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更新时间：2021-03-18 GMT+08:00
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gcs sub workflow

功能

利用FILENAME参数提供的流程文件直接创建execution。

提示：该命令行不会新建workflow模板。如果已经有workflow模板，推荐直接使用gcs create exection。

语法

gcs sub workflow FILENAME [params]

workflow可以简写为wf，即：

gcs sub wf FILENAME [params]

参数说明

表1 参数说明

参数名称

是否必选

描述

FILENAME

是

YAML 格式的模板文件，语法详见流程语法参考。

--name

否

对此job指定名称。

--input

否

如果不希望使用 workflow YAML 文件默认的 inputs值，可以在此指定一个 json 文件覆盖掉inputs输入。例如使用新样本时，可以在 json 文件中，定义新的样本名称。json文件示例：{"name":"gcsdemo","age":1}，其中"name"、"age"对应模板里的inputs参数名称。

--timeout

否

execution超时时间单位分钟，默认一天，1440分钟。

注意事项

  • 可以在基因容器>示例流程 中，下载示例模板，并通过命令行提交。
  • 示例流程中步骤直接由命令行书写。用户可以参考 功能 以及 功能 中的样例，调用 shell 脚本。
  • 与 功能 以及 功能 中样例不同，gcs sub workflow 命令，只上传 YAML 模板，不提供 shell 脚本上传功能。推荐用户在调用 shell 脚本时，先使用 gcs sub job/ gcs sub repjob 命令单步测试通过，在此过程中完成 shell 脚本上传，再整合成一个 workflow 提交。

使用示例

首先在网页中，下载示例模板：

然后利用下载的示例模板创建execution：

gcs sub workflow gatk4-example.yaml --name gatk-example

注意这里使用正确的 YAML 模板路径，等待完成即可。结果可以在基因容器页面，执行结果中查看。

父主题： gcs 命令详情

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