"name": "gcs-workflow", "description": "gcs description", "vendor": "gcs-user", "scope": "domain", "domain": "gcs-user",

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后顺序关系形成数据流，前序工具为后序工具提供输入。基因容器为您提供了多套典型的测序流程，基于此流程，您可以快速完成测序任务。 工具（Tool） 工具是生物信息软件的镜像封装，工具既可以编排入流程串联使用，也可以独立使用，基因容器提供了大量的公共工具，同时用户可以制作自定义工具，这些工具都存放在测序仓库中。

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"name": "gcs-2018-0816-080719", "description": "", "vendor": "gcs-user", "scope": "domain", "domain": "gcs-user",

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权限管理 委托权限 创建用户并授权使用G CS GCS自定义策略

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登录BCE控制台，左侧导航栏中选择“作业模板”。 在“GCS作业模板”或“WDL作业模板”页签下，在已创建的模板列中，单击“添加版本”。 配置参数，具体如表1所示。 表1 创建作业模板 参数 说明 模板名称 保持默认值，不可修改。 版本 输入版本号。 模板文件 是一种遵循GCS流程或者WDL流程描述语法规

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应用场景 通用场景 生物基因企业利用基因容器完成大规模基因组测序分析。 优势 极大提升计算速度，降低运算成本。 流程设计门槛低、方式多样，可以通过设计器、模板甚至可以直接从其他格式模板直接转换 不单独维护小资源池，可直接使用整个 华为云计算 资源作为基础。保证资源充足，无需排队 为生

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名称。 namespace String 命名空间。 响应示例 [ { "metadata": { "name": "gcs-exec-3-08-20-144951.154c848add38e9f9", "namespace": "c51567523

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BCE_REF_PVC 变量BCE_REF_PVC用于代表GCS提供的共享存储PVC，便于挂载存储。 BCE_REF_PVC变量在workflow语法中，挂卷的volumes字段内可用。 语法 volumes: genref: mount_path: /ref #挂载到容器内的路径

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BCE_SFS_PVC 变量BCE_SFS_PVC用于代表GCS环境的SFS文件存储卷，便于挂载常用的SFS文件存储卷。 BCE_SFS_PVC变量在workflow语法中，挂卷的volumes字段内可用。 语法 volumes: gensfs: mount_path:

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使用容器批量计算时，需注意以下配额限制，具体如表1所示。 表1 资源配额限制 分类 对象 使用限制 作业资源配额 GCS作业 1个项目中最多可创建10000个GCS作业。 WDL作业 1个项目中最多可创建10000个WDL作业。 Argo作业 1个项目中最多可创建2000个Argo作业。

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基因分析流程包含分析过程所需工具的执行先后信息以及数据输入输出等定义。流程由至少一个工具组成。流程中的各个工具由其前后顺序关系形成数据流，前序工具为后序工具提供输入。 基因容器流程可以通过“自定义流程”页面来创建，然后用自定义流程进行分析。 创建作业模板 通过模板创建作业 管理模板

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。或者上一步是分布式处理的，需要得到结果的总和。 图1 读取文件控制并发 这种情况下，我们需要使用GCS语法中特定的功能，get_result函数来获得。 确定性的并发任务，GCS语法如下： job-2: commands_iter: command: echo ${1}

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。或者上一步是分布式处理的，需要得到结果的总和。 图1 读取文件控制并发 这种情况下，我们需要使用GCS语法中特定的功能，get_result函数来获得。 确定性的并发任务，GCS语法如下： job-2: commands_iter: command: echo ${1}

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会自动变成默认环境。 如果您使用的环境是云容器实例，环境清理后，基因容器将不再使用该命名空间，但是命名空间并未删除。如果需要删除命名空间，请前往CCI控制台删除。 如果您使用的环境是云容器引擎，环境清理后，基因容器将不再使用该集群。对于部署环境时创建的集群，可以通过入参“dele

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删除中：任务正在删除中。 任务数据包括“执行结果”中展示的基本数据及GCS在执行任务过程中，由GCS产生的过程数据。执行状态为成功、失败的任务，GCS会定期清理任务过程数据。 执行状态为成功的任务，1天后将由GCS自动清理过程数据，任务失效。失效后的任务，您仍然可以在“执行结果”列表中查看任务基本数据。

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workflow 运行在CCI容器中。您只需为作业运行时实际消耗的计算和存储资源付费，不需要支付资源之外的附加费用。本文将介绍如何使用在基因容器服务中使用Cromwell。

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环境选择 环境是基因容器服务所需要使用的计算资源的集合。基因容器的环境由云容器实例和云容器引擎提供。 云容器实例 云容器实例（Cloud Container Instance，CCI）服务提供 Serverless Container（无 服务器 容器）引擎，让您无需创建和管理服务器

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"pytorch", "image": "*.*.*.215:20202/gcs/pytorch-cpu:v1", "command": [

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"gene-container-bucket", "env_name": "gcs-env-cce-new", "default_env": false } 已有CCI命名空间cci-namespace部署名为gcs-env-gcsenv-cci环境，使用gene-container-bucket对象存储桶。

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], "image": "*.*.*.215:20202/gcs/pytorch-cpu:v1", "name": "pytorch",

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创建tool 功能介绍 如果您需要使用的工具超出基因容器提供的业务主流基因数据处理工具范围，您可以通过本接口，添加自定义工具。基因容器支持的公共工具请参见公共工具范围。 如果使用自有工具镜像，请在调用本接口前，通过华为云提供的 容器镜像服务 （SWR）上传工具镜像。 URI POST

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