基因容器 GCS
基因容器 GCS
- 最新动态
- 产品介绍
- 快速入门
- 用户指南
- Cromwell引擎使用指南
- 最佳实践
- 流程语法参考
- Python SDK参考
- API参考
-
CLI参考
- 命令总览
- 安装命令行工具
- 示例：使用命令行执行简单脚本
-
gcs 命令详情
- gcs version
- gcs config add
- gcs config list
- gcs get kubectl
- gcs get enviroment
- gcs set env
- gcs get sfs
- gcs set sfs
- gcs get obscli
- gcs obs upload
- gcs get workflow
- gcs create workflow
- gcs del workflow
- gcs update workflow
- gcs sub workflow
- gcs get execution
- gcs create execution
- gcs del execution
- gcs set execution
- gcs sub job
- gcs sub repjob
- gcs get tool
- gcs sub wdl
- gcs get wdl
- gcs set wdl
- get get fr
- config.ini配置说明
- 常见问题
- 视频帮助
- 文档下载
- 通用参考
链接复制成功！
gcs sub workflow
功能
利用FILENAME参数提供的流程文件直接创建execution。
提示：该命令行不会新建workflow模板。如果已经有workflow模板，推荐直接使用gcs create exection。
语法
gcs sub workflow FILENAME [params]
workflow可以简写为wf，即：
gcs sub wf FILENAME [params]
参数说明
|
参数名称 |
是否必选 |
描述 |
|---|---|---|
|
FILENAME |
是 |
YAML 格式的模板文件，语法详见流程语法参考。 |
|
--name |
否 |
对此job指定名称。 |
|
--input |
否 |
如果不希望使用 workflow YAML 文件默认的 inputs值，可以在此指定一个 json 文件覆盖掉inputs输入。例如使用新样本时，可以在 json 文件中，定义新的样本名称。json文件示例：{"name":"gcsdemo","age":1}，其中"name"、"age"对应模板里的inputs参数名称。 |
|
--timeout |
否 |
execution超时时间单位分钟，默认一天，1440分钟。 |
注意事项
使用示例
首先在网页中，下载示例模板：
然后利用下载的示例模板创建execution：
gcs sub workflow gatk4-example.yaml --name gatk-example
注意这里使用正确的 YAML 模板路径，等待完成即可。结果可以在基因容器页面，执行结果中查看。
父主题： gcs 命令详情
