type: G CS .Job resources: memory: 1g cpu: 0.5c commands: - echo "A" b: tool: bwa:0.7.12 type: GCS.Job

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type: GCS.Job resources: memory: 1g cpu: 0.5c commands: - sh /obs/gcscli/run-xxx/run.sh 1 a - sh /obs/gcscli/run-xxx/run

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内置变量 item GCS_REF_PVC GCS_DATA_PVC GCS_SFS_PVC

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resource= '{ "name":"gcs-wf", "description":"my workflow", "logo":"hw-gcs-logo-cn-north-4-cd059ba3c286470e8c5c2deeb02a08c1:gcs-wf-Desert.jpg",

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驱动安装脚本支持区域及获取方式 您可以通过执行以下命令，获取驱动安装脚本。 华北-北京一 wget -t 10 --timeout=10 https://hgcs-drivers-cn-north-1.obs.cn-north-1.myhuaweicloud.com/release/script/auto_install

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您可以在PowerShell上执行以下命令，获取驱动安装脚本。 华北-北京一 Start-BitsTransfer -Source https://hgcs-drivers-cn-north-1.obs.cn-north-1.myhuaweicloud.com/release/script/auto_install

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键创建按量付费的“集群”和“ 弹性云服务器 （下文中简称为ECS节点）”等资源。 区域限制 当前仅支持在华北区进行测序计算。 配额限制 使用基因容器执行测序时，需注意以下配额限制： 每个用户默认最多创建5个环境； 每个用户默认最多创建100个自定义流程，每个用户执行流程次数不能超过500次；

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"name": "gcs-2018-0816-080719", "description": "", "vendor": "gcs-user", "scope": "domain", "domain": "gcs-user",

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"obs:*::bucket:rgcservice-managed-*-logs-*" ], "Condition": { "StringNotMatch": { "g:PrincipalUrn": "sts::*:assumed-agency:RGCServiceExecutionAgency/*"

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权限管理 委托权限 创建用户并授权使用GCS GCS自定义策略

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后顺序关系形成数据流，前序工具为后序工具提供输入。基因容器为您提供了多套典型的测序流程，基于此流程，您可以快速完成测序任务。 工具（Tool） 工具是生物信息软件的镜像封装，工具既可以编排入流程串联使用，也可以独立使用，基因容器提供了大量的公共工具，同时用户可以制作自定义工具，这些工具都存放在测序仓库中。

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"name": "gcs-workflow", "description": "gcs description", "vendor": "gcs-user", "scope": "domain", "domain": "gcs-user",

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名称。 namespace String 命名空间。 响应示例 [ { "metadata": { "name": "gcs-exec-3-08-20-144951.154c848add38e9f9", "namespace": "c51567523

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应用场景 通用场景 生物基因企业利用基因容器完成大规模基因组测序分析。 优势 极大提升计算速度，降低运算成本。 流程设计门槛低、方式多样，可以通过设计器、模板甚至可以直接从其他格式模板直接转换 不单独维护小资源池，可直接使用整个 华为云计算 资源作为基础。保证资源充足，无需排队 为生

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。或者上一步是分布式处理的，需要得到结果的总和。 图1 读取文件控制并发 这种情况下，我们需要使用GCS语法中特定的功能，get_result函数来获得。 确定性的并发任务，GCS语法如下： job-2: commands_iter: command: echo ${1}

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会自动变成默认环境。 如果您使用的环境是云容器实例，环境清理后，基因容器将不再使用该命名空间，但是命名空间并未删除。如果需要删除命名空间，请前往CCI控制台删除。 如果您使用的环境是云容器引擎，环境清理后，基因容器将不再使用该集群。对于部署环境时创建的集群，可以通过入参“dele

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删除中：任务正在删除中。 任务数据包括“执行结果”中展示的基本数据及GCS在执行任务过程中，由GCS产生的过程数据。执行状态为成功、失败的任务，GCS会定期清理任务过程数据。 执行状态为成功的任务，1天后将由GCS自动清理过程数据，任务失效。失效后的任务，您仍然可以在“执行结果”列表中查看任务基本数据。

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workflow 运行在CCI容器中。您只需为作业运行时实际消耗的计算和存储资源付费，不需要支付资源之外的附加费用。本文将介绍如何使用在基因容器服务中使用Cromwell。

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"pytorch", "image": "*.*.*.215:20202/gcs/pytorch-cpu:v1", "command": [

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环境选择 环境是基因容器服务所需要使用的计算资源的集合。基因容器的环境由云容器实例和云容器引擎提供。 云容器实例 云容器实例（Cloud Container Instance，CCI）服务提供 Serverless Container（无 服务器 容器）引擎，让您无需创建和管理服务器

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以纳管账号的身份登录华为云，进入华为云IAM控制台。 在左侧导航窗格中，选择“委托”页签，单击右上方的“创建委托”。 图1 创建委托 设置“委托名称”为“RGCServiceExecutionAgency”。 图2 委托名称 “委托类型”选择“普通账号”，在“委托的账号”中输入RGC管理账号名。 选择“持续时间”，填写“描述”信息。

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