云容器引擎 CCE

 

云容器引擎(Cloud Container Engine)提供高可靠高性能的企业级容器应用管理服务,支持Kubernetes社区原生应用和工具,简化云上自动化容器运行环境搭建

 
 

    gcs基因容器 更多内容
  • 产品优势

    产品优势 基因容器基于Kubernetes智能化基因计算任务调度和Spark等加速服务,为您提供低成本高性能的基因测序解决方案。支持对接深度学习框架,方便您深度解读报告。 秒级并发 基因容器利用容器技术的秒级并发能力,可将WGS从30小时缩短至5小时以内,对比同类竞品,使用相同样本的情况下,资源利用率大幅提升。

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  • ouputs

    ouputs 可选项,用于定义数据处理流程完成后,最终生成的结果文件列表。结果文件列表在基因容器服务的控制台界面展示,此外,为了让您更直观的查看结果文件,基因容器集成 IGV(IGV的详细描述请参见http://www.igv.org/)软件,您通过控制台即可查看到通过IGV软件转换后的可视化结果文件。

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  • 基本概念

    通过作业模板创建出来的计算任务实例集合。 作业模板 根据一定的规则来描述计算任务的运行依赖或者先后顺序的yaml文件,使用作业模板可以创建作业实例。当前支持G CS 和WDL两种类型的作业模板。 集群 集群是容器运行所需云资源的集合,包含了若干台 服务器 节点、虚拟私有云等云资源。 容器镜像 容器镜像是一个

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  • 错误码

    请稍后重试。 400 rgcservice.1008 create permission set fail. 创建权限失败。 请稍后重试。 400 rgcservice.1009 create user fail. 创建用户失败。 请稍后重试。 400 rgcservice.1010

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  • 委托权限

    权servicestage的同时也会授权GCS,反之亦然。 为解决该问题,GCS服务提供了新的委托方式,后续若您不再使用GCS服务,可直接删除委托“gcs_admin_trust”,该操作将只影响GCS,不影响您使用其他服务。 由于GCS在运行中对存储、容器等各类云服务资源都存在

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  • 云容器实例环境

    清理环境 为了防止您为不需要的服务付费,建议您使用完成后清理环境。环境清理后基因容器服务将不再使用该命名空间,命名空间还将为您保留。如默认环境被清理,则最新创建的环境会自动变成默认环境。 登录GCS控制台,选择左侧导航栏的“环境管理”。 单击“云容器实例”页签,在需要清理的环境中单击“清理环境”。

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  • outputs

    outputs 可选项,用于定义数据处理流程完成后,最终生成的结果文件列表。结果文件列表在基因容器服务的控制台界面展示,此外,为了让您更直观的查看结果文件,基因容器集成 IGV(IGV的详细描述请参见http://www.igv.org/)软件,您通过控制台即可查看到通过IGV软件转换后的可视化结果文件。

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  • 错误码

    400 GCS.4006004 Bad request, tool not exist. 请求错误,请求的tool不存在 400 GCS.4006007 Bad request, request body is invalidate. 请求错误,请求体非法 400 GCS.4006009

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  • 基于CCE的GATK4最佳实践流程

    ttps://GCS_ENDPOINT”。 export GCS_Endpoint="https://gcs.cn-north-4.myhuaweicloud.com" 创建环境。 调用5.1.1-部署Environment接口,利用前提条件中已创建的集群创建GCS环境。 curl

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  • 复杂依赖任务(DAG)

    type: GCS.Job resources: memory: 1g cpu: 0.5c commands: - echo "A" b: tool: bwa:0.7.12 type: GCS.Job

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  • 单一步骤(并发执行)

    type: GCS.Job resources: memory: 1g cpu: 0.5c commands: - sh /obs/gcscli/run-xxx/run.sh 1 a - sh /obs/gcscli/run-xxx/run

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  • 必选控制策略

    "obs:*::bucket:rgcservice-managed-*-logs-*" ], "Condition": { "StringNotMatch": { "g:PrincipalUrn": "sts::*:assumed-agency:RGCServiceExecutionAgency/*"

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  • 单一步骤(并发执行)

    type: GCS.Job resources: memory: 1g cpu: 1c commands: - sh /obs/gcscli/run-xxx/run.sh 1 a - sh /obs/gcscli/run-xxx/run

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  • 复杂依赖任务(DAG)

    type: GCS.Job resources: memory: 1g cpu: 1c commands: - echo "A" b: tool: bwa:0.7.12 type: GCS.Job

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  • 内置变量

    内置变量 item GCS_REF_PVC GCS_DATA_PVC GCS_SFS_PVC

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  • 创建作业模板

    创建GCS作业模板 登录BCE控制台,左侧导航栏中选择“作业模板”,在页面的右端有两个选项卡和“WDL作业模板”可以选择。 选择页面右上角的创建GCS作业模板或者创建WDL作业模板,进入到创建作业模板的界面。 登录BCE控制台,左侧导航栏中选择“作业模板”。 在“GCS作业模板

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  • 创建workflow

    resource= '{ "name":"gcs-wf", "description":"my workflow", "logo":"hw-gcs-logo-cn-north-4-cd059ba3c286470e8c5c2deeb02a08c1:gcs-wf-Desert.jpg",

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  • 权限及授权项

    √ x 表3 GCS作业 权限 对应API接口 授权项 IAM项目(Project) 企业项目 (Enterprise Project) 备份GCS作业 POST /v1/backup/executions bce:executions:backup √ x 执行GCS作业 POST

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  • (推荐)GPU加速型实例自动安装GPU驱动(Linux)

    驱动安装脚本支持区域及获取方式 您可以通过执行以下命令,获取驱动安装脚本。 华北-北京一 wget -t 10 --timeout=10 https://hgcs-drivers-cn-north-1.obs.cn-north-1.myhuaweicloud.com/release/script/auto_install

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  • 使用限制

    键创建按量付费的“集群”和“ 弹性云服务器 (下文中简称为ECS节点)”等资源。 区域限制 当前仅支持在华北区进行测序计算。 配额限制 使用基因容器执行测序时,需注意以下配额限制: 每个用户默认最多创建5个环境; 每个用户默认最多创建100个自定义流程,每个用户执行流程次数不能超过500次;

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  • 概述

    存储资源付费,不需要支付资源之外的附加费用。通过WDL格式的模板创建WDL作业。广泛应用于基因测序、药物检测等领域。 GCS作业 通过GCS格式的模板创建GCS作业。广泛应用于DNA、RNA、液态活检等主流生物基因分析、药物检测等领域。 父主题: 作业管理

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