工具是生物信息软件的镜像封装，工具既可以编排入流程串联使用，也可以独立使用。您可以基于基因容器为您提供业界主流的基因数据处理工具，当前已支持的公共工具请参见公共工具的范围。您可以直接使用公共工具来创建流程，如执行工具。此外，基因容器也支持添加自有工具并支持对接第三方数据处理服务，您可以添加私有工具来

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环境选择 环境是基因容器服务所需要使用的计算资源的集合。基因容器的环境由云容器实例和云容器引擎提供。 云容器实例 云容器实例（Cloud Container Instance，CCI）服务提供 Serverless Container（无 服务器 容器）引擎，让您无需创建和管理服务器

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参考基因组 基因参考组由正常和病理条件下非正常的分子表达所组成。基因容器提供主流基因参考组，作为基因分析参考。 登录G CS 控制台，左侧导航栏中选择“参考基因组”。 图1 参考基因组页面 在右侧页面单击“查看”，可查看基因参考组的详细情况。 图2 基因参考组详情 单击“下载”，可下

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创建tool 功能介绍 如果您需要使用的工具超出基因容器提供的业务主流基因数据处理工具范围，您可以通过本接口，添加自定义工具。基因容器支持的公共工具请参见公共工具范围。 如果使用自有工具镜像，请在调用本接口前，通过华为云提供的 容器镜像服务 （SWR）上传工具镜像。 URI POST

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数据管理 基因容器使用 对象存储服务 OBS和弹性文件服务SFS存储分析前后产生的数据，其中包括原始基因数据、流程执行中间数据及执行结果数据。CCE环境支持对象存储服务OBS和弹性文件服务SFS存储数据，而由于目前CCI环境不支持OBS挂载，CCI环境只能使用SFS存储数据。 基因容

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在“填写环境信息”界面，参数按如下填写，填写完成后，单击“下一步”，在“详情”页确认后，单击“提交”，完成CCI环境的创建。 环境类型 基因容器的环境有云容器实例CCI和云容器引擎CCE。本示例使用的是CCI提供的环境。 默认环境 是否设置为默认环境。如果只有一个环境，默认只能选择“是”。

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流程设计器 基因容器的流程中至少有一个工具，流程中每个工具会根据它们的先后顺序形成数据流，前一个工具会为后一个工具提供输入。 基因容器的流程设计器是一种用于创建、查看、修改流程的图形化工具。借助流程设计器，您可以拖拽工具到画布中，可视化连接各工具，指定工具间的先后顺序。 不管您是

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"domain_id": "024014b87********30fbe790bda3e6", "vendor": "基因容器团队", "image": "obs-util:0.1.1", "create_at": "2019-06-13T06:59:14Z"

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基因分析流程包含分析过程所需工具的执行先后信息以及数据输入输出等定义。流程由至少一个工具组成。流程中的各个工具由其前后顺序关系形成数据流，前序工具为后序工具提供输入。 基因容器流程分为示例流程和自定义流程，当前已有的示例流程有gcs-grammar，其余可以通过“自定义流程”页面来创建。基于示例流程，您可以快速

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如果没有可用桶或是需要新建桶，请单击“创建桶”，基因容器将为您创建一个桶。此处创建的桶无法选择企业项目，默认创建default企业项目。 设置“计算资源”：选择“已有资源”或“新建资源”。如果您在CCE中已有可用集群，则在创建环境时，选择对应的集群做为基因容器的计算资源即可。 为保证有足够的资源，请给基因环境规划独立的集群。

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通过OBS客户端实现原始数据的上传和分析结果的下载。 本章将介绍如何在使用基因容器服务时通过OBS的权限控制来实现资源隔离。 图1 基本原理图 基本概念 基因测序厂商 基因测序服务的提供商，即华为云基因容器服务的客户。 第三方 基因测序服务的使用者，即基因测序厂商的客户。 操作步骤

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最新动态 本文介绍了基因容器GCS各特性版本的功能发布和对应的文档动态，新特性将在各个区域（Region）陆续发布，欢迎体验。 2020年10月 序号 功能名称 功能描述 阶段 相关文档 1 增加批量提交WDL任务的能力 GCS增加批量提交WDL任务的能力 公测 / 2020年7月

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别为：标准存储、低频访问存储、归档存储，从而满足客户业务对存储性能、成本的不同诉求。创建桶时可以指定桶的存储类别。桶的存储类别可以修改。基因容器中桶可用于存储分析前后产生的数据，包括原始基因数据、流程执行中间数据及执行结果数据。 弹性云服务器 弹性 云服务器 （Elastic Cloud

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1g --tool bwa:0.7.12 --shell sh bwa_help.sh 生成GCS流程示例 该命令将会生成以下模板，并提交基因容器语法解析器： 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21

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1g --tool bwa:0.7.12 --shell sh bwa_help.sh 生成GCS流程示例 该命令将会生成以下模板，并提交基因容器语法解析器： 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21

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depends: <依赖的任务> 表1 GCS.Job参数属性说明 属性 是否必选 参数类型 参数描述 任务名称 是 String 基因容器具体步骤的任务名称。 以小写字母开始，由小写字母、数字和中划线组成，长度为[1, 40]。 description 否 String 当前步骤的描述信息，支持中文，长度为[0

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新建卷 选择刚创建的SFS存储卷，并单击“导入”，完成SFS存储卷和命名空间的绑定。 图5 导入SFS存储卷 创建云容器实例环境。 登录基因容器控制台，选择左侧导航栏的“环境管理”，在右侧页面单击“创建环境”。 选择“云容器实例 CCI”类型，并选定步骤1创建的命名空间。 图6 创建CCI环境

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depends: <依赖的任务> 表1 GCS.Job参数属性说明 属性 是否必选 参数类型 参数描述 任务名称 是 String 基因容器具体步骤的任务名称。 小写字母打头，由小写字母数字中划线组成，长度为[1, 40]。 description 否 String 当前步骤的描述信息，支持中文，长度为[0

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授权，则该自定义策略不生效。关于IAM项目与企业项目的区别，详情请参见：IAM与企业管理的区别。 “√”表示支持，“x”表示暂不支持。 基因容器（GCS）支持的自定义策略授权项如下所示： 表1 自定义策略授权项 权限 对应API接口 授权项（Action） 依赖的授权项 IAM项目(Project)

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不会被删除。若想再次使用该存储，请使用导入功能导入该存储。 清理环境 为了防止您为不需要的服务付费，建议您使用完成后清理环境。环境清理后基因容器服务将不再使用该命名空间，命名空间还将为您保留。如默认环境被清理，则最新创建的环境会自动变成默认环境。 登录GCS控制台，选择左侧导航栏的“环境管理”。

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时凭证，上传、下载制品等。 基因容器（GCS） （项目级服务） 区域级项目 GCS Administrator 角色 基因容器服务管理员。 GCS FullAccess 策略 基因容器服务的所有执行权限。 GCS ReadOnlyAccess 基因容器服务的只读权限。 GCS CommonOperations

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