G CS _SFS_PVC 变量GCS_SFS_PVC用于代表GCS环境的SFS文件存储卷，便于挂载常用的SFS文件存储卷。 GCS_SFS_PVC变量在workflow语法中，挂卷的volumes字段内可用。 语法 volumes: gensfs: mount_path:

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GCS_DATA_PVC 变量GCS_DATA_PVC用于代表每个环境关联的OBS桶，便于挂载常用的对象存储桶。 GCS_DATA_PVC变量在workflow语法中，挂卷的volumes字段内可用。 语法 volumes: genobs: mount_path: /obs

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GCS_REF_PVC 变量GCS_REF_PVC用于代表GCS提供的共享存储PVC，便于挂载存储。 GCS_REF_PVC变量在workflow语法中，挂卷的volumes字段内可用。 语法 volumes: genref: mount_path: /ref #挂载到容器内的路径

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初始化客户端 环境 流程 GCS流程执行 工具 监控

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GCS作业 通过GCS格式的模板创建GCS作业。广泛应用于DNA、RNA、液态活检等主流生物基因分析、药物检测等领域。 创建GCS作业 GCS作业目前暂不支持直接创建，您可通过GSC模板创建GCS作业，具体操作请参见通过模板创建GCS作业。 查看作业 登录BCE控制台，左侧导航栏中选择“作业管理”。

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提交单个WDL流程到Cromwell引擎。gcs sub wdl FILENAME  [flags]提交wdl流程。回显内容如下。

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gcs config list显示初始化命令行工具结果，命令执行结果中的参数说明请参见config.ini配置说明。gcs config list无查看配置文件内容：示例执行结果：

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设置环境默认使用的sfs pvc。gcs set sfssfsPvcName

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上传文件到环境关联的obs桶中。gcs obs upload FILENAME [params]upload可以简写为up，即：gcs obs up FILENAME [params]上传后未发现文件，请在数据存储中，确认是否使用了正确的桶。不支持本地文件夹上传上传文件到OBS桶：示例执行结果：OBS 中显示上传文件：

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使用示例 设置默认环境为“gcs-env-gcsdebug” gcs set env gcs-env-gcsdebug 示例执行结果： current environment is gcs-env-gcsdebug please set sfs-pvc-name for environment

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初始化命令行工具，在使用其它命令前，必需先执行本命令初始化命令行工具。该命令执行后，将生成命令行工具配置文件，路径为 ~/.gcs/config.ini ，用于存储配置信息。配置文件的详细说明请参见config.ini配置说明。若要修改配置文件，同样可以使用本命令，增加特定字段，指定任务执行时使用的存储、计算资源。执行本命令时，若~/.g

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查看任务信息。gcs del execution EXECUTIONID1 [EXECUTIONID2，EXECUTIONID3...]execution可以简写为exec，即：gcs del exec EXECUTIONID1 [EXECUTIONID2，EXECUTIONID3...]由于删除动作是异步的，所以删除完成后，gcs

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设置指定execution状态启停。gcs set executionexecutionId [params]execution可以简写为exec，即：gcs set execexecutionId [params]

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获取当前用户下所有计算环境信息列表。gcs get environment [environmentID]environment可以简写为env，即gcs get env [environmentID]集群资源不足，可以去云容器引擎（https://console.huaweicloud.com/cce2.0/）中，为集群添加更多、更

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查询提交的wdl流程执行结果。gcs get wdl ID [flags]查询单个执行结果详细信息。gcs get wdl aa215e0b-c896-4138-865e-6cf7921246b6返回内容如下。{ "execution": { "project_id": "", "domain_i

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获取所有tool、指定tool或者名称符合条件的tool的信息。gcs get tool TOOLID [params]获取所有模板信息。gcs get tool { "tools": [ { "tool": [ { "guid": "04e20b56-962d-24d8-0eb

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提交单个 shell 脚本，作为 job 在后台执行。gcs sub jobFILENAME [params]job可以简写为jb，即：gcs sub jbFILENAME [params]提交 bwa-help.sh，查看 bwa 软件版本，将结果重定向到 /obs/log.err 文件中。示例执行后，在OBS 桶中，log.err

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获取默认环境下对应的sfs pvc name列表。gcs get sfs无无返回值：

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提交一组并行的 shell 脚本，作为多个 job 在后台执行。gcs sub repjob FILENAME [params]rejob可以简写为rjb，即：gcs sub rjb FILENAME [params]提交多个并行 shell 脚本具体格式如下：首先准备需要并行的单一脚本 bwa_mem.sh，对 fastq 原始文件

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下载kubetcl命令行工具，并进行相关配置。gcs get kubectlkubectl可以简写为kube，即：gcs get kube无执行本命令前请先删除当前目录下当前目录下 kubectl* 相关文件及目录。命令执行完成后，根据使用场景，按需切换kubectl的访问模式。VPC网络内接入访问请执行此命令。kubectl confi

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查看命令行工具的软件版本以及编译平台。gcs versionversion可以简写为ver，即：gcs ver查看软件版本：示例执行结果：

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