欢迎使用基因容器服务 感谢您更深入的了解、学习并使用基因容器服务（GeneContainer Service，G CS ）。 基因容器服务GCS提供云端基因分析解决方案，支持DNA、RNA、液态活检等主流生物基因分析场景。基因容器基于轻量级容器技术，结合大数据、深度学习算法，优化官方

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使用前必读 概述 基因容器（GeneContainer Service，GCS）提供云端基因测序解决方案，支持DNA、RNA、液态活检等主流生物基因测序场景。基因容器基于轻量级容器技术，结合大数据、深度学习算法，优化官方标准算法，为您提供灵活可定制的测序流程、秒极可伸缩的高可靠资源。

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语法说明 基因容器语法，是GCS引以为傲的特性之一。使用基因容器语法编写的流程描述文件是基因容器服务流程控制的唯一方式。如已有其他流程语法文件，需要先转换为基因容器语法，然后才能由基因容器执行。 流程描述文件的生成方式当前支持以下三种： 基于基因容器语法手动编写。 通过基因容器命令行自动生成。

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围。例如您的员工中有负责软件开发的人员，您希望他们拥有GCS的使用权限，但是不希望他们拥有删除GCS等高危操作的权限，那么您可以使用IAM为开发人员创建用户，通过授予仅能使用GCS，但是不允许删除GCS的权限，控制他们对GCS资源的使用范围。 如果华为云账号已经能满足您的要求，不

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语法说明 基因容器语法，是GCS引以为傲的特性之一。使用基因容器语法编写的流程描述文件是基因容器服务流程控制的唯一方式。如已有其他流程语法文件，需要先转换为基因容器语法，然后才能由基因容器执行。流程描述文件的生成方式有多种，其一基于基因容器语法手动编写；其二是通过基因容器命令行自动

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需要的PVC名称，GCS支持云硬盘卷、文件存储卷、对象存储卷和极速文件存储卷，具体请参见图1和图2。 说明： 指定的PVC必须存在。 基因容器服务提供了3个内置的共享存储可供挂载，分别为： ${GCS_REF_PVC}，基因容器提供的参考组OBS桶。 ${GCS_DATA_PVC}

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基于华为云整体产品规划，基因领域将统一由 EIHealth 为入口承接，后续GCS会考虑逐渐下线。详见最新动态。 基因容器（GeneContainer Service，GCS）提供云端基因解决方案，支持DNA、RNA等主流生物基因测序场景。基因容器基于轻量级容器技术，结合大数据、深度学习算法，优化官方

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，不影响您使用GCS服务的其它功能。 本章节为您介绍对用户授权的方法，操作流程如示例流程所示。 前提条件 给用户组授权之前，请您了解用户组可以添加的GCS系统策略，并结合实际需求进行选择，GCS支持的系统策略及策略间的对比，请参见：GCS系统策略。若您需要对除GCS之外的其它服务

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我不懂容器技术，可以使用基因容器服务吗？ 基因容器已将容器技术实现做了封装，提供了简单易用的控制台界面，您可以基于基因容器提供的控制台快速开始基因测序分析，无需额外了解容器或是云计算等相关技术。 已有测序流程和工具迁移到基因容器服务上，方便吗？ 方便。基因容器提供了工具仓库，用于存

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需要的PVC名称，GCS支持云硬盘卷、文件存储卷、对象存储卷和极速文件存储卷，具体请参见图1和图2。 说明： 指定的PVC必须存在。 基因容器服务提供了3个内置的共享存储可供挂载，分别为： ${GCS_REF_PVC}，基因容器提供的参考组OBS桶。 ${GCS_DATA_PVC}

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入门 基于基因容器提供的原始数据演示如何使用基因容器创建并执行GATK4最佳实践流程。 快速入门 入门必读 基于CCI执行GATK4最佳实践流程 04 实践 介绍基因容器在不同场景下的具体实践应用。 基本使用流程 使用命令行工具执行测序 使用第三方数据执行测序 基于GCS构建基因测序平台

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GCS_SFS_PVC 变量GCS_SFS_PVC用于代表GCS环境的SFS文件存储卷，便于挂载常用的SFS文件存储卷。 GCS_SFS_PVC变量在workflow语法中，挂卷的volumes字段内可用。 语法 volumes: gensfs: mount_path:

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GCS_DATA_PVC 变量GCS_DATA_PVC用于代表每个环境关联的OBS桶，便于挂载常用的对象存储桶。 GCS_DATA_PVC变量在workflow语法中，挂卷的volumes字段内可用。 语法 volumes: genobs: mount_path: /obs

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GCS_REF_PVC 变量GCS_REF_PVC用于代表GCS提供的共享存储PVC，便于挂载存储。 GCS_REF_PVC变量在workflow语法中，挂卷的volumes字段内可用。 语法 volumes: genref: mount_path: /ref #挂载到容器内的路径

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初始化客户端 环境 流程 GCS流程执行 工具 监控

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GCS作业 通过GCS格式的模板创建GCS作业。广泛应用于DNA、RNA、液态活检等主流生物基因分析、药物检测等领域。 创建GCS作业 GCS作业目前暂不支持直接创建，您可通过GSC模板创建GCS作业，具体操作请参见通过模板创建GCS作业。 查看作业 登录BCE控制台，左侧导航栏中选择“作业管理”。

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工具是生物信息软件的镜像封装，工具既可以编排入流程串联使用，也可以独立使用。您可以基于基因容器为您提供业界主流的基因数据处理工具，当前已支持的公共工具请参见公共工具的范围。您可以直接使用公共工具来创建流程，如执行工具。此外，基因容器也支持添加自有工具并支持对接第三方数据处理服务，您可以添加私有工具来

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待环境创建完成，可以单击环境名称查看环境信息。 执行测序流程 基因容器提供了gcs-grammar示例流程，通过该流程您可以了解到GCS的编排语法及能力。 该流程的执行顺序以及包含工具，可以通过单击”基因测序 > 示例流程 > gcs-grammar”查看流程详细信息。 执行测序流程请按如下步骤操作。

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参考基因组 基因参考组由正常和病理条件下非正常的分子表达所组成。基因容器提供主流基因参考组，作为基因分析参考。 登录GCS控制台，左侧导航栏中选择“参考基因组”。 图1 参考基因组页面 在右侧页面单击“查看”，可查看基因参考组的详细情况。 图2 基因参考组详情 单击“下载”，可下

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2019年12月 序号 功能名称 功能描述 阶段 相关文档 1 GCS SDK/CLI支持WDL流程 基因容器服务软件开发工具包（GCS SDK）对GCS服务提供的REST API接口进行封装，GCS SDK支持WDL。 使用GCS命令行工具可以提交单个WDL流程到Cromwell引擎，

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首先以执行单一命令为例。以 gcs sub job 为例，我们使用： gcs sub job --cpu 0.5 --memory 1g --tool bwa:0.7.12 --shell sh bwa_help.sh 生成GCS流程示例 该命令将会生成以下模板，并提交基因容器语法解析器： 1

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