基于G CS 构建基因测序平台 本通过一个示例Demo介绍如何基于GCS构建一个基因测序平台。 Demo下载地址 https://mirrors.huaweicloud.com/gcs-sdk/GCS_CloudOnCloud_SDK.rar 示例demo源码只实现了最基础的功能，不可直接作为商业软件使用。

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图1 基本原理图 基本概念 基因测序厂商 基因测序服务的提供商，即华为云基因容器服务的客户。 第三方 基因测序服务的使用者，即基因测序厂商的客户。 操作步骤 基因测序厂商进行桶配置、权限控制及第三方添加外部桶的操作步骤如下： 使用基因测序厂商账号登录OBS管理控制台，单击“创建桶”。

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成长地图 | 华为云 基因容器 基因容器（GeneContainer Service）提供云端基因测序解决方案，支持DNA、RNA、液态活检等主流生物基因测序场景。基于轻量级容器技术，结合大数据、深度学习算法，优化官方标准算法，提供灵活可定制的测序流程、秒极可伸缩的高可靠资源 产品介绍

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配置流程 整理好需要上传的基因测序文件。 登录弹性文件服务控制台，创建一个文件系统用于存放基因测序文件。 登录作为头节点和计算节点的 云服务器 ，挂载文件系统。 通过头节点将需要上传的基因测序文件上传到挂载的文件系统。 登录计算节点，直接对挂载的文件系统中的基因测序文件进行编辑。 前提条件

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配置流程 整理好需要上传的基因测序文件。 登录高性能弹性文件服务控制台，创建一个文件系统用于存放基因测序文件。 登录作为头节点和计算节点的云 服务器 ，挂载文件系统。 通过头节点将需要上传的基因测序文件上传到挂载的文件系统。 登录计算节点，直接对挂载的文件系统中的基因测序文件进行编辑。 前提条件

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基于华为云整体产品规划，基因领域将统一由 EIHealth 为入口承接，后续GCS会考虑逐渐下线。详见最新动态。 基因容器（GeneContainer Service，简称GCS）提供云端基因测序解决方案，支持DNA、RNA、液态活检等主流生物基因测序场景。 基因容器服务对GATK 4

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高性能计算 生物医药（基因测序） 场景概述 生物医药包含基因测序，DNA变异检测等技术，随着人们对于健康关注度不断提高，基因测序等现代健康检测和预测手段正快速推广普及。基因测序是通过测序仪将不可视的生物信息转换为可视的文本信息，并依托计算、存储和大数据等资源，结合生物信息算法对文本信息进行分析和研究。

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创建三台云服务器，自动部署HPC开源调度软件Slurm，提供基因测序HPC环境。 创建弹性服务共享文件，为基因测序HPC环境提供共享文件存储服务。 安全组可以保护云服务器的网络安全，通过配置安全组规则，限定云服务器的访问端口。 云服务器管理节点绑定弹性公网IP，用于用户访问基因测序HPC环境。 在调度节点安装Gearbox程序、配置java环境。

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使用前必读 概述 基因容器（GeneContainer Service，GCS）提供云端基因测序解决方案，支持DNA、RNA、液态活检等主流生物基因测序场景。基因容器基于轻量级容器技术，结合大数据、深度学习算法，优化官方标准算法，为您提供灵活可定制的测序流程、秒极可伸缩的高可靠资源。

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产品功能 基于华为云整体产品规划，基因领域将统一由EIHealth为入口承接，后续GCS会考虑逐渐下线。详见最新动态。 基因容器（GeneContainer Service，GCS）提供云端基因解决方案，支持DNA、RNA等主流生物基因测序场景。基因容器基于轻量级容器技术，结合大数

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删除environment 清理删除基因测序的环境 查询environment列表 查询环境列表信息 查询environment 查询环境的详细信息 创建workflow 创建测序流程 删除workflow 删除测序流程 更新workflow 更新测序流程 下载workflow 下载测序流程 查询workflow

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流程（Workflow） 基因测序流程包含测序过程所需工具的执行先后信息以及数据输入输出等定义。流程由至少一个工具组成。流程中的各个工具由其前后顺序关系形成数据流，前序工具为后序工具提供输入。基因容器为您提供了多套典型的测序流程，基于此流程，您可以快速完成测序任务。 工具（Tool）

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产品优势 基因容器基于Kubernetes智能化基因计算任务调度和Spark等加速服务，为您提供低成本高性能的基因测序解决方案。支持对接深度学习框架，方便您深度解读报告。 秒级并发 基因容器利用容器技术的秒级并发能力，可将WGS从30小时缩短至5小时以内，对比同类竞品，使用相同样本的情况下，资源利用率大幅提升。

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Compute，简称HPC）、AI/大数据、基因等场景。 HPC 适用于超算、气象、科研教育、视频转码（视频格式转换、视频分辨率变化、添加水印/logo的）等领域。 AI/大数据 适用于 内容审核 、OCR、图像识别、图片处理、美颜、 语音识别 、推荐、搜索、智能客服、游戏AGI等领域。 基因 适用于基因测序、药物检测等领域。

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被连接系统的综合计算能力来处理大型计算问题，所以又通常被称为高性能计算集群。 HPC的业务特点 科学研究、气象预报、仿真实验、生物制药、基因测序、图像处理等行业都涉及高性能计算集群来解决大型计算问题，管理节点对计算任务进行分解，交给不同的计算节点完成计算。 各种业务场景下，因数据

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Based on STAR 二代基因组测序即Next Generation Sequencing (NGS)是一种基于边合成边测序的方式。NGS在保持了测序高准确度的同时，大幅的提高了测序速度。目前NGS已经普遍的应用于全基因组测序、全外显子测序、转录组测序和表观遗传学等领域。 该流程

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业数据变现的核心诉求。DWR提供的高效、开放、易用的近数据处理能力，让视频处理、图片审核、文档压缩、灾难防治、数据搜索和推荐、办公协同、基因测序等场景的海量数据快速产生价值。 DWR的应用场景包括但不限于以下典型场景。 表1 DWR典型应用场景 应用场景 场景下支持的能力 视频

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应用场景 基因组分析 提供从基因组数据管理、生物信息分析流程到科研分析管理整个流程的服务，快速实现基因组数据分析及AI建模，提供高性能、高可靠性、高性价比的基因测序计算、存储、分析和AI能力支持，让科研过程标准化、可执行。 基因组测序是新型冠状病毒疑似病例确诊的病原学证据之一，基

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基于二代测序的基因组突变检测 NGS流程简介 配置命令行工具 上传数据 制作并上传镜像 创建应用 搭建NGS流程 执行分析作业 批量执行NGS分析

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，不需要支付资源之外的附加费用。通过WDL格式的模板创建WDL作业。广泛应用于基因测序、药物检测等领域。 GCS作业 通过GCS格式的模板创建GCS作业。广泛应用于DNA、RNA、液态活检等主流生物基因分析、药物检测等领域。 父主题： 作业管理

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概述 操作场景 高性能计算解决方案适用于基因测序，工业仿真等高性能计算场景，您根据实际计算需求购买HPC集群。 本节操作介绍创建HPC集群的方式，以及创建流程，引导您一站式完成集群的创建、配置，并在HPC-S²上完成高性能计算作业。 部署方式简介 购买高性能计算解决方案：根据实际

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