中软国际数据治理专业服务解决方案实践

像和版本如表1所示。 表1 NGS流程镜像信息 NGS流程步骤 描述 依赖镜像及版本 镜像下载命令 Read Quality 对测序得到的fastq数据进行质控。 fastp:0.20.1 docker pull biocontainers/fastp:v0.20.1_cv1 Mapping

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搭建好的流程如下图所示。单击流程设计器上方保存按钮，保存流程。创建好的NGS将显示在“项目管理 > 工具”页签中。 图8 NGS流程 父主题： 基于二代测序的基因组突变检测

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基于基因容器提供的原始数据演示如何使用基因容器创建并执行GATK4最佳实践流程。 快速入门 入门必读 基于CCI执行GATK4最佳实践流程 04 实践 介绍基因容器在不同场景下的具体实践应用。 基本使用流程 使用命令行工具执行测序 使用第三方数据执行测序 基于G CS 构建基因测序平台 05 API

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流程（Workflow） 基因测序流程包含测序过程所需工具的执行先后信息以及数据输入输出等定义。流程由至少一个工具组成。流程中的各个工具由其前后顺序关系形成数据流，前序工具为后序工具提供输入。基因容器为您提供了多套典型的测序流程，基于此流程，您可以快速完成测序任务。 工具（Tool）

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Scrum实践之团队 随着近些年敏捷在行业及企业的推广，越来越多的企业意识到了敏捷所带来的好处，并愿意在敏捷上有所投入，从而越来越多的朋友加入了敏捷从业者行列，愿意学习敏捷知识。 本文内容推荐有基本敏捷常识及有一定Scrum理论基础的朋友们阅读，并按实际场景进行参考。 定义和特性说明

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高性能计算 生物医药（基因测序） 场景概述 生物医药包含基因测序，DNA变异检测等技术，随着人们对于健康关注度不断提高，基因测序等现代健康检测和预测手段正快速推广普及。基因测序是通过测序仪将不可视的生物信息转换为可视的文本信息，并依托计算、存储和大数据等资源，结合生物信息算法对文本信息进行分析和研究。

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Service，简称GCS）提供云端基因测序解决方案，支持DNA、RNA、液态活检等主流生物基因测序场景。 基因容器服务对GATK 4.0官方所推荐的最佳实践流程进行封装，让您能快速基于GATK最佳实践流程完成原数据分析。该流程为Broad Institute官方推荐流程，用于全基因组测序比对、去重、碱基

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Service，GCS）提供云端基因解决方案，支持DNA、RNA等主流生物基因测序场景。基因容器基于轻量级容器技术，结合大数据、深度学习算法，优化官方标准算法，为您提供灵活可定制的测序流程、秒级可伸缩的高可靠资源。 基因容器作为基因测序端到端完整解决方案，为您提供数据管理、测序工具平台、流程定义能力、运行流程以及查看

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使用命令行工具执行测序 本示例通过指导您创建CCI命名空间、绑定文件存储卷，使用命令行工具查询和设置环境、查询和设置SFS存储卷、创建execution执行测序及查看计算结果，帮助您学习如何使用命令行工具在云容器实例环境中执行测序。 操作步骤 使用命令行工具执行测序的操作步骤如下：

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查询workflow 查询测序流程详细信息 查询workflow输入 查询测序流程输入 查询workflow工具 查询测序流程的工具 查询workflow列表 查询测序流程列表 校验流程 校验流程合法性 创建execution 开始执行测序流程 批量创建execution 批量执行测序流程 删除execution

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平台由项目管理、数据管理、作业、工具、开发环境、镜像等核心部件组成，各个部件沉淀了丰富的技术细节和人性化的设计。 初学者能够基于页面可视化的完成数据管理、复现业内的分析流程和算法。资深从业者能够基于镜像打造自己的分析流程。 快速入门 关键概念 使用流程 初始化数据盘 什么是ECS

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基因容器（GeneContainer Service，GCS）提供云端基因测序解决方案，支持DNA、RNA、液态活检等主流生物基因测序场景。基因容器基于轻量级容器技术，结合大数据、深度学习算法，优化官方标准算法，为您提供灵活可定制的测序流程、秒极可伸缩的高可靠资源。 基因容器提供了REST（Representational

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则无法一键创建按量付费的“集群”和“ 弹性云服务器 （下文中简称为ECS节点）”等资源。 区域限制 当前仅支持在华北区进行测序计算。 配额限制 使用基因容器执行测序时，需注意以下配额限制： 每个用户默认最多创建5个环境； 每个用户默认最多创建100个自定义流程，每个用户执行流程次数不能超过500次；

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b支架 落地支架白色（二代通用）、IdeaHub支架 落地支架灰色（二代通用）、华为CloudLink Mic 500、IdeaHub 挂架、华为投屏器 IdeaShare Key、华为插拔式计算机 OPS i5(二代)、华为插拔式计算机 OPS i7(二代)、遥控精灵。 专业服务

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生物基因企业利用基因容器完成大规模基因组测序分析。 优势 极大提升计算速度，降低运算成本。 流程设计门槛低、方式多样，可以通过设计器、模板甚至可以直接从其他格式模板直接转换 不单独维护小资源池，可直接使用整个 华为云计算 资源作为基础。保证资源充足，无需排队 为生物测序行业量身定做的业务流程，更贴近用户场景。

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默认环境 是否设置为默认环境。如果只有一个环境，默认只能选择“是”。 关联OBS存储 OBS存储用于存储分析前后产生的数据，包括原始基因数据、流程执行中间数据及执行结果数据。 选择OBS存储，如果没有OBS桶请单击“创建OBS存储”创建，然后单击刷新，再选择OBS存储。 命名空间选择

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集群。 HPC的业务特点 科学研究、气象预报、仿真实验、生物制药、基因测序、图像处理等行业都涉及高性能计算集群来解决大型计算问题，管理节点对计算任务进行分解，交给不同的计算节点完成计算。 各种业务场景下，因数据处理量、计算任务关联关系等不同，对计算能力、存储效率、网络带宽及时延要求有各自侧重。

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JupyterLab”，然后选择“Terminal”，进入Terminal界面。 图1 Terminal 例如，您可以执行wget命令在公开数据集中下载基因组测序数据。 图2 执行命令 父主题： Notebook

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生成的配置文件不建议直接修改，如需改动请使用命令行工具修改。 配置文件中保存有用户的AK、SK信息，为了避免密钥泄露，会对文件中的SK进行加密以保护密钥安全。 父主题： 基于二代测序的基因组突变检测

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敏捷实践之物理看板与电子看板 选择物理看板还是电子看板 敏捷项目最终的成功还是失败，与使用物理看板还是电子看板没有绝对的因果关系。换个方式说，选择哪种看板不是对与错，而是适合与不适合。所以，要思考的是哪种方式更适合你的团队。 物理看板的优势和劣势 优势 成本低：几乎不需要成本，办

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