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终止指定的WDL流程。gcs set wdl ID[flags]终止指定流程。返回内容如下。

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chive gcs:workflows:download obs:object:GetObject √ √ 创建tool POST /v1/tools gcs:tools:create - √ √ 查询tool GET /v1/tools/{tool_id} gcs:tools:get

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利用FILENAME参数提供的流程文件直接创建execution。提示：该命令行不会新建workflow模板。如果已经有workflow模板，推荐直接使用gcs create exection。gcs sub workflow FILENAME [params]workflow可以简写为wf，即：gcs sub wf FILENAME

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查看模板信息。gcs del workflowWORKFLOWID [WORKFLOWID2 WORKFLOWID3...]workflow可以简写为wf，即：gcs del wfWORKFLOWID [WORKFLOWID2 WORKFLOWID3...]删除workflow 之前，需要删除所有引用该workflow 的 executi

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G CS 流程语法参考 流程语法说明 内置函数 内置变量 流程语法示例

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云容器引擎是由一系列 弹性云服务器 组成的一个Kubernetes集群，基因容器所有执行的分析流程都会运行在这个集群中。如果您对集群并不了解，请查看集群概述，了解集群概念、集群和虚拟私云及子网间关系、集群和节点的使用约束。 创建环境 开始基因分析前，请先创建环境。 登录GCS控制台，选择左侧导航栏的“环境管理”，在右侧页面单击“创建环境”。

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- sh /obs/gcscli/run-xxx/run.sh 1 a - sh /obs/gcscli/run-xxx/run.sh 2 a - sh /obs/gcscli/run-xxx/run.sh 1 b - sh /obs/gcscli/run-xxx/run

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查看workflow信息。gcs get workflow WORKFLOWID [params]workflow可以简写为wf，即：gcs get wf WORKFLOWID [params]获取所有模板信息。gcs get workflow workflow_id name

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创建execution。gcs create execution WORKFLOWID [params]execution可以简写为exec，即：gcs create exec WORKFLOWID [params]该命令的输入参数是 workflowID，可以通过 gcs get worflowID 查询后，根据name/versi

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更新流程的相关信息。目前命令行只支持更改描述信息以及流程文件（已经使用中的流程不能更改流程文件）gcs update workflowworkflow-id [params]workflow可以简写为wf，即：gcs update wfworkflow-id [params]更新某个流程的描述信息

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下载obs 命令行工具，并进行相关配置。 语法 gcs get obscli obscli可以简写为obs，即： gcs get obs 参数说明 无 注意事项 执行本命令前请先删除当前目录下obs* 相关文件及目录。 使用示例 gcs get obscli 返回值： start download

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- sh /obs/gcscli/run-xxx/run.sh 1 a - sh /obs/gcscli/run-xxx/run.sh 2 a - sh /obs/gcscli/run-xxx/run.sh 1 b - sh /obs/gcscli/run-xxx/run

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"domain": "gcs_container", "domain_id": "024014b87********30fbe790bda3e6", "vendor": "基因容器团队", "image":

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指定需要创建的模板名称，上传新的模板。同名模板上传两次会报错。gcs create workflowFILENAME [params]workflow可以简写为wf，即：gcs create wf WORKFLOWID [params]创建 workflow。这里以 GATK 流程为例，首先，依据 流程语法说明，编写 YAML 文件。

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"Action": [ "gcs:workflows:create", "gcs:workflows:list", "gcs:executions:create" ]

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GCSClient()创建GCSClient实例。向GCS发送任一请求之前，必须先创建一个GCSClient实例。初始化的实例中参数值为空，需要通过用户名/密码方式初始化入参或AK/SK方式初始化入参初始化入参，然后才能通过实例调用GCS提供的其它接口。无返回一个GCSClient实例，通过该实例调用GCS提供的接口。

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测序平台：面向用户提供测序服务，通过调用GCS的API响应用户的测序需求。当用户想发起测序请求时，调用GCS的API执行测序，待测序完成后获取测序结果并返回给用户。 GCS服务：提供底层测序API共测序平台调用。 从上面的描述可以看出，测序平台相当于用户与GCS之间的一个代理，将用户的测序请求转发给GCS处理，然

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流程设计器 基因容器的流程中至少有一个工具，流程中每个工具会根据它们的先后顺序形成数据流，前一个工具会为后一个工具提供输入。 基因容器的流程设计器是一种用于创建、查看、修改流程的图形化工具。借助流程设计器，您可以拖拽工具到画布中，可视化连接各工具，指定工具间的先后顺序。 不管您是

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与其它云服务的关系 基因容器服务与华为云其它服务的关系如图1所示。 图1 基因容器与华为云服务的关系 云容器引擎（CCE） 基因容器使用的底层资源均由CCE服务创建。云容器引擎（Cloud Container Engine）提供高可靠高性能的企业级容器应用管理服务，支持Kuber

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