文件,语法详见流程语法参考

--name

对此job指定名称。

--input

如果不希望使用 workflow YAML 文件默认的 inputs值,可以在此指定一个 json 文件覆盖掉inputs输入。例如使用新样本时,可以在 json 文件中,定义新的样本名称。json文件示例:{"name":"gcsdemo","age":1},其中"name"、"age"对应模板里的inputs参数名称。

--timeout

execution超时时间单位分钟,默认一天,1440分钟。

注意事项

  • 可以在基因容器>示例流程 中,下载示例模板,并通过命令行提交。
  • 示例流程中步骤直接由命令行书写。用户可以参考 功能 以及 功能 中的样例,调用 shell 脚本。
  • 功能 以及 功能 中样例不同,gcs sub workflow 命令,只上传 YAML 模板,不提供 shell 脚本上传功能。推荐用户在调用 shell 脚本时,先使用 gcs sub job/ gcs sub repjob 命令单步测试通过,在此过程中完成 shell 脚本上传,再整合成一个 workflow 提交。

使用示例

首先在网页中,下载示例模板:

然后利用下载的示例模板创建execution:

gcs sub workflow gatk4-example.yaml --name gatk-example 

注意这里使用正确的 YAML 模板路径,等待完成即可。结果可以在基因容器页面,执行结果中查看。

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