欢迎使用基因容器服务 感谢您更深入的了解、学习并使用基因容器服务（GeneContainer Service，G CS ）。 基因容器服务GCS提供云端基因分析解决方案，支持DNA、RNA、液态活检等主流生物基因分析场景。基因容器基于轻量级容器技术，结合大数据、深度学习算法，优化官方

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管理Cromwell引擎 投递Cromwell任务 02 入门 基于基因容器提供的原始数据演示如何使用基因容器创建并执行GATK4最佳实践流程。 快速入门 入门必读 基于CCI执行GATK4最佳实践流程 04 实践 介绍基因容器在不同场景下的具体实践应用。 基本使用流程 使用命令行工具执行测序

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我不懂容器技术，可以使用基因容器服务吗？ 基因容器已将容器技术实现做了封装，提供了简单易用的控制台界面，您可以基于基因容器提供的控制台快速开始基因测序分析，无需额外了解容器或是云计算等相关技术。 已有测序流程和工具迁移到基因容器服务上，方便吗？ 方便。基因容器提供了工具仓库，用于存

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语法说明 基因容器语法，是GCS引以为傲的特性之一。使用基因容器语法编写的流程描述文件是基因容器服务流程控制的唯一方式。如已有其他流程语法文件，需要先转换为基因容器语法，然后才能由基因容器执行。 流程描述文件的生成方式当前支持以下三种： 基于基因容器语法手动编写。 通过基因容器命令行自动生成。

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与其它云服务的关系 基因容器服务与华为云其它服务的关系如图1所示。 图1 基因容器与华为云服务的关系 云容器引擎（CCE） 基因容器使用的底层资源均由CCE服务创建。云容器引擎（Cloud Container Engine）提供高可靠高性能的企业级容器应用管理服务，支持Kuber

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语法说明 基因容器语法，是GCS引以为傲的特性之一。使用基因容器语法编写的流程描述文件是基因容器服务流程控制的唯一方式。如已有其他流程语法文件，需要先转换为基因容器语法，然后才能由基因容器执行。流程描述文件的生成方式有多种，其一基于基因容器语法手动编写；其二是通过基因容器命令行自动

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动态。 基因容器（GeneContainer Service，GCS）提供云端基因解决方案，支持DNA、RNA等主流生物基因测序场景。基因容器基于轻量级容器技术，结合大数据、深度学习算法，优化官方标准算法，为您提供灵活可定制的测序流程、秒级可伸缩的高可靠资源。 基因容器作为基因测

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使用前必读 概述 基因容器（GeneContainer Service，GCS）提供云端基因测序解决方案，支持DNA、RNA、液态活检等主流生物基因测序场景。基因容器基于轻量级容器技术，结合大数据、深度学习算法，优化官方标准算法，为您提供灵活可定制的测序流程、秒极可伸缩的高可靠资源。

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产品优势 基因容器基于Kubernetes智能化基因计算任务调度和Spark等加速服务，为您提供低成本高性能的基因测序解决方案。支持对接深度学习框架，方便您深度解读报告。 秒级并发 基因容器利用容器技术的秒级并发能力，可将WGS从30小时缩短至5小时以内，对比同类竞品，使用相同样本的情况下，资源利用率大幅提升。

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ouputs 可选项，用于定义数据处理流程完成后，最终生成的结果文件列表。结果文件列表在基因容器服务的控制台界面展示，此外，为了让您更直观的查看结果文件，基因容器集成 IGV（IGV的详细描述请参见http://www.igv.org/）软件，您通过控制台即可查看到通过IGV软件转换后的可视化结果文件。

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指定的PVC必须存在。 基因容器服务提供了3个内置的共享存储可供挂载，分别为： ${GCS_REF_PVC}，基因容器提供的参考组OBS桶。 ${GCS_DATA_PVC} ，关联OBS桶，表示基因容器环境关联的OBS桶。 ${GCS_SFS_PVC}，加速SFS卷，表示基因容器环境关联的SFS卷。

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outputs 可选项，用于定义数据处理流程完成后，最终生成的结果文件列表。结果文件列表在基因容器服务的控制台界面展示，此外，为了让您更直观的查看结果文件，基因容器集成 IGV（IGV的详细描述请参见http://www.igv.org/）软件，您通过控制台即可查看到通过IGV软件转换后的可视化结果文件。

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，存储容灾服务的权限才能生效。 表1 GCS系统策略 策略名称 描述 策略类型 依赖关系 GCS FullAccess 基因容器服务的管理员权限。拥有基因容器服务所有操作权限。 系统策略 依赖如下策略，请同时授予如下权限。 OBS OperateAccess：全局级策略，请在“全局区域

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指定的PVC必须存在。 基因容器服务提供了3个内置的共享存储可供挂载，分别为： ${GCS_REF_PVC}，基因容器提供的参考组OBS桶。 ${GCS_DATA_PVC} ，关联OBS桶，表示基因容器环境关联的OBS桶。 ${GCS_SFS_PVC}，加速SFS卷，表示基因容器环境关联的SFS卷。

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键创建按量付费的“集群”和“ 弹性云服务器 （下文中简称为ECS节点）”等资源。 区域限制 当前仅支持在华北区进行测序计算。 配额限制 使用基因容器执行测序时，需注意以下配额限制： 每个用户默认最多创建5个环境； 每个用户默认最多创建100个自定义流程，每个用户执行流程次数不能超过500次；

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后顺序关系形成数据流，前序工具为后序工具提供输入。基因容器为您提供了多套典型的测序流程，基于此流程，您可以快速完成测序任务。 工具（Tool） 工具是生物信息软件的镜像封装，工具既可以编排入流程串联使用，也可以独立使用，基因容器提供了大量的公共工具，同时用户可以制作自定义工具，这些工具都存放在测序仓库中。

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在IAM控制台创建用户组，并授予基因容器服务只读权限“GCS ReadOnlyAccess”。 创建用户并加入用户组。 在IAM控制台创建用户，并将其加入1.创建用户组并授权中创建的用户组。 用户登录并验证权限。 新创建的用户登录控制台，验证基因容器服务的只读权限。 父主题： 权限管理

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基因分析流程包含分析过程所需工具的执行先后信息以及数据输入输出等定义。流程由至少一个工具组成。流程中的各个工具由其前后顺序关系形成数据流，前序工具为后序工具提供输入。 基因容器流程可以通过“自定义流程”页面来创建，然后用自定义流程进行分析。 创建作业模板 通过模板创建作业 管理模板

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会自动变成默认环境。 如果您使用的环境是云容器实例，环境清理后，基因容器将不再使用该命名空间，但是命名空间并未删除。如果需要删除命名空间，请前往CCI控制台删除。 如果您使用的环境是云容器引擎，环境清理后，基因容器将不再使用该集群。对于部署环境时创建的集群，可以通过入参“dele

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应用场景 通用场景 生物基因企业利用基因容器完成大规模基因组测序分析。 优势 极大提升计算速度，降低运算成本。 流程设计门槛低、方式多样，可以通过设计器、模板甚至可以直接从其他格式模板直接转换 不单独维护小资源池，可直接使用整个 华为云计算 资源作为基础。保证资源充足，无需排队 为生

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workflow 运行在CCI容器中。您只需为作业运行时实际消耗的计算和存储资源付费，不需要支付资源之外的附加费用。本文将介绍如何使用在基因容器服务中使用Cromwell。

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